hmmer - ອອນ​ໄລ​ນ​໌​ໃນ​ຟັງ​ໄດ້​

ໂຄງການ:

NAME

HMMER - ໂປຣໄຟລ໌ HMMs ສໍາລັບການວິເຄາະລໍາດັບທາງຊີວະພາບ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

hmmalign
ຈັດລໍາດັບໄປຫາໂປຣໄຟລ໌

hmmbuild
ສ້າງໂປຣໄຟລ໌ຈາກການຈັດຮຽງລຳດັບຫຼາຍອັນ

hmm ແປງ
ປ່ຽນໄຟລ໌ໂປຣໄຟລ໌ເປັນຮູບແບບ HMMER ແລະບໍ່ແມ່ນ HMMER ຕ່າງໆ

hmmemit
ລຳດັບຕົວຢ່າງຈາກໂປຣໄຟລ໌

hmmfetch
ດຶງຂໍ້ມູນ HMM ອອກຈາກໄຟລ໌

hmmpgmd
Daemon ໃຊ້ສໍາລັບເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍເວັບໄຊຕ໌ hmmer.org, ສໍາລັບການຊອກຫາ phmmer-, hmmsearch-, ແລະ hmmscan-like search

ຊົມເຊີຍ
ກະກຽມຖານຂໍ້ມູນ HMM ສໍາລັບ hmmscan

hmmscan
ຄົ້ນຫາລໍາດັບທາດໂປຼຕີນຈາກຖານຂໍ້ມູນໂປຼຕີນ

hmmmsearch
ຄົ້ນຫາໂປຣໄຟລ໌ທາດໂປຼຕີນຈາກຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ

ຮືມຊິມ
ເກັບກໍາການແຈກຢາຍຄະແນນໂປຣໄຟລ໌ຕາມລໍາດັບແບບສຸ່ມ

hmmstat
ສະຖິຕິສະຫຼຸບສໍາລັບໄຟລ໌ໂປຣໄຟລ໌

jackhmmer
ການຄົ້ນຫາແບບຊ້ຳໆຂອງລໍາດັບທາດໂປຼຕີນຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ

nhmmer
ຄົ້ນຫາລໍາດັບ nucleotide (s), ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ (s), ຫຼື profile(s) ຕໍ່ກັບລໍາດັບ nucleotide
ຖານຂໍ້ມູນ

nhmmscan
ຄົ້ນຫາລໍາດັບ nucleotide ຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນໂປຣໄຟລ໌ nucleotide

phmmer
ຄົ້ນຫາລໍາດັບທາດໂປຼຕີນຈາກຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ

ລາຍລະອຽດ

HMMER ແມ່ນຊຸດຂອງຫຼາຍໆໂຄງການສໍາລັບການຈັດລໍາດັບທາງຊີວະພາບແລະຖານຂໍ້ມູນ
ການຄົ້ນຫາ homology. ມັນໃຊ້ຕົວແບບ probabilistic ເອີ້ນວ່າ "ຕົວແບບ Markov ທີ່ເຊື່ອງໄວ້ profile"
(profile HMMs) ເພື່ອເປັນຕົວແທນຂອງ homologs ການວິວັດທະນາການທີ່ອາດຈະເກີດຂຶ້ນຂອງລໍາດັບດຽວ ຫຼື
ການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນຂອງຄອບຄົວລຳດັບ. ເສັ້ນທາງຕົ້ນຕໍຂອງການຄົ້ນຄວ້າແມ່ນການປັບປຸງ
ຮູບແບບການຄາດເດົາວິວັດທະນາການໃນ HMMER ເພື່ອໃຫ້ສາມາດຮັບຮູ້ໄດ້ແລະສອດຄ່ອງຢ່າງຖືກຕ້ອງ
homologs ຫ່າງ​ໄກ​ສອກ​ຫຼີກ​ເພີ່ມ​ຂຶ້ນ​, ຫ່າງ​ໄກ​ໃນ​ເວ​ລາ​.

HMMER ຍັງຖືກໃຊ້ເປັນເຄື່ອງມືໃນການຈັດຕັ້ງ, ເພື່ອຈັດກຸ່ມຈໍານວນການຂະຫຍາຍຕົວຂອງຕົວເລກ
ລຳດັບທາງຊີວະວິທະຍາເປັນຊຸດທີ່ນ້ອຍກວ່າຂອງຄອບຄົວລຳດັບທີ່ມີຄຳບັນຍາຍດີ. ໃຫມ່
ລໍາດັບສາມາດບັນທຶກໂດຍການປຽບທຽບກັບຖານຂໍ້ມູນຄອບຄົວລໍາດັບ curated ຂອງ
ໂປຣໄຟລ HMMER ທີ່ສ້າງຂຶ້ນກ່ອນ, ນອກຈາກນັ້ນຫຼືແທນທີ່ຈະເປັນການປຽບທຽບກັບລໍາດັບທັງຫມົດ
ຖານຂໍ້ມູນ. ຖານຂໍ້ມູນເຊັ່ນ Pfam, SMART, ແລະ TIGRfams, ແລະອື່ນໆ, ແມ່ນອີງໃສ່ນີ້
ຫຼັກການ.

HMMER ຖືກນໍາໃຊ້ໃນສາມໂຫມດຕົ້ນຕໍ: ຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບສໍາລັບ homologs ໃຫມ່ຂອງ a
ລໍາດັບຫຼືຄອບຄົວລໍາດັບ; ຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນໂປຣໄຟລ໌ (ເຊັ່ນ Pfam) ເພື່ອຊອກຫາສິ່ງທີ່ຮູ້ຈັກ
ຄອບຄົວລໍາດັບການສອບຖາມເປັນຂອງ, ຫຼືສິ່ງທີ່ໂດເມນມັນມີ; ແລະ​ການ​ກໍ່​ສ້າງ​ອັດ​ຕະ​ໂນ​ມັດ​
ການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນໃຫຍ່ (ເຊັ່ນ: ມີຈໍານວນລໍາດັບທີ່ບໍ່ຈໍາກັດຢ່າງມີປະສິດທິພາບ) ໂດຍໃຊ້ a
ຕົວແທນໂປຣໄຟລ໌ຂອງຄອບຄົວລຳດັບ.

ສົມມຸດວ່າທ່ານມີການຈັດລໍາດັບຫຼາຍລໍາດັບຂອງຄອບຄົວລໍາດັບຄວາມສົນໃຈ, ແລະທ່ານ
ຕ້ອງການຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບສໍາລັບ homologs ເພີ່ມເຕີມ. ໄດ້ hmmbuild ໂຄງ​ການ​ກໍ່​ສ້າງ​
ໂປຣໄຟລ໌ຈາກການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນ. ໄດ້ hmmmsearch ໂປຣແກຣມຊອກຫາໂປຣໄຟລໂປຣຕີນ
ຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ, ແລະ nhmmer ຄົ້ນຫາໂປຣໄຟລ໌ nucleotide ຕໍ່ກັບ a
ຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ nucleotide.

ສົມມຸດວ່າທ່ານມີຄວາມສົນໃຈໃນລໍາດັບດຽວ, ແລະທ່ານຕ້ອງການຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ
ສໍາລັບ homologs ເພີ່ມເຕີມ. ໄດ້ phmmer ໂຄງການຄົ້ນຫາລໍາດັບທາດໂປຼຕີນດຽວຕໍ່ກັບ a
ຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ. ໄດ້ jackhmmer ໂຄງ​ການ​ເຮັດ​ສິ່ງ​ດຽວ​ກັນ​ແຕ່​ຊໍ້າ​ຄືນ --
homologs ທີ່ກວດພົບໃນຮອບກ່ອນຫນ້າແມ່ນລວມເຂົ້າໄປໃນໂປຣໄຟລ໌ໃຫມ່, ແລະໃຫມ່
ໂປຣໄຟລ໌ຖືກຄົ້ນຫາອີກຄັ້ງ. phmmer ຖືກນໍາໃຊ້ເຊັ່ນ BLASTP, ແລະ jackhmmer ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​ຄື a
ໂປຣຕີນ PSI-BLAST. ໄດ້ nhmmer ໂຄງການຄົ້ນຫາລໍາດັບ nucleotide ດຽວຕໍ່ກັບ a
ລໍາດັບ nucleotide.

ສົມມຸດວ່າທ່ານມີລໍາດັບທີ່ທ່ານຕ້ອງການທີ່ຈະວິເຄາະໂດຍໃຊ້ໂປຣໄຟລ໌ HMM ທີ່ອີງໃສ່ HMMER
ຖານຂໍ້ມູນເຊັ່ນ Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk) The ຊົມເຊີຍ ໂຄງການຈັດຮູບແບບໂປຣໄຟລ໌ HMM
flatfile (ເຊັ່ນໄຟລ໌ທີ່ເຈົ້າຈະດາວໂຫລດຈາກ Pfam) ເຂົ້າໄປໃນຖານຂໍ້ມູນ HMMER binary.
ໄດ້ hmmscan ໂຄງການຄົ້ນຫາລໍາດັບທາດໂປຼຕີນຈາກຖານຂໍ້ມູນນັ້ນ. ໄດ້ nhmmscan
ໂຄງການທີ່ຄ້າຍຄືກັນສາມາດຄົ້ນຫາລໍາດັບ nucleotide ຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນທີ່ກົດດັນ
ໂປຼໄຟລ໌ nucleotide, ເຊັ່ນ: ຈາກ Dfam (http://dfam.janelia.org).

ສົມມຸດວ່າທ່ານຕ້ອງການຈັດລໍາດັບຫຼາຍ. ທ່ານສາມາດສ້າງຂະຫນາດນ້ອຍທີ່ສາມາດຈັດການໄດ້
ສອດຄ່ອງຂອງຊຸດຕົວແທນຂອງລໍາດັບ, ສ້າງ profile ກັບ hmmbuild, ແລະໃຊ້
hmmalign ໂຄງ​ການ​ເພື່ອ​ຈັດ​ລຽງ​ລໍາ​ດັບ​ຈໍາ​ນວນ​ໃດ​ຫນຶ່ງ​ກັບ profile ນັ້ນ​.

HMMER ຍັງປະກອບມີບາງເຄື່ອງມືຊ່ວຍສໍາລັບການເຮັດວຽກກັບຖານຂໍ້ມູນໂປຣໄຟລ໌ຂະຫນາດໃຫຍ່.
hmmfetch ດຶງເອົາໜຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍໂປຣໄຟລ໌ຈາກຖານຂໍ້ມູນ. hmmstat ພິມສະຖິຕິສະຫຼຸບ
ກ່ຽວກັບໄຟລ໌ໂປຣໄຟລ໌.

ສໍາລັບຄວາມເຂົ້າກັນໄດ້ກັບຊອບແວໂປຣໄຟລ໌ອື່ນໆແລະສະບັບທີ່ຜ່ານມາຂອງ HMMER, ໄດ້
hmm ແປງ ໂຄງ​ການ​ປ່ຽນ​ຮູບ​ແບບ​ຮູບ​ແບບ​ອື່ນໆ​ຈໍາ​ນວນ​ຫນຶ່ງ​. ພວກເຮົາຕັ້ງໃຈທີ່ຈະເພີ່ມການສະຫນັບສະຫນູນເພີ່ມເຕີມ
ສໍາລັບຮູບແບບອື່ນໆໃນໄລຍະເວລາ.

ໄດ້ hmmemit ໂຄງການສ້າງ (ຈໍາລອງ) ລໍາດັບ "homologous" ໂດຍການເກັບຕົວຢ່າງຈາກ a
ໂປຣໄຟລ໌. ມັນຍັງສາມາດສ້າງລໍາດັບ "ຄວາມເຫັນດີນໍາ".

ໄດ້ ຮືມຊິມ ໂຄງ​ການ​ແມ່ນ simulator ໃຊ້​ສໍາ​ລັບ​ການ​ເກັບ​ກໍາ​ສະ​ຖິ​ຕິ​ກ່ຽວ​ກັບ​ການ​ແຈກ​ຢາຍ​ຄະ​ແນນ​
ຢູ່ໃນລໍາດັບແບບສຸ່ມ.

ແຕ່ລະໂຄງການມີຫນ້າຜູ້ຊາຍຂອງຕົນເອງ.

ໃຊ້ hmmer ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net