ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ hmmscan ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
hmmscan - ຄົ້ນຫາລໍາດັບທາດໂປຼຕີນຈາກຖານຂໍ້ມູນໂປຼຕີນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
hmmscan [ທາງເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
hmmscan ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອຄົ້ນຫາລໍາດັບທາດໂປຼຕີນຈາກການລວບລວມຂໍ້ມູນຂອງໂປຼຕີນ. ສໍາລັບ
ແຕ່ລະລໍາດັບໃນ , ໃຊ້ລໍາດັບແບບສອບຖາມເພື່ອຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນເປົ້າຫມາຍຂອງ
ໂປຣໄຟລ໌ໃນ , ແລະຜົນຜະລິດອັນດັບບັນຊີລາຍຊື່ຂອງໂປໄຟທີ່ມີຄວາມສໍາຄັນທີ່ສຸດ
ກົງກັບລໍາດັບ.
ໄດ້ ອາດມີຫຼາຍກວ່າໜຶ່ງລຳດັບການສອບຖາມ. ມັນສາມາດຢູ່ໃນຮູບແບບ FASTA, ຫຼື
ຫຼາຍໆຮູບແບບໄຟລ໌ລໍາດັບທົ່ວໄປອື່ນໆ (genbank, embl, ແລະ uniprot, ແລະອື່ນໆ), ຫຼື
ໃນຮູບແບບໄຟລ໌ສອດຄ່ອງ (stockholm, ສອດຄ່ອງ fasta, ແລະອື່ນໆ). ເບິ່ງ --qformat ທາງເລືອກ
ສໍາລັບບັນຊີລາຍຊື່ຄົບຖ້ວນ.
ໄດ້ ຕ້ອງໄດ້ຮັບການກົດດັນໂດຍການນໍາໃຊ້ ຊົມເຊີຍ ກ່ອນທີ່ຈະສາມາດຄົ້ນຫາດ້ວຍ hmmscan.
ອັນນີ້ສ້າງສີ່ໄຟລ໌ໄບນາຣີ, ຕໍ່ທ້າຍ .h3{fimp}.
ການສອບຖາມ ອາດຈະເປັນ '-' (ຕົວອັກສອນ dash), ໃນກໍລະນີທີ່ລໍາດັບການສອບຖາມແມ່ນ
ອ່ານຈາກ ກ ທໍ່ແທນທີ່ຈະມາຈາກໄຟລ໌. ໄດ້ ບໍ່ສາມາດອ່ານໄດ້ຈາກ a
stream, ເນື່ອງຈາກວ່າມັນຈໍາເປັນຕ້ອງມີສີ່ໄຟລ໌ binary auxiliary ທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ
ຊົມເຊີຍ.
ຮູບແບບຜົນຜະລິດໄດ້ຖືກອອກແບບມາເພື່ອໃຫ້ມະນຸດສາມາດອ່ານໄດ້, ແຕ່ມັກຈະມີປະລິມານຫຼາຍ
ການອ່ານມັນບໍ່ມີປະໂຫຍດ, ແລະການແຍກມັນເປັນເລື່ອງເຈັບປວດ. ໄດ້ --tblout ແລະ --domtblout ທາງເລືອກໃນການ
ບັນທຶກຜົນຜະລິດໃນຮູບແບບຕາຕະລາງທີ່ງ່າຍດາຍທີ່ຫຍໍ້ແລະງ່າຍຕໍ່ການວິເຄາະ. ໄດ້ -o ທາງເລືອກ
ອະນຸຍາດໃຫ້ປ່ຽນເສັ້ນທາງຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍ, ລວມທັງການຖິ້ມມັນອອກໄປໃນ /dev/null.
OPTIONS
-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.
OPTIONS FOR ການຄວບຄຸມ OUTPUT
-o ຊີ້ທິດທາງຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍທີ່ມະນຸດອ່ານໄດ້ໄປຫາໄຟລ໌ ແທນທີ່ຈະເປັນ stdout ເລີ່ມຕົ້ນ.
--tblout
ບັນທຶກໄຟລ໌ຕາຕະລາງແບບງ່າຍໆ (ຂັ້ນດ້ວຍພື້ນທີ່) ສະຫຼຸບຜົນໄດ້ຮັບຕໍ່ເປົ້າໝາຍ,
ໂດຍພົບເສັ້ນຂໍ້ມູນໜຶ່ງເສັ້ນຕໍ່ຕົວແບບເປົ້າໝາຍທີ່ເປັນເອກະພາບ.
--domtblout
ບັນທຶກໄຟລ໌ຕາຕະລາງແບບງ່າຍໆ (ຂັ້ນດ້ວຍພື້ນທີ່) ສະຫຼຸບຜົນອອກຕໍ່ໂດເມນ,
ກັບເສັ້ນຂໍ້ມູນຫນຶ່ງຕໍ່ໂດເມນ homologous ທີ່ກວດພົບໃນລໍາດັບການສອບຖາມສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ
ຮູບແບບດຽວກັນ.
--pfamtblout
ບັນທຶກໄຟລ໌ຕາຕະລາງ succinct ໂດຍສະເພາະ (ພື້ນທີ່ -delimited) ສະຫຼຸບໂດຍຫຍໍ້ຂອງ per-
ຜົນຜະລິດເປົ້າຫມາຍ, ມີເສັ້ນຂໍ້ມູນຫນຶ່ງຕໍ່ຮູບແບບເປົ້າຫມາຍ homologous ພົບ.
--acc ໃຊ້ການເຂົ້າໃຊ້ແທນຊື່ໃນຜົນໄດ້ຮັບຕົ້ນຕໍ, ບ່ອນທີ່ມີໃຫ້ກັບໂປຣໄຟລ໌
ແລະ/ຫຼື ລຳດັບ.
--ໂນອາລີ
ຂ້າມພາກສ່ວນການຈັດຮຽງຈາກຜົນຜະລິດຫຼັກ. ນີ້ສາມາດຫຼຸດລົງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍຜົນຜະລິດ
ປະລິມານ.
--notextw
ບໍ່ຈໍາກັດຄວາມຍາວຂອງແຕ່ລະເສັ້ນໃນຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຈໍາກັດ 120
ຕົວອັກສອນຕໍ່ແຖວ, ເຊິ່ງຈະຊ່ວຍໃນການສະແດງຜົນຜະລິດໄດ້ຢ່າງສະອາດຢູ່ໃນ terminals ແລະ
ໃນບັນນາທິການ, ແຕ່ສາມາດຕັດເສັ້ນລາຍລະອຽດໂປຣໄຟລ໌ເປົ້າຫມາຍ.
--textw
ກໍານົດຂອບເຂດຄວາມຍາວເສັ້ນຂອງຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍເປັນ ຕົວອັກສອນຕໍ່ແຖວ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
120.
OPTIONS FOR ການລາຍງານ ເກນກຳນົດ
ການລາຍງານຂອບເຂດຄວບຄຸມການລາຍງານ hits ໃນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ (ຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍ,
--tblout, ແລະ --domtblout).
-E ໃນຜົນໄດ້ຮັບຕໍ່ເປົ້າຫມາຍ, ລາຍງານໂປຣໄຟລ໌ເປົ້າຫມາຍທີ່ມີ E-value ຂອງ <= . ໄດ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 10.0, ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າໂດຍສະເລ່ຍ, ປະມານ 10 ບວກທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງຈະຖືກລາຍງານ
ຕໍ່ການສອບຖາມ, ດັ່ງນັ້ນທ່ານສາມາດເບິ່ງດ້ານເທິງຂອງສິ່ງລົບກວນແລະການຕັດສິນໃຈສໍາລັບຕົວທ່ານເອງວ່າມັນເປັນ
ສິ່ງລົບກວນແທ້ໆ.
-T ແທນທີ່ຈະກໍານົດຂອບເຂດຜົນຜະລິດຕໍ່ໂປຣໄຟລ໌ໃນ E-value, ແທນທີ່ຈະລາຍງານເປົ້າຫມາຍ
ໂປຣໄຟລ໌ທີ່ມີຄະແນນນ້ອຍຂອງ >= .
--domE
ໃນຜົນຜະລິດຕໍ່ໂດເມນ, ສໍາລັບໂປຼໄຟລ໌ເປົ້າຫມາຍທີ່ພໍໃຈແລ້ວ per-
ລະດັບການລາຍງານໂປຣໄຟລ໌, ລາຍງານໂດເມນສ່ວນບຸກຄົນທີ່ມີເງື່ອນໄຂ E-value
ຂອງ <= . ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 10.0. E-value ທີ່ມີເງື່ອນໄຂຫມາຍເຖິງຕົວເລກທີ່ຄາດໄວ້
ຂອງໂດເມນບວກທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງເພີ່ມເຕີມໃນພື້ນທີ່ຄົ້ນຫາຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າຂອງເຫຼົ່ານັ້ນ
ການປຽບທຽບທີ່ພໍໃຈກັບເກນການລາຍງານຕໍ່ໂປຣໄຟລ໌ແລ້ວ (ແລະດັ່ງນັ້ນ
ຕ້ອງມີຢ່າງຫນ້ອຍຫນຶ່ງໂດເມນ homologous ແລ້ວ).
--domT
ແທນທີ່ຈະກໍານົດຂອບເຂດຜົນຜະລິດຕໍ່ໂດເມນໃນ E-value, ແທນທີ່ຈະລາຍງານໂດເມນດ້ວຍ a
ຄະແນນນ້ອຍຂອງ >= .
OPTIONS FOR ລວມເຂົ້າ ເກນກຳນົດ
ເກນການລວມແມ່ນເຂັ້ມງວດກວ່າການລາຍງານ. ການຄວບຄຸມການລວມເຂົ້າກັນ
hits ອັນໃດຖືກຖືວ່າເປັນທີ່ເຊື່ອຖືໄດ້ພຽງພໍທີ່ຈະຖືກລວມເຂົ້າໃນການຈັດລຽງຜົນຜະລິດຫຼື a
ຮອບຄົ້ນຫາຕໍ່ໄປ. ໃນ hmmscan, ເຊິ່ງບໍ່ມີຜົນຜະລິດການຈັດຕໍາແຫນ່ງໃດໆ (ເຊັ່ນ:
hmmmsearch or phmmer) ຫຼືຂັ້ນຕອນການຄົ້ນຫາຊໍ້າໆ (ເຊັ່ນ jackhmmer), ຂອບເຂດການລວມ
ມີຜົນກະທົບຫນ້ອຍ. ພວກເຂົາເຈົ້າພຽງແຕ່ຜົນກະທົບຕໍ່ສິ່ງທີ່ໂດເມນໄດ້ຮັບການຫມາຍເປັນທີ່ສໍາຄັນ (!) ຫຼື
ຄໍາຖາມ (?) ໃນຜົນຜະລິດໂດເມນ.
--incE
ໃຊ້ E-value ຂອງ <= ຕາມເປົ້າໝາຍລວມຕໍ່ເປົ້າໝາຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
0.01, ຫມາຍຄວາມວ່າໂດຍສະເລ່ຍ, ປະມານ 1 false positive ຄາດວ່າຈະຢູ່ໃນທຸກໆ
100 ການຄົ້ນຫາທີ່ມີລໍາດັບຄໍາຖາມທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.
--incT
ແທນທີ່ຈະໃຊ້ E-values ສໍາລັບກໍານົດຂອບເຂດການລວມ, ແທນທີ່ຈະໃຊ້ເລັກນ້ອຍ
ຄະແນນຂອງ >= ເປັນຂອບເຂດການລວມເອົາຕໍ່ເປົ້າໝາຍ. ມັນຈະເປັນການຜິດປົກກະຕິທີ່ຈະໃຊ້
bit ເກນຄະແນນທີ່ມີ hmmscan, ເພາະວ່າເຈົ້າບໍ່ໄດ້ຄາດຫວັງຄະແນນດຽວ
ເກນທີ່ຈະເຮັດວຽກສໍາລັບໂປຣໄຟລ໌ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ; ໂປຣໄຟລ໌ທີ່ແຕກຕ່າງກັນມີເລັກນ້ອຍ
ການແຈກຢາຍຄະແນນທີ່ຄາດໄວ້ແຕກຕ່າງກັນ.
--incdomE
ໃຊ້ເງື່ອນໄຂ E-value ຂອງ <= ເປັນຂອບເຂດການລວມເອົາຕໍ່ໂດເມນ, ໃນ
ເປົ້າໝາຍທີ່ພໍໃຈແລ້ວກັບເກນລວມຕໍ່ເປົ້າໝາຍລວມ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.01.
--incdomT
ແທນທີ່ຈະໃຊ້ E-values, ແທນທີ່ຈະໃຊ້ຄະແນນນ້ອຍຂອງ >= ເປັນຕໍ່ໂດເມນ
ເກນລວມ. ເຊັ່ນດຽວກັບ --incT ຂ້າງເທິງ, ມັນຈະເປັນການຜິດປົກກະຕິທີ່ຈະໃຊ້ບິດດຽວ
ເກນຄະແນນໃນ hmmscan.
OPTIONS FOR MODEL-SPECIFIC ຄະແນນ ເກນກຳນົດ
ຖານຂໍ້ມູນໂປຣໄຟລ໌ທີ່ຄັດສັນມາອາດຈະກໍານົດຂອບເຂດຄະແນນບິດສະເພາະສໍາລັບແຕ່ລະໂປຣໄຟລ໌,
ແທນທີ່ເກນໃດນຶ່ງໂດຍອີງໃສ່ຄວາມສຳຄັນທາງສະຖິຕິຢ່າງດຽວ.
ເພື່ອໃຊ້ຕົວເລືອກເຫຼົ່ານີ້, ໂປຣໄຟລ໌ຈະຕ້ອງມີຂໍ້ມູນທີ່ເຫມາະສົມ (GA, TC, ແລະ/ຫຼື NC)
annotation ເກນຄະແນນທາງເລືອກ; ນີ້ແມ່ນເກັບຂຶ້ນໂດຍ hmmbuild ຈາກຮູບແບບ Stockholm
ໄຟລ໌ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. ແຕ່ລະຕົວເລືອກເກນມີສອງຄະແນນ: ເກນຕໍ່ລຳດັບ
ແລະຂອບເຂດຕໍ່ໂດເມນ ເຫຼົ່ານີ້ປະຕິບັດຄືກັບວ່າ -T --incT --domT
--incdomT ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ໂດຍສະເພາະໂດຍການນໍາໃຊ້ມາດຕະຖານ curated ຂອງແຕ່ລະແບບ.
--cut_ga
ໃຊ້ GA (ການລວບລວມ) ຄະແນນບິດໃນຕົວແບບເພື່ອກໍານົດຕໍ່ລໍາດັບ (GA1) ແລະຕໍ່.
ໂດເມນ (GA2) ການລາຍງານແລະການລວມເອົາຂອບເຂດ. ເກນ GA ໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວ
ຖືວ່າເປັນເກນທີ່ໜ້າເຊື່ອຖືໄດ້ທີ່ກຳນົດການເປັນສະມາຊິກຄອບຄົວ; ສໍາລັບ
ຕົວຢ່າງ, ໃນ Pfam, ຂອບເຂດເຫຼົ່ານີ້ກໍານົດສິ່ງທີ່ຖືກລວມຢູ່ໃນ Pfam Full
ການຈັດລໍາດັບໂດຍອີງໃສ່ການຄົ້ນຫາທີ່ມີຮູບແບບ Pfam Seed.
--cut_nc
ໃຊ້ຂອບເຂດຄະແນນບິດຂອງ NC (noise cutoff) ໃນຕົວແບບເພື່ອກໍານົດຕໍ່ລໍາດັບ
(NC1) ແລະການລາຍງານຕໍ່ໂດເມນ (NC2) ແລະເກນການລວມເຂົ້າກັນ. ເກນ NC ແມ່ນ
ໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວຖືວ່າເປັນຄະແນນຂອງຄະແນນສູງສຸດທີ່ຮູ້ຈັກທາງບວກບໍ່ຖືກຕ້ອງ.
--cut_tc
ໃຊ້ຂອບເຂດຄະແນນບິດຂອງ NC (ການຕັດທີ່ເຊື່ອຖືໄດ້) ໃນຕົວແບບເພື່ອກໍານົດຕໍ່ລໍາດັບ.
(TC1) ແລະການລາຍງານຕໍ່ໂດເມນ (TC2) ແລະເກນການລວມເຂົ້າກັນ. ເກນ TC ແມ່ນ
ໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວຖືວ່າເປັນຄະແນນຂອງຄະແນນຕ່ໍາສຸດທີ່ຮູ້ຈັກທາງບວກທີ່ແທ້ຈິງທີ່
ແມ່ນຢູ່ຂ້າງເທິງຂໍ້ດີທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງທັງຫມົດທີ່ຮູ້ຈັກ.
ການຄວບຄຸມ OF ການ ACCELERATION ທໍ່
ການຊອກຫາ HMMER3 ແມ່ນເລັ່ງໃສ່ທໍ່ການກັ່ນຕອງສາມຂັ້ນຕອນ: ການກັ່ນຕອງ MSV, the
ການກັ່ນຕອງ Viterbi, ແລະການກັ່ນຕອງ Forward. ການກັ່ນຕອງທໍາອິດແມ່ນໄວທີ່ສຸດແລະຫຼາຍທີ່ສຸດ
ປະມານ; ສຸດທ້າຍແມ່ນວິທີການໃຫ້ຄະແນນ Forward ເຕັມ. ນອກນັ້ນຍັງມີຕົວກອງອະຄະຕິ
ຂັ້ນຕອນລະຫວ່າງ MSV ແລະ Viterbi. ເປົ້າຫມາຍທີ່ຜ່ານຂັ້ນຕອນທັງຫມົດໃນທໍ່ເລັ່ງ
ຫຼັງ ຈາກ ນັ້ນ ແມ່ນ ຂຶ້ນ ກັບ postprocessing -- ການ ກໍາ ນົດ ໂດ ເມນ ແລະ ການ ໃຫ້ ຄະ ແນນ ການ ນໍາ ໃຊ້
Forward/Backward Algorithm.
ການປ່ຽນແປງຂອບເຂດການກັ່ນຕອງພຽງແຕ່ເອົາຫຼືລວມເອົາເປົ້າຫມາຍຈາກການພິຈາລະນາ; ການປ່ຽນແປງ
ເກນຕົວກອງບໍ່ປ່ຽນແປງຄະແນນບິດ, ຄ່າອີເມລ໌, ຫຼືການຈັດຮຽງ, ເຊິ່ງທັງໝົດແມ່ນ
ກໍານົດພຽງແຕ່ໃນ postprocessing.
--ສູງສຸດ ປິດຕົວກອງທັງໝົດ, ລວມທັງຕົວກອງອະຄະຕິ, ແລະແລ່ນໄປໜ້າ/ຫຼັງເຕັມ
postprocessing ໃນທຸກເປົ້າຫມາຍ. ນີ້ເພີ່ມຄວາມອ່ອນໄຫວບາງຢ່າງ, ໃນຂະຫນາດໃຫຍ່
ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍໃນຄວາມໄວ.
--F1
ກໍານົດຂອບເຂດ P-value ສໍາລັບຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງ MSV. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.02, ຫມາຍຄວາມວ່າ
ຄາດວ່າຄາດວ່າເປົ້າໝາຍທີ່ບໍ່ແມ່ນຄົນທີ່ໄດ້ຄະແນນສູງສຸດປະມານ 2% ຈະຜ່ານ
ການກັ່ນຕອງ.
--F2
ກໍານົດຂອບເຂດ P-value ສໍາລັບຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງ Viterbi. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.001.
--F3
ກໍານົດຂອບເຂດ P-value ສໍາລັບຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງ Forward. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1e-5.
--nobias
ປິດຕົວກອງຄວາມລຳອຽງ. ນີ້ຈະເພີ່ມຄວາມອ່ອນໄຫວບາງຢ່າງ, ແຕ່ສາມາດມາຢູ່ທີ່
ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍສູງໃນຄວາມໄວ, ໂດຍສະເພາະແມ່ນຖ້າຫາກວ່າການສອບຖາມມີອະຄະຕິອົງປະກອບ residue (ເຊັ່ນ:
ພາກພື້ນລໍາດັບທີ່ຊ້ໍາກັນ, ຫຼືຖ້າຫາກວ່າມັນເປັນທາດໂປຼຕີນຈາກເຍື່ອທີ່ມີພາກພື້ນຂະຫນາດໃຫຍ່ຂອງ
hydrophobicity). ຖ້າບໍ່ມີຕົວກັ່ນຕອງອະຄະຕິ, ລຳດັບຫຼາຍເກີນໄປອາດຜ່ານຕົວກອງໄດ້
ດ້ວຍການສອບຖາມທີ່ມີຄວາມລໍາອຽງ, ເຮັດໃຫ້ການປະຕິບັດຊ້າກວ່າທີ່ຄາດໄວ້ເປັນ
ສູດການຄິດໄລ່ການໄປໜ້າ/ກັບຫຼັງທີ່ເຂັ້ມຂຸ້ນ, ມີຄວາມໜັກໜ່ວງຜິດປົກກະຕິ
ການໂຫຼດ.
ອື່ນໆ OPTIONS
--nonull2
ປິດການແກ້ໄຂຄະແນນ null2 ສໍາລັບອົງປະກອບອະຄະຕິ.
-Z ຢືນຢັນວ່າຈໍານວນເປົ້າຫມາຍທັງຫມົດໃນການຄົ້ນຫາຂອງທ່ານແມ່ນ , ສໍາລັບຈຸດປະສົງ
ຂອງການຄິດໄລ່ E-value ຕໍ່ລໍາດັບ, ແທນທີ່ຈະເປັນຈໍານວນຕົວຈິງຂອງເປົ້າຫມາຍ
ເຫັນ.
--domZ
ຢືນຢັນວ່າຈໍານວນເປົ້າຫມາຍທັງຫມົດໃນການຄົ້ນຫາຂອງທ່ານແມ່ນ , ສໍາລັບຈຸດປະສົງ
ຂອງການຄິດໄລ່ E-value ທີ່ມີເງື່ອນໄຂຕໍ່ໂດເມນ, ແທນທີ່ຈະເປັນຈໍານວນເປົ້າຫມາຍ
ທີ່ຜ່ານເກນການລາຍງານ.
-- ແກ່ນ
ກໍານົດແກ່ນຈໍານວນ Random ເປັນ . ບາງຂັ້ນຕອນໃນການປະມວນຜົນຫຼັງຕ້ອງການ Monte
ການຈຳລອງ Carlo. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນການນໍາໃຊ້ເມັດຄົງທີ່ (42), ດັ່ງນັ້ນຜົນໄດ້ຮັບແມ່ນ
ສາມາດແຜ່ພັນໄດ້ແທ້. ຈຳນວນເຕັມບວກອື່ນໆຈະໃຫ້ແຕກຕ່າງກັນ (ແຕ່ຍັງ
ສາມາດສືບພັນໄດ້) ຜົນໄດ້ຮັບ. ທາງເລືອກຂອງ 0 ໃຊ້ແນວພັນທີ່ເລືອກໂດຍ arbitrarily.
--qformat
ຢືນຢັນວ່າໄຟລ໌ລໍາດັບການສອບຖາມແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ . ຮູບແບບທີ່ຍອມຮັບປະກອບມີ
ໄວ, ສັນຍາລັກ, genbank, ddbj, uniprot, stockholm, pfam, a2m, ແລະ afa.
--cpu
ກໍານົດຈໍານວນຂອງກະທູ້ພະນັກງານຂະຫນານເປັນ . ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, HMMER ຕັ້ງຄ່ານີ້ເປັນ
ຈໍານວນຂອງ CPU cores ມັນກວດພົບໃນເຄື່ອງຂອງທ່ານ - ນັ້ນແມ່ນ, ມັນພະຍາຍາມຂະຫຍາຍສູງສຸດ
ການນໍາໃຊ້ຂອງຫຼັກໂຮງງານຜະລິດທີ່ມີຢູ່ຂອງທ່ານ. ການຕັ້ງຄ່າ ສູງກວ່າຈໍານວນ
cores ທີ່ມີຢູ່ແມ່ນຫນ້ອຍຖ້າມີຄ່າໃດໆ, ແຕ່ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການຕັ້ງມັນເປັນບາງສິ່ງບາງຢ່າງ
ຫນ້ອຍ. ທ່ານຍັງສາມາດຄວບຄຸມຕົວເລກນີ້ໄດ້ໂດຍການຕັ້ງຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ,
HMMER_NCPU.
ຕົວເລືອກນີ້ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າ HMMER ໄດ້ຖືກລວບລວມດ້ວຍການຮອງຮັບກະທູ້ POSIX.
ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແຕ່ມັນອາດຈະຖືກປິດໄວ້ສໍາລັບເວັບໄຊທ໌ຫຼືເຄື່ອງຈັກຂອງທ່ານ
ເຫດຜົນບາງຢ່າງ.
--ຮ້ານ
ສໍາລັບການດີບັກ MPI ຕົ້ນສະບັບ / ເວີຊັ່ນຜູ້ເຮັດວຽກ: ຢຸດຊົ່ວຄາວຫຼັງຈາກເລີ່ມຕົ້ນ, ເພື່ອເປີດໃຊ້ງານ
ນັກພັດທະນາເພື່ອຄັດຕິດຕົວດີບັກກັບຂະບວນການແມ່ບົດແລະຜູ້ເຮັດວຽກທີ່ເຮັດວຽກ. ສົ່ງ
ສັນຍານ SIGCONT ເພື່ອປົດປ່ອຍການຢຸດຊົ່ວຄາວ. (ພາຍໃຕ້ gdb: (GDB) signal ສັນຍາລັກ)
(ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າຮອງຮັບ MPI ທາງເລືອກຖືກເປີດໃຊ້ໃນເວລາລວບລວມ.)
--mpi ດໍາເນີນການໃນ MPI ຕົ້ນສະບັບ / ຮູບແບບພະນັກງານ, ການນໍາໃຊ້ ໄພຣຸນ.
(ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າຮອງຮັບ MPI ທາງເລືອກຖືກເປີດໃຊ້ໃນເວລາລວບລວມ.)
ໃຊ້ hmmscan ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
