probabel.pl - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

probabel - Wrapper ຮອບສາມ ProbABEL binaries, ເຮັດໃຫ້ການນໍາໃຊ້ຂອງເຂົາເຈົ້າງ່າຍດາຍ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

probabel CHROM-START CHROM-STOP ວິທີການ ທີ່ພັກເຊົາ MODEL PHENOTYPE [OTHER_OPTIONS]

ລາຍລະອຽດ

probabel ແມ່ນ wrapper ປະມານສາມ ProbABEL binaries: palinear, palogist, ແລະ pacoxph.

ມັນໄດ້ຖືກອອກແບບເພື່ອງ່າຍການແລ່ນຂອງການສຶກສາສະມາຄົມ Genome-Wide (GWAS) ໂດຍການປະຫຍັດ
ເວລາອັນມີຄ່າຂອງຜູ້ໃຊ້ໃນສອງທາງ:

1) ມັນດໍາເນີນການວິເຄາະ regression ຂອງ chromosomes ທັງຫມົດຈາກ CHROM-START to CHROM-STOP.

2) ກົງກັນຂ້າມກັບສາມຄູ່ທີ່ໄດ້ກ່າວມາຂ້າງເທິງ, ກັບ probabel ຜູ້​ໃຊ້​ບໍ່​ຈໍາ​ເປັນ​ຕ້ອງ​
ເພື່ອລະບຸສະຖານທີ່ຂອງໄຟລ໌ຂໍ້ມູນພັນທຸກໍາທີ່ຕ້ອງການ. ສະຖານທີ່ຂອງພວກເຂົາແມ່ນສູນກາງ
ຈັດການຢູ່ໃນໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າ (/etc/probabel_config.cfg ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ).

OPTIONS

ທີ່ກໍານົດໄວ້ ຄໍາສັ່ງ ອອນໄລນ໌ ທາງເລືອກໃນການ
CHROM-START
ຈໍານວນໂຄໂມໂຊມເພື່ອເລີ່ມຕົ້ນການວິເຄາະຢູ່ທີ່.

CHROM-END
ຈໍານວນໂຄໂມໂຊມທີ່ຈະສິ້ນສຸດການວິເຄາະຢູ່ທີ່.

ໃຫ້ສັງເກດວ່າການວິເຄາະຂອງໂຄໂມໂຊມດຽວສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໂດຍການລະບຸຕົວເລກດຽວກັນສໍາລັບ
CHROM-START ແລະ CHROM-STOP. ໃນຄວາມເປັນຈິງ, ນີ້ແມ່ນວິທີການດໍາເນີນການວິເຄາະສໍາລັບ X ຫຼື Y
ໂຄໂມໂຊມ

ວິທີການ ວິທີການ regression ທີ່ຈະໃຊ້, ສາມາດເປັນຫນຶ່ງໃນ ເສັ້ນຊື່, ການຂົນສົ່ງ, or ຄອກຟ.

ທີ່ພັກເຊົາ ຊື່ຂອງກຸ່ມຕາມທີ່ກຳນົດໄວ້ໃນ /etc/probabel_config.cfg ໄຟລ໌. ການ​ນໍາ​ໃຊ້​
cohort identifier ຈາກ config file ທີ່ສາມ ProbABEL binaries ຕົວຈິງຮູ້
ບ່ອນ​ທີ່​ຈະ​ຊອກ​ຫາ​ໄຟລ​໌​ຂໍ້​ມູນ genotypic (ໄຟລ​໌​ຂະ​ຫນາດ​ຢາ​ແລະ / ຫຼື​ຄວາມ​ເປັນ​ໄປ​ໄດ້​
ແຟ້ມ).

MODEL ຮູບແບບພັນທຸກໍາທີ່ຈະນໍາໃຊ້. ສາມາດເປັນໄດ້ --ສານເຕີມແຕ່ງ ສໍາລັບຮູບແບບການເພີ່ມເຕີມ
(ຕ້ອງການຂໍ້ມູນ genotype ໃນຮູບແບບປະລິມານ), ຫຼື --ທຸກແບບ ເພື່ອດໍາເນີນການຮູບແບບພັນທຸກໍາທັງຫມົດ:
additive, recessive, dominant, over-dominant ແລະ 2df.

PHENOTYPE
ຊື່ຂອງໄຟລ໌ phenotype, ໂດຍບໍ່ມີການຂະຫຍາຍຂອງມັນ (ທີ່ຄວນຈະເປັນ .ພີ!).

ອື່ນ ໆ ທາງເລືອກໃນການ
ທາງ​ເລືອກ​ໃດ​ຫນຶ່ງ​ທີ່​ລະ​ບຸ​ໄວ້​ຫຼັງ​ຈາກ (ບັງ​ຄັບ​) ອັນ​ທີ່​ຜ່ານ​ມາ​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ສົ່ງ​ຕໍ່​ທີ່​ຕິດ​ພັນ​
ຄູ່: palinear, palogist or pacoxph, ຂື້ນກັບ ວິທີການ.

ທາງ​ເລືອກ​ທີ່​ໃຊ້​ຫຼາຍ​ທີ່​ສຸດ​ແມ່ນ​ -o ທາງເລືອກ, ຕາມດ້ວຍຊື່ໄຟລ໌, ນີ້ກໍານົດ
ການເລີ່ມຕົ້ນຂອງຊື່ໄຟລ໌ສໍາລັບໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ.

ເພີ່ມເຕີມ ທາງເລືອກໃນການ
-ຊ, - ຊ່ວຍ ຂໍຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບວິທີແລ່ນ probabel. ໃນກໍລະນີດັ່ງກ່າວນີ້, ບໍ່ມີອັນອື່ນ
ທາງ​ເລືອກ​ຈໍາ​ເປັນ​ຕ້ອງ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ລະ​ບຸ​ໄວ້​.

ຕົວຢ່າງ

ອັນນີ້ດໍາເນີນການສະແກນພັນທຸກໍາຂອງພັນທຸກໍາໂດຍໃຊ້ linear regression ແລະການເພີ່ມພັນທຸກໍາ
ຕົວແບບໃນກຸ່ມ My_Large_Cohort ສໍາລັບ phenotype my_phenotype:

probabel 1 22 linear "My_Large_Cohort" --additive my_phenotype

ໃຊ້ probabel.pl ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net