ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ samtoh5 ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຟຣີຫຼາຍອັນຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
samtoh5 - ປ່ຽນໄຟລ໌ SAM ເປັນຮູບແບບ cmp.h5
ສະຫຼຸບສັງລວມ
samtoh5 in.sam reference.fasta out.cmp.h5 [ທາງເລືອກໃນການ]
OPTIONS
in.sam ປ້ອນໄຟລ໌ SAM.
reference.fasta
ການອ້າງອີງທີ່ໃຊ້ເພື່ອສ້າງການອ່ານ.
out.cmp.h5
ໄຟລ໌ cmp.h5 ອອກ.
-smrtTitle
ໃຊ້ຕົວເລືອກນີ້ເມື່ອປ່ຽນການຈັດຮຽງທີ່ສ້າງຂຶ້ນຈາກການອ່ານທີ່ຜະລິດໂດຍ
pls2fasta(1) ຈາກໄຟລ໌ bas.h5 ໂດຍ parsing ອ່ານພິກັດຈາກ SMRT ອ່ານ
ຫົວຂໍ້. ຫົວຂໍ້ແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ /name/hole/ພິກັດ, ບ່ອນທີ່ພິກັດຢູ່ໃນ
ຮູບແບບ \d+_\d+, ແລະສະແດງໄລຍະຫ່າງຂອງການອ່ານທີ່ຖືກຈັດຮຽງ.
- ອ່ານປະເພດ ມູນຄ່າ
ກໍານົດປະເພດການອ່ານ: 'ມາດຕະຖານ', 'strobe', 'CCS', ຫຼື 'cDNA'
- ຄຳເວົ້າ ມູນຄ່າ
ກໍານົດ verbosity ທີ່ຕ້ອງການ.
-useShortRefName
ໃຊ້ຊື່ອ້າງອີງຫຍໍ້ມາຈາກ file.sam ແທນທີ່ຈະໃຊ້ຊື່ເຕັມ
ຈາກ reference.fasta.
- ສຳເນົາ QVs
ສຳເນົາ QV ທັງໝົດທີ່ມີຢູ່ໃນໄຟລ໌ SAM ເຂົ້າໄປໃນໄຟລ໌ cmp.h5. ນີ້ປະກອບມີສິ່ງຕ່າງໆ
ເຊັ່ນ InsertionQV ແລະ DeletionTag.
ຫມາຍເຫດ
ເນື່ອງຈາກວ່າ SAM ມີ tags ທາງເລືອກທີ່ມີຄວາມຫມາຍທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນໂຄງການທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ລະມັດລະວັງ
ການນໍາໃຊ້ແມ່ນຈໍາເປັນເພື່ອໃຫ້ມີຜົນຜະລິດທີ່ເຫມາະສົມ. ແທັກ "xs" ໃນ bwa-sw ຖືກໃຊ້ເພື່ອສະແດງ
ຄະແນນທີ່ດີທີ່ສຸດ, ແຕ່ໃນ PacBio SAM (Blasr(1)) ມັນຖືກກໍານົດເປັນການເລີ່ມຕົ້ນໃນການສອບຖາມ
ລໍາດັບຂອງການຈັດລໍາດັບ. ເມື່ອໃດ -smrtTitle ຖືກລະບຸ, tag xs ແມ່ນຖືກລະເລີຍ, ແຕ່ວ່າເວລາໃດ
ມັນບໍ່ໄດ້ຖືກລະບຸ, ຈຸດປະສານງານທີ່ໃຫ້ໂດຍ xs ແລະ xe tags ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອກໍານົດ
ໄລຍະຫ່າງຂອງການອ່ານທີ່ສອດຄ່ອງກັນ. ສະຕຣິງ CIGAR ແມ່ນກ່ຽວຂ້ອງກັບຊ່ວງເວລານີ້.
ໃຊ້ samtoh5 ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
