ນັກຂຽນ - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

sawriter - ສ້າງ array suffix ສໍາລັບລໍາດັບ nucleotide

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ນັກຂຽນ ເຊົາ ໄວອິນ [fastaIn2 fastaIn3 ... ] [-blt p] [-4 ບິດ]
[-larsson|- ແມນມີ|- ກາ|- mafe|-welter]

ນັກຂຽນ ໄວອິນ (ຂຽນໃສ່ fastaIn.sa)

OPTIONS

-blt p ສ້າງຕາຕະລາງຊອກຫາກ່ຽວກັບຄໍານໍາຫນ້າຂອງຄວາມຍາວ p. ນີ້ເລັ່ງການຊອກຫາຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ
(ຫຼາຍກວ່າຕາຕະລາງ LCP), ແຕ່ misses ກົງກັນຫນ້ອຍກວ່າ p ເມື່ອຊອກຫາ.

-4 ບິດ ອ່ານໃນ (ຫນຶ່ງ) ໄຟລ໌ fasta ເປັນໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ບີບອັດ.

ວິທີການ
-larsson (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ) ໃຊ້ວິທີການຂອງ Larsson ແລະ Sadakane ເພື່ອສ້າງ array.

-ແມ່ ໃຊ້ວິທີການ MANber ແລະ MYers ເພື່ອສ້າງ array (ຊ້າກວ່າ larsson,
ແລະຜະລິດຜົນດຽວກັນ. ນີ້ແມ່ນຕົ້ນຕໍສໍາລັບການກວດສອບສອງຄັ້ງ
ຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງ larsson).

- ກາກ ໃຊ້ວິທີ Karkkainen DS3 ເພື່ອສ້າງອາເຣ suffix. ນີ້ອາດຈະເປັນ
ຈະຊ້າກວ່າ larsson, ແຕ່ໃຊ້ເວລາພຽງແຕ່ N/(sqrt 3) ພື້ນທີ່ພິເສດ.

- mafe (ພິການສໍາລັບໃນປັດຈຸບັນ!) ໃຊ້ວິທີການກໍ່ສ້າງນ້ໍາຫນັກເບົາຈາກ Manzini
ແລະ Ferragina

-welter
ໃຊ້ lightweight (ຈັດລຽງຂອງແສງສະຫວ່າງ) suffix array ການກໍ່ສ້າງ. ນີ້ແມ່ນເລັກນ້ອຍ
ຊ້າກວ່າ larsson ປົກກະຕິ.

-welterweight N
ໃຊ້ຝາປິດຄວາມແຕກຕ່າງຂອງຂະຫນາດ N ສໍາລັບການກໍ່ສ້າງ array suffix. ຄ່າທີ່ຖືກຕ້ອງແມ່ນ
7,32,64,111, ແລະ 2281.

ໃຊ້ Sawriter ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net