proda - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

പ്രോഡ - ആവർത്തനങ്ങളും പുനഃക്രമീകരണങ്ങളും ഉള്ള പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകളുടെ ഒന്നിലധികം വിന്യാസം

സിനോപ്സിസ്

പ്രൊഡ [ഓപ്ഷൻ] [mfafile] [> ഔട്ട്പുട്ട്]

വിവരണം

ഈ മാനുവൽ പേജ് ചുരുക്കത്തിൽ രേഖപ്പെടുത്തുന്നു പ്രൊഡ കമാൻഡ്.

പ്രൊഡ (പ്രോട്ടീൻ ഡൊമെയ്ൻ അലൈനർ) ഒന്നിലധികം സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനുള്ള പൊതു ഡൊമെയ്ൻ സോഫ്റ്റ്വെയറാണ്
ആവർത്തനങ്ങളും പുനഃക്രമീകരണവും ഉള്ള പ്രോട്ടീൻ ശ്രേണികളുടെ വിന്യാസം, ഉദാ പ്രോട്ടീനുകൾ
ഒന്നിലധികം ഡൊമെയ്‌നുകൾ.

ഇൻപുട്ടായി ഒരു കൂട്ടം പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകൾ നൽകിയാൽ, ProDA ആദ്യം ലോക്കൽ ജോഡിവൈസ് അലൈൻമെന്റുകൾ കണ്ടെത്തുന്നു
എല്ലാ ജോഡി സീക്വൻസുകൾക്കിടയിലും, പിന്നീട് വിന്യസിക്കാവുന്ന സീക്വൻസ് ശകലങ്ങളുടെ ബ്ലോക്കുകൾ രൂപപ്പെടുത്തുന്നു, കൂടാതെ
ഒടുവിൽ ബ്ലോക്കുകളുടെ ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നു. ഉപയോഗിച്ച നിരവധി സാങ്കേതികതകളെ പ്രോഡിഎ ആശ്രയിക്കുന്നു
in പ്രോബ്കോണുകൾ (<http://probcons.stanford.edu>), ഉയർന്നതായി കാണിക്കുന്ന സമീപകാല മൾട്ടിപ്പിൾ അലൈനർ
നിരവധി ജനപ്രിയ മാനദണ്ഡങ്ങളിലെ കൃത്യത.

ഇൻപുട്ട് ഫോർമാറ്റ്

MFA ഫോർമാറ്റിൽ പ്രോഡ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ സ്വീകരിക്കുന്നു. MFA ഫോർമാറ്റ് ചുവടെ നൽകിയിരിക്കുന്നു:

MFA ഫോർമാറ്റിൽ ഒന്നിലധികം ക്രമങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു;

· MFA ഫോർമാറ്റിലെ ഓരോ സീക്വൻസും ഒരു ഒറ്റ-വരി വിവരണത്തോടെ ആരംഭിക്കുന്നു, തുടർന്ന്
ക്രമ ഡാറ്റയുടെ വരികൾ;

വിവരണരേഖയെ സീക്വൻസ് ഡാറ്റയിൽ നിന്ന് (">") എന്നതിനേക്കാൾ വലുത് കൊണ്ട് വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു.
ആദ്യ നിരയിലെ ചിഹ്നം.

ഔട്ട്പ് ഫോർമാറ്റ്

ഒരു കൂട്ടം ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസുകൾക്കായി, പ്രോഡ സാധാരണയായി നിരവധി ബ്ലോക്കുകൾ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു, ഓരോന്നിനും ഉൾപ്പെടുന്നു
വിന്യസിക്കാവുന്ന ശ്രേണി ശകലങ്ങൾ. ഓരോ ബ്ലോക്കും അതിന്റെ ഒന്നിലധികം വിന്യാസം പിന്തുടരുന്നു.

ഒരു ബ്ലോക്ക് അതിന്റെ സീക്വൻസ് ശകലങ്ങൾ ലിസ്റ്റുചെയ്യുന്നതിലൂടെ വ്യക്തമാക്കുന്നു. ഓരോ ശകലവും ഇങ്ങനെ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു
sequence_name(start-end), ഇവിടെ sequence_name ആണ് യഥാർത്ഥ ക്രമത്തിന്റെ പേര്
ആരംഭവും അവസാനവും യഥാക്രമം ശകലം ആരംഭിക്കുകയും അവസാനിക്കുകയും ചെയ്യുന്ന സ്ഥാനങ്ങളാണ്.

താഴെ വിവരിച്ചിരിക്കുന്ന ClustalW (ALN) ഫോർമാറ്റിൽ പ്രോഡ ബ്ലോക്ക് അലൈൻമെന്റുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നു:

· ClustalW ഫോർമാറ്റിൽ ഒരൊറ്റ തലക്കെട്ട് വരിയും തുടർന്ന് സീക്വൻസ് ഡാറ്റയും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
50 വിന്യാസ സ്ഥാനങ്ങളുടെ ബ്ലോക്കുകൾ;

ഓരോ ബ്ലോക്കിലും ഇവ ഉൾപ്പെടുന്നു:

· വിന്യാസത്തിലെ ഓരോ സീക്വൻസുകൾക്കുമുള്ള ഡാറ്റയുടെ ഒരു വരി - പ്രത്യേകിച്ചും, the
ക്രമത്തിന്റെ പേര്;

· വിന്യാസത്തിന്റെ 50 പ്രതീകങ്ങൾ;

പൂർണ്ണമായി സംരക്ഷിത (*), ശക്തമായി സംരക്ഷിത (:), അല്ലെങ്കിൽ
ദുർബലമായി സംരക്ഷിത നിരകൾ (.);

വിവരണരേഖയെ സീക്വൻസ് ഡാറ്റയിൽ നിന്ന് (">") എന്നതിനേക്കാൾ വലുത് കൊണ്ട് വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു.
ആദ്യ നിരയിലെ ചിഹ്നം.

ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ് വേണ്ടി ഔട്ട്പുട്ട്
-fasta ഓപ്‌ഷൻ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, സാധാരണ ഔട്ട്‌പുട്ടിനുപുറമെ, ProDA ഉത്പാദിപ്പിക്കുന്നു a
ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ ബ്ലോക്ക് അലൈൻമെന്റുകൾ അടങ്ങിയ ഫയൽ. ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന് അതേ പേരുണ്ട്
ആദ്യത്തെ ഇൻപുട്ട് ഫയലും ".fasta" വിപുലീകരണവും. തുടർച്ചയായ രണ്ട് ബ്ലോക്ക് വിന്യാസങ്ങളാണ്
´#´ എന്ന അക്ഷരം അടങ്ങിയ ഒരു വരി കൊണ്ട് വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു.

ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ് താഴെ വിവരിച്ചിരിക്കുന്നു:

· ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകളിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന എല്ലാ സീക്വൻസുകളും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു;

ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിലെ ഓരോ സീക്വൻസും ഒരു ഒറ്റ-വരി വിവരണത്തോടെ ആരംഭിക്കുന്നു, തുടർന്ന്
ക്രമ ഡാറ്റയുടെ വരികൾ;

വിവരണരേഖയെ സീക്വൻസ് ഡാറ്റയിൽ നിന്ന് (">") എന്നതിനേക്കാൾ വലുത് കൊണ്ട് വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു.
ആദ്യ നിരയിലെ ചിഹ്നം;

· വിന്യസിച്ച അവശിഷ്ടങ്ങൾ വലിയക്ഷരത്തിലും, വിന്യസിക്കാത്ത അവശിഷ്ടങ്ങൾ ചെറിയ അക്ഷരത്തിലുമാണ്.

ഒരു അന്തിമ വിന്യാസത്തിൽ ഓരോ സീക്വൻസും ഒരിക്കൽ മാത്രം അടങ്ങിയിരിക്കുന്നതിനാൽ, ഈ ഓപ്ഷൻ മാത്രമേ ഉപയോഗിക്കാവൂ
ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസുകളിൽ ആവർത്തനങ്ങൾ അടങ്ങിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ.

ഓപ്ഷനുകൾ

-L [മിനി_ദൈർഘ്യം]

ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വിന്യാസ ദൈർഘ്യം [min_length] ന് തുല്യമായി സജ്ജമാക്കുക.

ത്രെഷോൾഡ് L. By-നേക്കാൾ കൂടുതലോ അതിന് തുല്യമോ ആയ നീളത്തിന്റെ വിന്യാസങ്ങൾ ProDA കണ്ടെത്തുന്നു
സ്ഥിരസ്ഥിതി, L = 30. ഈ ഓപ്ഷൻ ത്രെഷോൾഡ് [min_length] ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നു.

- പിൻഭാഗം

ലോക്കൽ പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റുകൾ കണക്കാക്കുമ്പോൾ പിൻ ഡീകോഡിംഗ് ഉപയോഗിക്കുക.

ഒരു ജോടി-HMM ഉപയോഗിച്ച് രണ്ട് സീക്വൻസുകൾക്കിടയിലുള്ള ലോക്കൽ പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റുകൾ ProDA കണക്കാക്കുന്നു
ഒപ്പം വിറ്റെർബി ഡീകോഡിംഗ് അല്ലെങ്കിൽ പിൻ ഡീകോഡിംഗ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
വിറ്റെർബി ഡീകോഡിംഗ് അത് പിൻ ഡീകോഡിംഗിനെക്കാൾ വേഗതയുള്ളതും എന്നാൽ കൃത്യത കുറവായിരിക്കാം.
ഈ ഓപ്‌ഷൻ ഓൺ ചെയ്യുന്നത് അലൈനറോട് പകരം പോസ്റ്റീരിയർ ഡീകോഡിംഗ് ഉപയോഗിക്കാൻ നിർദ്ദേശിക്കുന്നു. ഇൻ
മുകളിലെ ഉദാഹരണത്തിൽ, ഔട്ട്പുട്ട് ജനറേറ്റ് ചെയ്തത് -posterior ഓപ്ഷൻ ഓൺ ചെയ്താണ്.

- നിശബ്ദം

വിന്യസിക്കുമ്പോൾ പുരോഗതി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യരുത്.

ഈ ഓപ്‌ഷൻ ഓൺ ചെയ്യുന്നത്, പുരോഗതി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യരുതെന്ന് അലൈനറോട് നിർദ്ദേശിക്കുന്നു
വിന്യസിക്കുന്നു. ഡിഫോൾട്ടായി, എല്ലാ പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റുകളുടെയും പുരോഗതി ProDA റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുന്നു, ബ്ലോക്ക്
ജനറേഷൻ, ഒപ്പം ബ്ലോക്ക് വിന്യാസത്തിലും. അൽഗോരിതത്തിന്റെ ചില ഘട്ടങ്ങൾ മുതൽ, പ്രത്യേകിച്ച്
ജോടിയായി വിന്യാസം, വളരെ സമയമെടുത്തേക്കാം, പുരോഗതി റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നത് പ്രോഗ്രാമിനെ നോക്കുന്നു
ഓടുമ്പോൾ ജീവനുണ്ട്.

-ട്രാൻ

വിന്യസിക്കാവുന്ന സീക്വൻസ് ശകലങ്ങളുടെ ബ്ലോക്കുകൾ രൂപപ്പെടുത്തുമ്പോൾ ട്രാൻസിറ്റിവിറ്റി ഉപയോഗിക്കുക.

രണ്ട് സീക്വൻസ് ശകലങ്ങൾ ഒരു ലോക്കലിന്റെ ഭാഗമാണെങ്കിൽ അവ നേരിട്ട് വിന്യസിക്കാവുന്നതാണ്
ജോടിയായി വിന്യാസം. ഡിഫോൾട്ടായി, രണ്ട് ശകലങ്ങൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ മാത്രം വിന്യസിക്കാവുന്നതാണ്
അവ നേരിട്ട് വിന്യസിക്കുകയാണെങ്കിൽ. ഈ ഓപ്‌ഷൻ ഓൺ ചെയ്യുന്നത് അലൈനറോട് നിർദ്ദേശിക്കുന്നു
രണ്ട് ശകലങ്ങൾ നേരിട്ട് വിന്യസിക്കുമ്പോൾ അല്ലെങ്കിൽ രണ്ടും വിന്യസിക്കുമ്പോൾ അവ പരിഗണിക്കുക
അവ ഒരു മൂന്നാം ശകലത്തിലേക്ക് നേരിട്ട് വിന്യസിക്കാവുന്നതാണ്.

- ഫാസ്റ്റ

ClustalW ഫോർമാറ്റിന് പുറമേ FASTA ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് ഉപയോഗിക്കുക.

ഈ ഓപ്‌ഷൻ ഓൺ ചെയ്യുമ്പോൾ, അലൈനർ ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ ഔട്ട്‌പുട്ട് സൃഷ്ടിക്കുന്നു
കൂടാതെ ആദ്യത്തെ ഇൻപുട്ട് ഫയലിന്റെയും വിപുലീകരണത്തിന്റെയും അതേ പേരിലുള്ള ഒരു ഫയലിൽ സംഭരിക്കുന്നു
".fasta", stdout-ലേക്കുള്ള സാധാരണ ഔട്ട്പുട്ടിനു പുറമേ. ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കണം
ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസുകളിൽ ആവർത്തനങ്ങൾ അടങ്ങിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ മാത്രം.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി പ്രോഡ ഉപയോഗിക്കുക