പ്രോഡിഗൽ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

പ്രോഡിഗൽ - മൈക്രോബയൽ (ബാക്ടീരിയ, ആർക്കിയൽ) ജീൻ കണ്ടെത്തൽ പ്രോഗ്രാം

സിനോപ്സിസ്

മുടിയൻ [-a trans_file] [-c] [-d nuc_file] [-f ഔട്ട്പുട്ട്_തരം] [-g tr_table] [-h] [-i
input_file] [-m] [-n] [-o output_file] [-p മോഡ്] [-q] [-s start_file] [-t training_file]
[-v]

വിവരണം

പ്രോഡിഗൽ (പ്രോകാരിയോട്ടിക് ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗ് ജീൻഫൈൻഡിംഗ് അൽഗോരിതം) ഒരു സൂക്ഷ്മജീവിയാണ് (ബാക്ടീരിയൽ).
ഓക്ക് റിഡ്ജ് നാഷണൽ ലബോറട്ടറിയിൽ വികസിപ്പിച്ചെടുത്ത ജീൻ ഫൈൻഡിംഗ് പ്രോഗ്രാമും ആർക്കിയലും
യൂണിവേഴ്സിറ്റി ഓഫ് ടെന്നസി.

ഓപ്ഷനുകൾ

-a: തിരഞ്ഞെടുത്ത ഫയലിലേക്ക് പ്രോട്ടീൻ വിവർത്തനങ്ങൾ എഴുതുക.

-c: അടഞ്ഞ അറ്റങ്ങൾ. ജീനുകളെ അരികുകളിൽ നിന്ന് ഓടിക്കാൻ അനുവദിക്കരുത്.

-d: തിരഞ്ഞെടുത്ത ഫയലിലേക്ക് ജീനുകളുടെ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസുകൾ എഴുതുക.

-f: ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് തിരഞ്ഞെടുക്കുക (gbk, gff, അല്ലെങ്കിൽ sco). സ്ഥിരസ്ഥിതി gbk ആണ്.

-g: ഉപയോഗിക്കാൻ ഒരു വിവർത്തന പട്ടിക വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി 11).

-h: സഹായ മെനു പ്രിന്റ് ചെയ്ത് പുറത്തുകടക്കുക.

-i: ഇൻപുട്ട് ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുക (സ്റ്റഡിനിൽ നിന്നുള്ള സ്ഥിരസ്ഥിതി റീഡുകൾ).

-m: n ന്റെ റണ്ണുകളെ മാസ്ക്ഡ് സീക്വൻസായി പരിഗണിക്കുക, അവയിലുടനീളം ജീനുകൾ നിർമ്മിക്കരുത്.

-n: ഷൈൻ-ഡാൽഗാർനോ പരിശീലകനെ മറികടന്ന് മോട്ടിഫുകൾക്കായി സ്കാൻ ചെയ്യാൻ പ്രോഗ്രാമിനെ നിർബന്ധിക്കുക.

-o: ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് stdout-ലേക്ക് എഴുതുന്നു).

-p: നടപടിക്രമം തിരഞ്ഞെടുക്കുക (ഒറ്റ അല്ലെങ്കിൽ മെറ്റാ). ഡിഫോൾട്ട് സിംഗിൾ ആണ്.

-q: നിശബ്ദമായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക (സാധാരണ stderr ഔട്ട്പുട്ട് അടിച്ചമർത്തുക).

-s: തിരഞ്ഞെടുത്ത ഫയലിലേക്ക് എല്ലാ സാധ്യതയുള്ള ജീനുകളും (സ്‌കോറുകളോടെ) എഴുതുക.

-t: ഒരു പരിശീലന ഫയൽ എഴുതുക (ഒന്നും ഇല്ലെങ്കിൽ); അല്ലെങ്കിൽ, വ്യക്തമാക്കിയത് വായിച്ച് ഉപയോഗിക്കുക
പരിശീലന ഫയൽ.

-v: പതിപ്പ് നമ്പർ പ്രിന്റ് ചെയ്ത് പുറത്തുകടക്കുക.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് പ്രോഡിഗൽ ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക