ഇതാണ് BisSNP എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന Linux ആപ്പ്, ഇതിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ പതിപ്പ് BisSNP-1.0.0.jar ആയി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാം. വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകൾക്കായുള്ള സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവായ OnWorks-ൽ ഇത് ഓൺലൈനായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം.
BisSNP എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഈ ആപ്പ് OnWorks-നൊപ്പം സൗജന്യമായി ഓൺലൈനായി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
ഈ ആപ്പ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഈ നിർദ്ദേശങ്ങൾ പാലിക്കുക:
- 1. നിങ്ങളുടെ പിസിയിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്തു.
- 2. ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജറിൽ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിൽ നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമം നൽകുക.
- 3. അത്തരം ഫയൽമാനേജറിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ അപ്‌ലോഡ് ചെയ്യുക.
- 4. ഈ വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന് OnWorks Linux ഓൺലൈനോ Windows ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ MACOS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ ആരംഭിക്കുക.
- 5. നിങ്ങൾ ഇപ്പോൾ ആരംഭിച്ച OnWorks Linux OS-ൽ നിന്ന്, നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമത്തോടുകൂടിയ ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജർ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിലേക്ക് പോകുക.
- 6. ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുക, അത് ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
ബിഎസ്എസ്എൻപി
Ad
വിവരണം
ഇപ്പോൾ Github-ൽ: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNP
Illumina പ്ലാറ്റ്‌ഫോമിലെ വൻതോതിലുള്ള പാരലൽ സീക്വൻസിംഗിൽ (Bisulfite-seq, NOMe-seq, RRBS) ട്രീറ്റ്‌മെന്റ് ചെയ്യുന്ന bisulfite-ൽ ജനിതകരൂപം നൽകുന്നതിനുള്ള ജീനോം അനാലിസിസ് ടൂൾകിറ്റ് (GATK) മാപ്പ്-റിഡ്യൂസ് ചട്ടക്കൂടിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഒരു പാക്കേജാണ് BisSNP. വ്യത്യസ്ത സൈറ്റോസിൻ സന്ദർഭത്തിന്റെ (ബിസൾഫൈറ്റ്-സെക്കിലെ CpG, CHH, CHG മാത്രമല്ല, മറ്റ് bisulfite ട്രീറ്റ്‌മെന്റ് സീക്വൻസിംഗിൽ GCH et.al) സ്വമേധയാ വ്യക്തമാക്കിയതോ യാന്ത്രികമായി കണക്കാക്കിയതോ ആയ മീഥൈലേഷൻ സാധ്യതകളുള്ള ബയേസിയൻ അനുമാനം ഒരേസമയം ജനിതകരൂപങ്ങളും മീഥൈലേഷൻ നിലകളും നിർണ്ണയിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു. . സിംഗിൾ-എൻഡ്, പെയർ-എൻഡ് റീഡുകൾക്ക് ഇത് പ്രവർത്തിക്കുന്നു. സ്പെസിഫിസിറ്റിയും സെൻസിറ്റിവിറ്റിയും Illumina IM SNP അറേ സാധൂകരിക്കുന്നു. ഡിഫോൾട്ട് ത്രെഷോൾഡ് 30X ഡാറ്റയിൽ (ഫ്രെഡ് സ്‌കെയിൽ സ്‌കോർ > 20), ഇതിന് 92.21% തെറ്റായ പോസിറ്റീവ് റേറ്റ് ഉള്ള 0.14% ഹെറ്ററോസൈഗസ് എസ്‌എൻ‌പികൾ കണ്ടെത്താനാകും സൈറ്റോസിൻ കോളിംഗ് റഫറൻസ് സന്ദർഭത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി മാത്രമല്ല, അതിനാൽ ഇതിന് റഫറൻസ് അല്ലാത്ത സൈറ്റോസിൻ സന്ദർഭം കണ്ടെത്താനാകും. സഹായത്തിനുള്ള ഗൂഗിൾ ഗ്രൂപ്പ്: http://goo.gl/zL7Nj
സവിശേഷതകൾ
- എസ്എൻപി കോളർ
- മെത്തിലേഷൻ കോളർ
- Bisulfite-seq/NOMe-seq/RRBS
- ജനിതകമാറ്റം
പ്രേക്ഷകർ
ശാസ്ത്രം/ഗവേഷണം
ഉപയോക്തൃ ഇന്റർഫേസ്
കമാൻഡ്-ലൈൻ
പ്രോഗ്രാമിംഗ് ഭാഷ
പേൾ, ജാവ
Categories
ഇത് https://sourceforge.net/projects/bissnp/ എന്നതിൽ നിന്നും ലഭിക്കാവുന്ന ഒരു ആപ്ലിക്കേഷനാണ്. ഞങ്ങളുടെ സൗജന്യ ഓപ്പറേറ്റീവ് സിസ്റ്റങ്ങളിലൊന്നിൽ നിന്ന് ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ള രീതിയിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഇത് OnWorks-ൽ ഹോസ്റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.
