altreep - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

altree - Associatie- en lokalisatietests met behulp van fylogenetische bomen

KORTE INHOUD

altree [opties]

Opties:
--versie programmaversie
--short-help|h kort helpbericht
--help helpbericht met beschrijvingen van opties
--man volledige documentatie
--association|a voert de associatietest uit
--s-lokalisatie|Ik voer de lokalisatie uit met behulp van het S-teken
--first-input-file|i result_file van fylogenie-reconstructieprogramma's
--second-input-file|j bestand met het aantal gevallen/controles met een haplotype
--uitvoerbestand|o uitvoerbestand
--gegevenstype|t DNA|SNP
--data-qual|q kwalitatief|kwantitatief
--outgroup outgroup_naam
--verwijder-outgroup
--boombouwprogramma|p phylip|paup|paml
--splitmode|s nosplit|chi2split
--geen-verlenging
--chi2-drempel|n waarde
--permutaties|r getal
--aantal-te-analyseren-boomnummer
--tree-to-analyse nummer
--s-site-nummer nummer
--s-site-karakters voorouderlijke staat -> afgeleide staat
--co-evo|e eenvoudig|dubbel
--print-boom
--anc-seq voorouderlijke reeks (alleen met phylip)
--nb-files aantal te analyseren invoerbestanden (alleen voor associatietest)

OPTIES

--versie
Druk de programmaversie af en sluit af.

--korte-help
Druk een kort helpbericht af en sluit af.

--help Druk een helpbericht af met beschrijvingen van opties en uitgangen.

--Mens Drukt de handleiding af en sluit af.

--vereniging|a
Voer de associatietest uit

--s-lokalisatie|l
Lokaliseer de gevoeligheidslocus met behulp van de "S-tekenmethode"

--eerste-invoerbestand|i resultaat_bestand
Voer bestand 1 in (paup-, phylip- of paml-resultatenbestand). Als er meerdere invoerbestanden zijn
geanalyseerd, moeten hun namen worden gescheiden door dubbele punten. Voorbeeld: ingang1:ingang2 enz

--tweede-invoerbestand|j corresponderen_bestand
Invoerbestand 2, standaard corresponderen.txt. Het nummer van invoerbestand 2 moet hetzelfde zijn
als het nummer van invoerbestand 1. De naam van het verschillende invoerbestand 2 moet zijn
gescheiden door dubbele punten

--output-bestand|o uitbestand
Uitvoerbestand

--gegevenstype|t "DNA"|"SNP"
Type gegevens: DNA (ATGCU) of SNP (0-1)

--data-kwaliteit|q "kwalitatief"|"kwantitatief"
Analyseer kwalitatieve (case/control) of kwantitatieve data

--outgroep uitgroeperen
Wortel de boom met deze outgroup

--verwijder-outgroup
Verwijder de outgroup van de boom voordat u de tests uitvoert

--boombouwprogramma|p "phylip"|"paup"|"paml"
Fylogenie-reconstructieprogramma

--splitmode|s "geensplit"|"chi2split"
hoe tests worden uitgevoerd van een niveau naar een ander

--geen-verlenging
Geen verlenging van takken in de boom

--chi2-drempel|n waarde
Significantiedrempel voor chi2 (standaardwaarde 0.01)

--permutaties|r aantal
Aantal permutaties gebruikt om exacte p_waarden te berekenen (alleen voor associatie
test)

--aantal-te-analyseren-bomen aantal
Aantal te analyseren bomen in de lokalisatieanalyse (alleen voor lokalisatie
methode met S-teken)

--boom-te-analyseren aantal
Met deze optie kunt u de te gebruiken boom specificeren (in plaats van willekeurig). Kan worden gebruikt
meerdere keren om meerdere bomen op te geven.

--s-site-nummer aantal
Nummer van de S-tekensite in de reeks (alleen voor lokalisatiemethode met behulp van
S-teken)

--s-site-karakters overgang
Karakterstatussen voor het S-teken: voorouderlijke staat -> afgeleide staat ex: G->C of
0->1 (alleen voor lokalisatiemethode met S-teken)

--co-evo|e "eenvoudig"|"dubbel"
Type co-evolutie-index
simpel: alleen de anc -> der overgang van S wordt gebruikt
dubbel: de twee mogelijke overgangen worden gebruikt

--print-boom
Als deze optie is geselecteerd, wordt de boom naar de uitvoer afgedrukt

--anc-volg anc_seq
Met deze optie kunt u de voorouderlijke volgorde specificeren. Deze optie is alleen
handig wanneer de boom wordt gereconstrueerd met behulp van het mixprogramma van phylip met de
voorouderlijke staten gespecificeerd in het bestand "voorouders"

--nb-bestanden aantal
Met deze optie specificeert u het aantal invoerbestanden (1 en 2) om dit te analyseren
optie werkt alleen voor de associatietest. Wees voorzichtig als het aantal bomen is
niet hetzelfde voor de verschillende invoerbestanden: als de gekozen boom niet bestaat in
één bestand, zal het programma niet correct werken

PRODUCTBESCHRIJVING

Deze programma presteert

(a) een associatietest tussen een kandidaat-gen en een ziekte of een kwantitatief kenmerk

(b) een lokalisatietest: hiermee kan worden gedetecteerd welke SNP betrokken is bij het determinisme van
de ziekte of de kwantitatieve eigenschap

Deze twee tests zijn gebaseerd op de analyse van haplotype fylogenetische bomen.

Gebruik altreep online met behulp van onworks.net-services