autogrid4 - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

autogrid - voorbereiding van eiwit en ligand voor AutoDock-analyse

KORTE INHOUD

autogrid4 [opties] -p rasterparameterbestand

PRODUCTBESCHRIJVING

Autogrid bereidt een 3D-rasterweergave voor van de niet-covalente interactie-energieën die
verschillende door de gebruiker gespecificeerde typen ligandatomen zullen rond een door de gebruiker gespecificeerd doel worden ervaren
macromolecuul. Daarnaast het elektrostatische potentiaal- en desolvatievrije energienet
kaarten kunnen ook worden berekend. De rasterkaarten worden opgeslagen in platte tekstbestanden met de extensie
extensie '.map' en zijn vereist door AutoDock 4 om dockings uit te voeren. AutoGrid ook
voert een '.xyz'-bestand uit dat de ruimtelijke omvang van de rasterbox beschrijft, en een AVS
veld '.fld'-bestand dat de consistente set atomaire affiniteitsrasterkaarten beschrijft die
werden samen berekend voor een gegeven doelmacromolecuul. Let op: het is noodzakelijk om
bereken rasterkaarten voor alle atoomtypen in het ligand of de reeks liganden die zullen zijn
gedokt, evenals een elektrostatische potentiaalrasterkaart en een desolvatievrije energiekaart.
Als een ligand bijvoorbeeld een alifatische koolstof en een waterstofbrug-accepterende zuurstof heeft
atom, zou het nodig zijn om zowel een 'C'-map als een 'OA'-map te berekenen. Zien
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
parameters voor meer informatie over AutoDock 4 atoomtypes.

De invoer voor AutoGrid kan het beste worden voorbereid met de programmasuite AutoDockTools. Er is geen
manier om autodock4 zonder raster uit te voeren.

OPTIES

-o Gebruik het oude PDBq-formaat (q in kolommen 55-61)

-u Gebruiksinformatie, ook -h op Debian.

-d Verhoogde breedsprakigheid van berichten om foutopsporing te helpen.

-l logfile

-p bestandsnaam Specificeert het rasterparameterbestand

VOORBEELD

Met de AutoGrid-bronnen is een reeks tests beschikbaar die als volgt kunnen worden gebruikt:
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Tests
$ cd / tmp
$ ln -s $D/AD4_parameters.dat .
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg

Met deze opdracht worden rastermapbestanden voorbereid voor elk van de AutoDock-atoomtypen die zijn opgegeven in de
rasterparameterbestand (in dit geval: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), de AVS
veldbestand (hsg1_sm.maps.fld) en hsg1_sm.maps.xyz. Om de spanberekening uit te voeren,
AutoDock zou moeten worden uitgevoerd, hoewel het een apart docking-parameterbestand vereist (met
extensie .dpf). De 'DPF' verwijst naar de rasterkaartbestanden die nodig zijn voor het aanmeren
en maakt het mogelijk om andere belangrijke parameters in te stellen, zoals de zoekmethode en hoe
veel dockings om uit te voeren.

Gebruik autogrid4 online met behulp van onworks.net-services