Dit is de opdracht bp_flanksp die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
bp_flanks - flankerende sequenties vinden voor een variant in een sequentiepositie
KORTE INHOUD
bp_flanks --position POS [-p POS ...] [--flanklen INT]
toetreding | bestandsnaam
PRODUCTBESCHRIJVING
Met dit script kunt u een subreeks rond een interessegebied extraheren uit een
bestaande reeks. De uitvoer is een fasta-geformatteerde reeksinvoer waarbij de kopregel
bevat aanvullende informatie over de locatie.
OPTIES
Het script gebruikt één naamloos argument dat een bestandsnaam in het lokale bestandssysteem is
of een toegangsnummer voor de nucleotidesequentie.
-p Positie maakt gebruik van een eenvoudige tabel met nucleotidesequenties
--positienotatie om het interessegebied te definiëren, meestal a
SNP of microsatellietherhaling waarrond de flanken liggen
gedefinieerd.
Er kan meer dan één positieoptie zijn, maar dat kan ook
geef een door komma's gescheiden lijst aan één positieoptie.
Het formaat van een positie is:
[id:] int | bereik | tussenin [-]
De optionele ID is de naam die u het nieuwe wilt noemen
reeks. Als het niet wordt opgegeven, wordt het volgnummer toegevoegd aan de
vermeldingsnaam met een onderstrepingsteken.
De positie is een punt (bijv. 234), een bereik (bijv
250..300) of invoegpunt tussen nucleotiden
(bijvoorbeeld 234^235)
Als de positie niet volledig binnen de bron ligt
volgorde wordt de uitvoerreeks afgekapt en wordt deze ook afgekapt
zal een waarschuwing afdrukken.
Het optionele koppelteken [-] aan het einde van de positie
geeft aan dat u de opgehaalde reeks wilt hebben
in de tegenovergestelde streng.
-f Standaard ingesteld op 100. Dit is de lengte van de nucleotiden
--flanklenreeks opgehaald aan beide zijden van de gegeven positie.
Als het bronbestand geen
OUTPUT FORMAT
De uitvoer is een fasta-geformatteerd item waarbij het beschrijvingsbestand tag=waarde-paren bevat
voor informatie over waar in de oorspronkelijke reeks de deelreeks is genomen.
De ID van het fasta-item is de naam die op de opdrachtregel wordt gegeven, samengevoegd door een koppelteken naar de
bestandsnaam of toevoeging van de bronreeks. Als er geen id wordt gegeven, wordt een reeks opeenvolgende
gehele getallen worden gebruikt.
De tag=waarde-paren zijn:
oripos=int
positie in het bronbestand
streng=1|-1
streng van de sequentie vergeleken met de bronsequentie
allelpos=int
positie van de regio van belang in de huidige invoer. Het label is hetzelfde als gebruikt
door dbSNP@NCBI
De reeks benadrukt de positie van de allelvariant door deze in hoofdletters en in de rest weer te geven
van de reeks in kleine letters.
VOORBEELD
% bp_flanks ~/seq/ar.embl
>1_/HOME/HEIKKI/SEQ/AR.EMBL oripos=100 streng=1 allelpos=100
taataactcagttcttatttgcacctacttcagtggacactgaatttggaaggtggagga
ttttgtttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttt
aagactttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttt
tttgaggctgtcagaggct
ALLES
Er wordt aangenomen dat de invoerbestanden de EMBL-indeling hebben en dat de sequenties alleen worden opgehaald uit
de EMB-database. Maak dit generieker en gebruik het register.
head1 TERUGKOPPELING
Mailing lijsten
Gebruikersfeedback is een integraal onderdeel van de evolutie van deze en andere Bioperl-modules. Versturen
uw opmerkingen en suggesties bij voorkeur naar de Bioperl-mailinglijsten. Uw deelname
wordt zeer op prijs gesteld.
[e-mail beveiligd] - Algemene discussie
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Over de mailinglijsten
Rapportage bugs
Rapporteer bugs aan het Bioperl bugvolgsysteem om ons te helpen de bugs en hun fouten bij te houden
oplossing. Bugrapporten kunnen via het web worden ingediend:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
AUTEUR - Heikki Lehvaslaiho
E-mail:
Gebruik bp_flanksp online met behulp van onworks.net-services
