Dit is de opdracht bp_search2BSMLp die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
search2bsml - Verander door SearchIO parseerbare rapporten in een BSML-rapport
KORTE INHOUD
Gebruik:
search2bsml [-o uitvoerbestand] [-f rapportformaat] [-i invoerbestandsnaam] OF bestand1 bestand2 ..
PRODUCTBESCHRIJVING
Dit script zal een eiwitzoekrapport maken (BLASTP, FASTP, SSEARCH, AXT, WABA, SIM4)
naar een BSML-bestand.
De opties zijn:
-i infilename - (optioneel) inputfilename, zal lezen
ARGV-bestanden of STDIN
-o bestandsnaam - de uitvoerbestandsnaam [standaard STDOUT]
-f formaat - formaat van zoekresultaten (blast, fasta, waba, axt)
(ssearch is fasta-formaat). standaard is explosie.
-h - dit helpmenu
Geef bovendien de bestandsnamen op die u wilt verwerken op de opdrachtregel. Indien geen bestanden
zijn opgegeven, wordt er uitgegaan van STDIN-invoer. U specificeert dit door het volgende te doen: search2gff < file1
bestand2 bestand3
Gebruik bp_search2BSMLp online met behulp van onworks.net-services
