cd-hit-2d-para - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

cd-hit-2d-para.pl - verdeel een grote clustertaak in stukken om cd-hit-2d of cd-hit- uit te voeren
est-2d banen

KORTE INHOUD

cd-hit-2d-para.pl opties

PRODUCTBESCHRIJVING

Dit script verdeelt een grote clusteropdracht in stukken en legt opdrachten op afstand voor
computers via een netwerk om het parallel te maken. Nadat alle klussen waren geklaard, de
script voeg de clusteringresultaten samen alsof je gewoon een enkele cd-hit-2d of
cd-hit-est-2d.

U kunt het ook gebruiken om grote taken op één computer te verdelen als uw computer dat doet
niet genoeg RAM (met -L keuze).

Vereisten:
1 Wanneer u dit script over een netwerk uitvoert, wordt de map waarin u zich bevindt

voer de scripts uit en de invoerbestanden moeten beschikbaar zijn op alle externe hosts met
identiek pad.

2 Als u "ssh" kiest om taken in te dienen, moet u hebben

wachtwoordloze ssh naar elke host op afstand, zie de ssh-handleiding om te weten hoe u dit moet instellen
wachtwoordloze ssh.

3 Ik stel voor om wachtrijsysteem te gebruiken in plaats van ssh,

Ik ondersteun momenteel PBS en SGE

4 cd-hit-2d cd-hit-est-2d cd-hit-div cd-hit-div.pl moet zijn

in dezelfde map waar dit script zich bevindt.

Opties

-i voer de bestandsnaam in voor de 1e db in fasta-indeling, vereist

-i2 invoer bestandsnaam voor 2e db in fasta-formaat, vereist

-o output bestandsnaam, verplicht

--P programma, "cd-hit-2d" of "cd-hit-est-2d", standaard "cd-hit-2d"

--B bestandsnaam van lijst met hosts, vereist tenzij -Q or -L optie wordt meegeleverd

--L aantal cpu's op lokale computer, standaard 0 wanneer u het niet over een
cluster, u kunt deze optie gebruiken om grote clustertaken op te splitsen in kleine stukjes,
Ik stel voor dat je gewoon "--L 1" gebruikt, tenzij je genoeg RAM hebt voor elke cpu

--S Aantal segmenten om de 1e db in te splitsen, standaard 2

--S2 Aantal segmenten om 2nd db in te splitsen, standaard 8

--Q aantal taken dat moet worden ingediend bij het wachtrijwachtrijsysteem, standaard 0, het programma
gebruik de ssh-modus om taken op afstand in te dienen

--T type wachtrijsysteem, "PBS", "SGE" worden ondersteund, standaard PBS

--R restart-bestand, gebruikt na een crash van run

-h print deze hulp

Meer cd-hit-2d/cd-hit-est-2d-opties kunnen worden opgegeven in de opdrachtregel

Vragen, bugs, neem contact op met Weizhong Li op [e-mail beveiligd]

Gebruik cd-hit-2d-para online met behulp van onworks.net-services