fastx_clipper - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

fastx_clipper - FASTA/Q Clipper

PRODUCTBESCHRIJVING

gebruik: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER] [-D] [-l N] [-n] [-d N] [-c] [-C] [-o] [-v] [-z]
[-i INFILE] [-o OUTFILE] Onderdeel van FASTX Toolkit 0.0.14 door A. Gordon ([e-mail beveiligd])

[-h] = Dit handige helpscherm.

[-a ADAPTER] = ADAPTER-tekenreeks. standaard is CCTTAAGG (dummy-adapter). [-l N] =
gooi sequenties korter dan N nucleotiden weg. standaard is 5. [-d N] = Behouden
de adapter en N basen erachter.

('-d 0' gebruiken is hetzelfde als helemaal geen '-d' gebruiken, wat de standaard is).

[-c] = Gooi niet-geclipte reeksen weg (dwz - bewaar alleen reeksen die de
adapter).

[-C] = Geclipte reeksen weggooien (dwz - bewaar alleen reeksen die de
adapter).

[-k] = Report Adapter-only reeksen.

[-n] = houd sequenties met onbekende (N) nucleotiden. standaard is om dergelijke weg te gooien
sequenties.

[-v] = Verbose - rapporteer het aantal reeksen.

Als [-o] is opgegeven,
rapport wordt afgedrukt naar STDOUT.

Als [-o] niet is opgegeven (en de uitvoer gaat naar STDOUT), wordt het rapport afgedrukt naar
STDERR.

[-z] = Uitvoer comprimeren met GZIP.

[-D] = DEBUG-uitvoer.

[-MN] = vereist een minimale uitlijnlengte van de adapter van N.

Als er minder dan N nucleotiden zijn uitgelijnd met de adapter, knip deze dan niet af.
[-i INFILE] = FASTA/Q invoerbestand. standaard is STDIN.

[-o OUTFILE] = FASTA/Q-uitvoerbestand. standaard is STDOUT.

Gebruik fastx_clipper online met behulp van onworks.net-services