Dit is de opdracht gbrowse_import_ucsc_db die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
browse_import_ucsc_db - Creëert een raamwerkgegevensbron
PRODUCTBESCHRIJVING
Hierdoor ontstaat een raamwerkgegevensbron voor een van de genomen die bekend zijn bij het UCSC-genoom
Browser. Vervolgens kunt u het configuratiebestand van de gegevensbron wijzigen, uw eigen gegevens toevoegen, enzovoort
voort. Geef de naam op van een UCSC-genoombuild en optioneel een beschrijving waarin u deze wilt weergeven
GBrowsen.
Om aan de slag te gaan, zoekt u de gewenste gegevensbron door naar te gaan http://genome.ucsc.edu/cgi-
bin/hgGateway en gebruik de menu's "clade" en "genoom" om naar de gewenste soort te navigeren
en bouwnummer. U vindt de naam van de gegevensbron in het blauwe vak onder de navigatie
controles. Zoek zoiets als dit:
D. melanogaster Genome Browser - dm3-assemblage (sequenties)
De naam van de gegevensbron verschijnt vóór het woord "assembly", in dit geval "dm3".
GEBRUIK
[opties] [ ]
OPTIES
Om een lijst te krijgen van alle bronnen die door UCSC worden herkend, verschijnt het volgende type:
browse_import_ucsc_db --lijst
Opties:
--remove-chr Verwijder het voorvoegsel 'chr' van alle chromosoomnamen
--list Geef gegevensbronnen weer
VOORBEELD
Voorbeeld: $0 hg19 'Menselijk genoom (hg19)'
Gebruik gbrowse_import_ucsc_db online met behulp van onworks.net-services