giira - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

giira - Genidentificatie Integratie van RNA-Seq-gegevens en dubbelzinnige metingen

KORTE INHOUD

giira -iG genoomFile.fasta -iR rnaFile.fastq -libPath

PRODUCTBESCHRIJVING

GIIRA (Gene Identification Incorporating RNA-Seq data and Ambiguous reads) is een methode om
potentiële genregio's in een genoom identificeren op basis van een RNA-Seq-mapping en -integratie
dubbelzinnig in kaart gebrachte lezingen.

OPTIES

-h : helptekst en afsluiten

-iG [pathToGenomes]: specificeer het pad naar de map met genoombestanden in fasta-indeling

-iR [pathToRna]: specificeer het pad naar de map met rna-leesbestanden in fastq-indeling

-scripts [absolutePath] : geef het absolute pad op naar de map met de
vereiste helperscripts, DEFAULT: directory van GIIRA.jar

-uit [pathToResults]: geef de map op die de resultatenbestanden moet bevatten

-uitNaam [outputName]: specificeer de gewenste naam voor uitvoerbestanden, DEFAULT: genen

-hebSam [samfileName]: als er al een sam-bestand bestaat, geef dan de naam op, anders is er een mapping
uitgevoerd. OPMERKING: hetzelfde bestand moet worden gesorteerd op leesnaam!

-nT [numberThreads] : specificeer het maximale aantal threads dat mag worden gebruikt,
STANDAARD: 1

-mT [tophat/bwa/bwasw]: specificeer het gewenste hulpmiddel voor de leestoewijzing, DEFAULT: tophat

-mem [int]: specificeer de hoeveelheid geheugen die cplex mag gebruiken

-maxGerapporteerdeHits [int] : als u BWA als mappingtool gebruikt, specificeer dan het maximale aantal
gerapporteerde treffers, STANDAARD: 2

-prokaryoot : indien gespecificeerd, wordt het genoom behandeld als prokaryotisch, er zijn geen gesplitste reads
geaccepteerd en structurele genen worden opgelost. STANDAARD: n

-minCov [dubbel]: specificeer de minimaal vereiste dekking van de extractie van kandidaat-genen,
STANDAARD: -1 (wordt geschat op basis van mapping)

-maxCov [dubbel]: optionele maximale dekkingsdrempel, kan ook worden geschat op basis van kaarten
(STANDAARD)

-eindCov [dubbel] : als de dekking onder deze waarde daalt, de momenteel openstaande kandidaat
gen is gesloten. Deze waarde kan worden geschat op basis van de minimale dekking (-1);
STANDAARD: -1

-dispCov [0/1]: schat (1) het dekkingshistogram voor de leestoewijzing, STANDAARD: 0

-interval [int] : specificeer de minimale grootte van een interval tussen nabije kandidaat-genen, if
"-1" is gelijk aan de leeslengte. STANDAARD: -1

-splLim [dubbel] : specificeer de minimale dekking die vereist is om een ​​lasplaats te accepteren,
if (-1) de drempel is gelijk aan minCov, DEFAULT: -1

-rl [int]: geef de leeslengte op, anders wordt deze informatie uit het SAM-bestand gehaald
(STANDAARD)

-samForSequential [pathToSamFile] : als het gewenst is om chromosomen in a te analyseren
op sequentiële wijze, geef naast het chromosoomgesorteerde Sam-bestand ook een chromosoomgesorteerd Sam-bestand op
gesorteerd op leesnamen, STANDAARD: noSequential

-geenAmbiOpti : Indien gespecificeerd, worden dubbelzinnige treffers niet meegenomen in de analyse

-settingMapper [(lijst met parameters)] : een door komma's gescheiden lijst met de gewenste parameters
voor TopHat of BWA. Gelieve op te geven

voor elke parameter een paar van indicator en waarde, gescheiden door een gelijkheidsteken.
Merk op dat parameters bedoeld zijn voor de 3 verschillende delen (indexering, aln, sam) van BWA
moeten worden gescheiden door een kleine balk

Voorbeeld: -settingMapper [-a=is_-t=5,-N_-n=5]

Gebruik giira online met behulp van onworks.net-services