Dit is de opdracht gmod_bulk_load_pubmed.plp die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gmod_bulk_load_pubmed.pl - slaat gepubliceerde vermeldingen op in de database
PRODUCTBESCHRIJVING
Gebruik: perl gmod_bulk_load_pubmed.pl -H [dbhost] -D [dbnaam] [-vt] -i bestand
parameters
-H hostnaam voor database
-D databasenaam
-i invoerbestand [vereist]
-v uitgebreide uitvoer
-t proefmodus. Voer helemaal geen winkelwerkzaamheden uit.
-g GMOD-databaseprofielnaam (kan host- en DB-naam opgeven) Standaard: 'standaard'
If niet gebruik a GMOD databank profielen (keuze -G) harte helpen Dan moet je zorgen voor the volgend
parameters
-u gebruikersnaam
-d naam van het databasestuurprogramma (dat wil zeggen 'Pg' voor postgres)
-p wachtwoord voor uw gebruiker om verbinding te maken met de database
Het script slaat gepubliceerde vermeldingen op in de database. Bestaande worden genegeerd. Invoer bestand
moet een lijst met pubmed-ID's bevatten. Vervolgens een nieuw publicatieobject
(Bio::Chado::Schema::Pub::Pub) met accession= PMID worden de publicatiespecificaties opgehaald
van Entrez (met behulp van eUtils) dat de verschillende velden in het Publicatie-object instelt. Wanneer
de publicatie wordt opgeslagen, eerst wordt een nieuwe dbxref opgeslagen (zie Chado General module)
Deze script Bedrijven met chado schema en toegang the volgend tafels:
cafe
pubauteur
pubprop
dbxref
pub_dbxref
Gebruik gmod_bulk_load_pubmed.plp online met behulp van onworks.net-services