gmt-music-bmr-calc-wig-covgp - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmt music bmr calc-wig-covg - Tel gedekte basen per gen voor elk gegeven wiebelspoor
formaat bestand.

VERSIE

Dit document beschrijft gmt music bmr calc-wig-covg versie 0.04 (2016-01-01 om 23:10:19)

KORTE INHOUD

gmt muziek bmr calc-wig-covg --roi-file=? --referentievolgorde=? --pruikenlijst=?
--uitvoer-dir=?

Algemeen gebruik:

... muziek bmr calc-wig-covg \
--pruikenlijst input_dir/pruikenlijst \
--output-dir output_dir/ \
--referentievolgorde input_dir/all_sequences.fa \
--roi-bestand input_dir/all_coding_exons.tsv

VERPLICHT ARGUMENTEN

roi-bestand Tekst
Door tabs gescheiden lijst van ROI's [chr start stop gene_name] (zie beschrijving)

referentie-reeks Tekst
Pad naar referentiereeks in FASTA-indeling

pruikenlijst Tekst
Door tabs gescheiden lijst van WIG-bestanden [sample_name wig_file] (zie beschrijving)

uitvoer-dir Tekst
Directory waar uitvoerbestanden en submappen worden geschreven

PRODUCTBESCHRIJVING

Dit script telt basen met voldoende dekking in de ROI's van elk gen van gegeven
Wiggle track formaat bestanden, en categoriseert ze in - AT, CG (niet-CpG), en CpG tellingen.
Het telt ook deze basentellingen op voor alle ROI's van elk gen voor elk monster, maar
gedekte bases die binnen overlappende ROI's liggen, worden niet meer dan één keer meegeteld voor
deze totaaltellingen.

ARGUMENTEN

--roi-bestand
De regio's van belang (ROI's) van elk gen zijn typisch regio's waarop wordt getarget
sequencing of samengevoegde exon loci (van meerdere transcripten) van genen met 2-bp
flanken (splice junctions). Voor basetellingen per gen is een overlappende base:
geteld elke keer dat het voorkomt in een ROI van hetzelfde gen. Om dit te voorkomen, moet u ervoor zorgen dat
overlappende ROI's van hetzelfde gen samenvoegen. BEDtools' mergeBed kan helpen indien gebruikt
per gen.
--referentievolgorde
De referentiesequentie in FASTA-formaat. Als er geen referentiesequentie-index wordt gevonden
naast dit bestand (een .fai-bestand), wordt het gemaakt.
--pruikenlijst
Geef een bestand op met voorbeeldnamen en de bestandslocaties van het Wiggle-trackformaat voor:
elk. Gebruik het door tabs gescheiden formaat [sample_name wig_file] per regel. Extra kolommen
zoals klinische gegevens zijn toegestaan, maar worden genegeerd. De sample_name moet hetzelfde zijn als de
namen van tumormonsters die worden gebruikt in het MAF-bestand (16e kolom, met de koptekst
Tumor_monster_streepjescode).
--uitvoer-dir
Geef een uitvoermap op waarin het volgende wordt gemaakt/geschreven: roi_covgs:
Submap met per-ROI gedekte basistellingen voor elk monster. gene_covgs:
Submap met per gen bedekte basetellingen voor elk monster. totaal_covgs:
Bestand met de totale niet-overlappende dekkingen per monster.

Gebruik gmt-music-bmr-calc-wig-covgp online met onworks.net-services