gmx-do_dssp - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-do_dssp - Wijs secundaire structuur toe en bereken voor oplosmiddel toegankelijk oppervlak

KORTE INHOUD

gmx do_dssp [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-kaart [<.kaart>]] [-ssdump [<.dat>]] [-o [<.xpm>]]
[-sc [<.xvg>]] [-a [<.xpm>]] [-ta [<.xvg>]]
[-aa [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[-u ] [-[nu] [-xvg ] [-sss ]
[-worm ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx do_dssp leest een trajectbestand en berekent de secundaire structuur voor elke tijd
frame dat het dssp-programma aanroept. Als u het dssp-programma niet hebt, download het dan van
http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp. gmx do_dssp gaat ervan uit dat het uitvoerbare bestand dssp zich bevindt
in /usr/local/bin/dssp. Als dit niet het geval is, moet u een omgeving instellen
variabele DSSP wijzend naar het uitvoerbare bestand dssp, bijvoorbeeld:

settenv DSSP /opt/dssp/bin/dssp

Sinds versie 2.0.0 wordt dssp aangeroepen met een syntaxis die verschilt van eerdere versies. Als
je hebt een oudere versie van dssp, gebruik dan de -worm optie om do_dssp opdracht te geven om het oudere
syntaxis. do_dssp gebruikt standaard de syntaxis die is geïntroduceerd met versie 2.0.0. Nog nieuwer
versies (die op het moment van schrijven nog niet zijn uitgebracht) worden verondersteld hetzelfde te hebben
syntaxis als 2.0.0.

De structuurtoewijzing voor elke rest en tijd wordt naar een geschreven .xpm matrix bestand. Dit
bestand kan worden gevisualiseerd met bijvoorbeeld xv en kan worden geconverteerd naar postscript met
xpm2ps. Individuele kettingen worden gescheiden door lichtgrijze lijnen in de .xpm en naschrift
bestanden. Het aantal residuen bij elk type secundaire structuur en het totale aantal secundaire structuren
structuur (-sss) tellen als functie van de tijd worden ook weggeschreven naar bestand (-sc).

Oplosmiddel toegankelijk oppervlak (SAS) per residu kan worden berekend, beide in absolute waarden
(A^2) en in fracties van het maximaal toegankelijke oppervlak van een residu. Het maximale
toegankelijk oppervlak wordt gedefinieerd als het toegankelijke oppervlak van een residu in een keten van
glycinen. Note dat het programma [gmx-sas] ook SAS kan berekenen en dat is meer
efficiënt.

Ten slotte kan dit programma de secundaire structuur in een speciaal bestand dumpen ssdump.dat voor
gebruik in het programma gmx chi. Samen kunnen deze twee programma's worden gebruikt om dihedraal te analyseren
eigenschappen als functie van het secundaire structuurtype.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

-kaart [<.kaart>] (ss.kaart) (Bibliotheek)
Bestand dat matrixgegevens aan kleuren koppelt

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-ssdump [<.dat>] (ssdump.dat) (Optioneel)
Generiek gegevensbestand

-o [<.xpm>] (ss.xpm)
X PixMap-compatibel matrixbestand

-sc [<.xvg>] (scount.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-a [<.xpm>] (gebied.xpm) (Optioneel)
X PixMap-compatibel matrixbestand

-ta [<.xvg>] (totarea.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

-aa [<.xvg>] (averarea.xvg) (Optioneel)
xvgr/xmgr-bestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-u (ps)
Eenheid voor tijdwaarden: fs, ps, ns, us, ms, s

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-sss (HEBT)
Secundaire structuren voor het tellen van structuren

-worm (2)
DSSP primaire versie. Syntaxis gewijzigd met versie 2

Gebruik gmx-do_dssp online met behulp van onworks.net-services