gmx-enemat - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-enemat - Extraheer een energiematrix uit een energiebestand

KORTE INHOUD

gmx klysma [-f [<.edr>]] [-groepen [<.dat>]] [-eref [<.dat>]]
[-mat [<.xpm>]] [-etot [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[nu] [-xvg ] [-[geen]som]
[-overslaan ] [-[geen gemiddelde] [-n niveaus ] [-max ]
[- min ] [-[nee] konsr] [-[geen]collr] [-[nee]kan14]
[-[nee]ljsr] [-[nee]ljlr] [-[geen]lj14] [-[nee]bhamsr]
[-[nee]bhamlr] [-[geen gratis] [-temp ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx klysma haalt een energiematrix uit het energiebestand (-f). Met -groepen een bestand moet
worden voorzien van op elke regel een te gebruiken groep atomen. Voor deze groepen is de matrix van
interactie-energieën worden uit het energiebestand gehaald door te zoeken naar energiegroepen
met namen die overeenkomen met paren groepen atomen, bijvoorbeeld als uw -groepen bestand bevat:

2
Eiwit
SOL

dan worden energiegroepen met namen als 'Coul-SR:Protein-SOL' en 'LJ:Protein-SOL' verwacht
in het energiebestand (hoewel gmx klysma is vooral nuttig als er veel groepen worden geanalyseerd
tegelijkertijd). Matrices voor verschillende energietypen worden afzonderlijk uitgeschreven, zoals
gecontroleerd door de -[nee] kon, -[geen]coulr, -[nee]kan14, -[nee]lj, -[geen]lj14, -[geen] bham en
-[geen gratis opties. Tenslotte kan de totale interactie-energie energie per groep zijn
berekend (-etot).

Een benadering van de vrije energie kan worden berekend met behulp van: E_free = E_0 + kT
log( ), waarbij '<>' staat voor tijdsgemiddelde. Een bestand met referentie gratis
energieën kunnen worden geleverd om het vrije energieverschil met enige referentie te berekenen
staat. Groepsnamen (bijv. residunamen) in het referentiebestand moeten overeenkomen met de
groepsnamen zoals gebruikt in de -groepen bestand, maar een bijgevoegd nummer (bijvoorbeeld residunummer) in
the -groepen zal bij de vergelijking buiten beschouwing worden gelaten.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.edr>] (ener.edr) (Optioneel)
Energiebestand

-groepen [<.dat>] (groepen.dat)
Generiek gegevensbestand

-eref [<.dat>] (eref.dat) (Optioneel)
Generiek gegevensbestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-mat [<.xpm>] (emat.xpm)
X PixMap-compatibel matrixbestand

-etot [<.xvg>] (energie.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-[geen]som (Nee)
Tel de geselecteerde energietermen bij elkaar op in plaats van ze allemaal weer te geven

-overslaan (0)
Aantal frames overslaan tussen gegevenspunten

-[geen gemiddelde (Ja)
with -groepen extraheert een matrix van gemiddelde energieën in plaats van een matrix voor elke tijdstap

-n niveaus (20)
aantal niveaus voor matrixkleuren

-max (1e+20)
maximale waarde voor energieën

- min (-1e+20)
minimale waarde voor energieën

-[nee] konsr (Ja)
extraheer Coulomb SR-energieën

-[geen]collr (Nee)
extraheer Coulomb LR-energieën

-[nee]kan14 (Nee)
extraheer Coulomb 1-4 energieën

-[nee]ljsr (Ja)
extraheer Lennard-Jones SR-energieën

-[nee]ljlr (Nee)
extraheer Lennard-Jones LR-energieën

-[geen]lj14 (Nee)
extraheer Lennard-Jones 1-4 energieën

-[nee]bhamsr (Nee)
extraheren Buckingham SR-energieën

-[nee]bhamlr (Nee)
extraheer Buckingham LR-energieën

-[geen gratis (Ja)
gratis energie berekenen

-temp (300)
referentietemperatuur voor vrije energieberekening

Gebruik gmx-enemat online met behulp van onworks.net-services