gmx-filter - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-filter - Frequentiefiltertrajecten, handig voor het maken van vloeiende films

KORTE INHOUD

gmx-filter [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xtc/.trr/...>]] [-Oh [<.xtc/.trr/...>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[nu] [-nf ]
[-[geen]alles] [-[geen] geen sprong] [-[past niet]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx filter voert frequentiefiltering uit op een traject. De filtervorm is cos(pi t/A)
+ 1 van -A tot +A, waarbij A wordt gegeven door de optie -nf maal de tijdstap in de invoer
traject. Dit filter reduceert schommelingen bij periode A met 85%, bij periode 2*A met 50%
en met periode 3*A met 17% voor laagdoorlaatfiltering. Zowel een low-pass als een high-pass gefilterd
traject geschreven kan worden.

Keuze -ol schrijft een laagdoorlaatgefilterd traject. Er wordt elke keer een frame geschreven -nf invoer
kaders. Deze verhouding tussen filterlengte en uitgangsinterval zorgt voor een goede onderdrukking van
aliasing van hoogfrequente bewegingen, wat handig is voor het maken van vloeiende films. Ook gemiddelden
van eigenschappen die lineair zijn in de coördinaten blijven behouden, aangezien alle invoerframes
worden gelijk gewogen in de output. Wanneer alle frames nodig zijn, gebruikt u de -allemaal optie.

Keuze -Oh schrijft een hoogdoorlaatgefilterd traject. De hoogdoorlaatgefilterde coördinaten zijn
toegevoegd aan de coördinaten uit het structuurbestand. Gebruik bij gebruik van hoogdoorlaatfiltering -fit
of zorg ervoor dat u een traject gebruikt dat op de coördinaten in de constructie is aangebracht
bestand.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optioneel)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-ol [<.xtc/.trr/...>] (lowpass.xtc) (Optioneel)
Traject: xtc TRR gro g96 pdb tng

-Oh [<.xtc/.trr/...>] (highpass.xtc) (Optioneel)
Traject: xtc TRR gro g96 pdb tng

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-nf (10)
Stelt de filterlengte en het uitgangsinterval in voor laagdoorlaatfiltering

-[geen]alles (Nee)
Schrijf alle laagdoorlaatgefilterde frames

-[geen] geen sprong (Ja)
Verwijder sprongen van atomen over de doos

-[past niet (Nee)
Pas alle frames aan een referentiestructuur aan

Gebruik gmx-filter online met behulp van onworks.net-services