Dit is het commando kmc_tools-filter dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
kmc_tools-filter - filter lezingen uit met een te klein aantal k-mers
KORTE INHOUD
kmc_tools filter [kmc_input_db_params]
[input_read_set_params] [output_read_set_params]
PRODUCTBESCHRIJVING
Met deze opdracht worden leesbewerkingen met een te klein aantal k-mers weggefilterd.
OPTIES
Voor de k-mers-database zijn er aanvullende parameters:
-ci
sluit k-meren uit die kleiner zijn dan keer
-cx
sluit k-meren uit die meer voorkomen dan keer
Voor de invoerset met leesbewerkingen zijn er aanvullende parameters:
-ci
verwijder waarden die minder k-meren bevatten dan de waarde. Het kan een geheel getal of een zwevend getal zijn
binnen bereik [0.0;1.0]
-ci
verwijder waarden die meer k-meren bevatten dan de waarde. Het kan een geheel getal of een zwevend getal zijn
binnen bereik [0.0;1.0]
-F
invoer in FASTA-formaat (-fa), FASTQ-formaat (-fq); standaard: FASTQ
Voor de uitvoerset met leesbewerkingen zijn er aanvullende parameters:
-F
uitvoer in FASTA-formaat (-fa), FASTQ-formaat (-fq); standaard: hetzelfde als invoer
VOORBEELD
kmc_tools filter kmc_db -ci3 input.fastq -ci0.5 -cx1.0 gefilterd.fastq
kmc_tools filter kmc_db input.fastq -ci10 -cx100 gefilterd.fastq
Gebruik kmc_tools-filter online met behulp van onworks.net-services
