Dit is de opdracht lastdb die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
lastdb - vergelijking op genoomschaal van biologische sequenties
KORTE INHOUD
laatstedb [opties] uitvoernaam fasta-sequence-bestand(en)
PRODUCTBESCHRIJVING
Bereid sequenties voor voor daaropvolgende uitlijning met Lastal.
OPTIES
Hoofd Opties
-h, --help
toon alle opties en hun standaardinstellingen en sluit af
-p interpreteer de sequenties als eiwitten
-R Opties voor herhaalmarkering (standaard=10)
-c kleine letters met zacht masker
Geavanceerd Opties (standaard instellingen)
-Q invoerformaat: 0=fasta, 1=fastq-sanger, 2=fastq-solexa, 3=fastq-illumina (0)
-s volumegrootte (onbeperkt)
-m zaadpatroon (niet-DNA: 1)
-u zaaischema (DNA: YASS)
-w indexstap (1)
-a door de gebruiker gedefinieerd alfabet
-i minimumlimiet voor initiële overeenkomsten per zoekopdrachtpositie (0)
-b diepte van de bak
-C type onderliggende tabel: 0=geen, 1=bytegrootte, 2=korte grootte, 3=volledig (0)
-x tel gewoon reeksen en letters
-v wees uitgebreid: schrijf berichten over wat lastdb doet
-V, --versie
versie-informatie weergeven en afsluiten
RAPPORTAGE BUGS
Meld bugs aan: [e-mail beveiligd]
LAATSTE startpagina: http://last.cbrc.jp/
Gebruik lastdb online met behulp van onworks.net-services
