macsyfinder - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

macsyfinder - handleidingpagina voor macsyfinder 1.0.2

PRODUCTBESCHRIJVING

gebruik: macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]

[--db-type {ongeordende_replicon, geordende_replicon,gembase,ongeordend}]
[--replicon-topologie {lineair,circulair}] [--topologie-bestand TOPOLOGY_FILE] [--idx]
[--inter-gene-max-ruimte INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--min-verplichte-genen-vereist MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--min-genen vereist MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [--max-nb-genen MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--multi-loci
MULTI_LOCI] [--hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-waarde-zoeken
E_VALUE_RES] [--evalue-select I_EVALUE_SEL] [--dekkingsprofiel COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-zoekachtervoegsel
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-extract-achtervoegsel RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--profiel-achtervoegsel PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [--vorige uitvoering PREVIOUS_RUN] systemen [systemen ...]

MacSyFinder is een hulpmiddel voor de detectie van eiwitsecretiesystemen van didermbacteriën
uit een eiwitdataset.

positie- argumenten:
oplossingen
De te detecteren systemen. Dit is een verplichte optie waaraan geen trefwoord is gekoppeld
Het. Om alle eiwituitscheidingssystemen en gerelateerde aanhangsels te detecteren: stel in op
"alles" (niet hoofdlettergevoelig). Anders kunnen een enkel of meerdere systemen worden gespecificeerd.
Bijvoorbeeld: "T2SS T4P".

optioneel argumenten:
-h, --help
toon dit helpbericht en sluit af

Invoer dataset opties:
--sequentie-db SEQUENCE_DB
Pad naar de reeksgegevensset in fasta-indeling.

--db-type {ongeordende_replicon,bestelde_replicon,gembase,ongeordend}
Het type gegevensset waarmee moet worden omgegaan. "unordered_replicon" komt overeen met a
niet-geassembleerd genoom, "ongeordend" naar een metagenomische dataset, "ordered_replicon" naar
een samengesteld genoom, en "gembase" voor een reeks replicons waar sequentie-identificatoren aanwezig zijn
volg deze conventie: ">RepliconName SequenceID".

--replicon-topologie {lineair,circulair}
De topologie van de replicons (deze optie is alleen zinvol als het db_type is
'ordered_replicon' of 'gembase'.

--topologie-bestand TOPOLOGIE_BESTAND
Topologiebestandspad. Met het topologiebestand kan een topologie worden gespecificeerd (lineair of
circular) voor elk replicon (deze optie is alleen zinvol als het db_type is
'ordered_replicon' of 'gembase'. Een topologiebestand is een tabelbestand met twee
kolommen: de eerste is de repliconnaam en de tweede de overeenkomstige topologie:
"RepliconA lineair"

--idx Forceert het bouwen van de indexen voor de sequentiegegevensset, zelfs als dit al eerder het geval was
berekend en aanwezig op de datasetlocatie (standaard = False)

Systems opsporing opties:
--inter-gen-max-ruimte INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
Co-lokalisatiecriterium: maximaal aantal componenten dat niet door een profiel wordt gematcht
toegestaan ​​tussen twee overeenkomende componenten, zodat ze als aaneengesloten kunnen worden beschouwd. Keuze
alleen zinvol voor 'geordende' datasets. De eerste waarde moet overeenkomen met een systeem, de
ten tweede een aantal componenten. Deze optie kan meerdere keren worden herhaald:
"--inter-gen-max-ruimte T2SS 12 --inter-gen-max-ruimte Flagellum 20"

--min-verplichte-genen-vereist MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
Het minimale aantal verplichte genen dat nodig is voor systeembeoordeling. De eerste
waarde moet overeenkomen met een systeemnaam, de tweede waarde met een geheel getal. Deze optie
kan meerdere keren worden herhaald: "--minmandatory-genes-required T2SS 15
--min-verplichte genen-vereist Flagellum 10"

--min-genen-vereist MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_REQUIRED
Het minimale aantal genen dat nodig is voor systeembeoordeling (omvat beide
'verplichte' en 'bijkomende' componenten). De eerste waarde moet overeenkomen met a
systeemnaam, de tweede waarde voor een geheel getal. Deze optie kan verschillende keren worden herhaald
times: "--min-genenvereiste T2SS 15 --min-genen-vereist Flagellum 10"

--max-nb-genen MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
Het maximale aantal genen dat nodig is voor systeembeoordeling. De eerste waarde moet
correspondeert met een systeemnaam, de tweede waarde met een geheel getal. Deze optie kan zijn
meerdere keren herhaald: "--max-nb-genes T2SS 5 --max-nb-genen Flagellum 10

--multi-loci MULTI_LOCI
Sta de opslag toe van multi-loci-systemen voor de gespecificeerde systemen. De systemen zijn
opgegeven als een door komma's gescheiden lijst (--multi-loci sys1,sys2) standaard is False

Opties voor Hmmer uitvoering en treffers filteren:
--hmmm HMMER_EXE
Pad naar het Hmmer-programma.

--index-db INDEX_DB_EXE
De indexeerfunctie die moet worden gebruikt voor Hmmer. De waarde kan 'makeblastdb' of
'formatdb' of het pad naar een van deze binaire bestanden (standaard = makeblastb)

--e-waarde-zoeken E_VALUE_RES
Maximale e-waarde voor te rapporteren hits tijdens Hmmer-zoekopdracht. (standaard = 1)

--i-evalue-select I_EVALUE_SEL
Maximale onafhankelijke e-waarde voor Hmmer-hits die kan worden geselecteerd voor systeemdetectie.
(standaard = 0.001)

--dekkingsprofiel COVERAGE_PROFILE
Minimale profieldekking vereist bij de trefferuitlijning om trefferselectie mogelijk te maken
voor systeemdetectie. (standaard = 0.5)

Pad opties:
-d DEF_DIR, --def DEF_DIR
Pad naar de systeemdefinitiebestanden.

-o OUT_DIR, --uit-direct OUT_DIR
Pad naar de map waar de resultaten moeten worden opgeslagen. als outdir is opgegeven, res-search-dir
zal worden genegeerd.

-r RES_SEARCH_DIR, --res-zoek-dir RES_SEARCH_DIR
Pad naar de map waarin de mappen met zoekresultaten van MacSyFinder worden opgeslagen
(standaard huidige werkmap).

--res-zoek-achtervoegsel RES_SEARCH_SUFFIX
Het achtervoegsel dat aan onbewerkte uitvoerbestanden van Hmmer moet worden gegeven.

--res-extract-achtervoegsel RES_EXTRACT_SUFFIX
Het achtervoegsel dat moet worden gegeven aan uitvoerbestanden van gefilterde treffers.

-p PROFILE_DIR, --profiel-dir PROFIEL_DIR
Pad naar de profielenmap.

--profiel-achtervoegsel PROFIEL_SUFFIX
Het achtervoegsel van profielbestanden. Voor elk 'Gene'-element is het bijbehorende profiel
gezocht in de 'profile_dir', in een bestand waarvan de naam is gebaseerd op de gennaam + de
profielachtervoegsel. Als het gen bijvoorbeeld 'gspG' heet en het achtervoegsel is
'.hmm3', dan moet het profiel op de opgegeven locatie worden geplaatst en een naam krijgen
'gspG.hmm3'

Snel naar opties:
-w WERKNEMER_NB, --arbeider WERKNEMER_NB
Aantal werknemers dat door MacSyFinder moet worden gebruikt. In het geval dat de gebruiker wil rennen
MacSyFinder in een multithread-modus. (0 betekent dat alle cores worden gebruikt, standaard 1)

-v, --breedsprakigheid
Verhoogt het breedsprakigheidsniveau. Er zijn 4 niveaus: Foutmeldingen (standaard),
Waarschuwing (-v), Info(-vv) en foutopsporing.(-vvv)

--log LOG_FILE
Pad naar de map waar het logbestand 'macsyfinder.log' moet worden opgeslagen.

--config CFG_FILE
Pad naar een vermeend MacSyFinder-configuratiebestand dat moet worden gebruikt.

--vorige uitvoering VORIGE_RUN
Pad naar een eerdere MacSyFinder-runmap. Hiermee kun je de Hmmer overslaan
zoekstap op dezelfde dataset, omdat eerdere runresultaten en dus parameters worden gebruikt
met betrekking tot Hmmer-detectie. Het configuratiebestand van deze vorige run zal zijn
gebruikt. (conflict met opties --config, --sequentie-db, --profiel-achtervoegsel,
--resextract-achtervoegsel, --e-waarde-res, --db-type, --hmmm)

Bezoek voor meer details de MacSyFinder-website en bekijk de MacSyFinder-documentatie.

Gebruik macsyfinder online met behulp van onworks.net-services