Dit is de opdracht mcmc_analysis die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
mcmc_analysis - Analyse van de MCMC
KORTE INHOUD
mcmc_analyse [OPTIES] MCMC-gegevens ...
PRODUCTBESCHRIJVING
Dit programma leest MCMC-uitvoer, van een of meerdere bestanden, van programma's in de BEEP
pakket. Het is belangrijk dat in elk invoerbestand dezelfde kolommen aanwezig zijn.
Invoer formaat:
Uitvoer van MCMC-iteraties op het formaat
WAAR
is de logaritme van de waarschijnlijkheid in float-formaat
is de tab-witruimte die de velden scheidt
is een geheel getal voor de ordinale van de iteratie
is een lijst met velden, gescheiden door puntkomma's met daarin
de parameters van de MCMC.
De MCMC-parameters worden getypt en krijgen een naam op de eerste regel in het bestand,
dat staat op het formaat
# L N [ ( )]+
De namen moeten uniek zijn, maar dat hoeft niet. De is een
of
drijven
logzweven
geheel getal
boom
orthologieparen
en werd gebruikt om af te leiden hoe de rest van de regels moest worden ontleed en geanalyseerd.
Uitvoerformaat:
Een rapport over de MCMC-run, met latere schattingen van de parameters.
OPTIES
-b [FLOAT|INT]
Het percentage (0 <= x <1), of het aantal (x is geheel getal >= 1) van de invoer die moet worden
weggegooid als burnin. Standaard: 0.1.
-p STRING
Teken de genoemde parameter . De uitvoer bestaat uit twee kolommen, het iteratienummer en
de waarde van de parameter in de iteratie.
-i STRING
Negeer de genoemde parameter. Zie kopregel in MCMC-uitvoer voor kolomnamen. Jij
kan meerdere kolommen tegelijk een naam geven met behulp van een door komma's gescheiden formaat, (bijv. -i
Lengte, Naam). Er zijn geen spaties toegestaan tussen kolomnamen.
-t Voer LaTex uit voor de analyse.
-l Tel en rapporteer het aantal monsters in het invoerbestand.
-mp NT Het maximale aantal punten dat moet worden geplot.
-sp Geef expliciet punten in plots aan.
-code Uitvoerbestand voor het CODA-pakket in R
-codabomen
Hetzelfde als -coda, maar bevat boomparameters. Elke boom wordt uitgevoerd als een geheel getal-ID
(volgorde van bezoek in keten, 1,2,...). Zorg ervoor dat je -i gebruikt om bomen te verbergen
met lengtes/tijden/tarieven.
-P Parallelle kettingen. Dit houdt in dat meerdere bestanden met (parallelle) monsters worden vermeld.
URL
De prime-phylo homepage: http://prime.sbc.su.se
Gebruik mcmc_analysis online met behulp van onworks.net-services
