odinreco - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

odinreco - Automatische reconstructie voor ODIN-reeksen

KORTE INHOUD

anders [ opties ] -r

PRODUCTBESCHRIJVING

odinreco: Automatische reconstructie voor ODIN-sequenties

odinreco biedt een generieke reconstructie voor beeldsequenties (spin-warp,
EPI, ZELDZAAM, ...). Het haalt de informatie over het verkregen signaal op uit de
bestand 'recoInfo' dat samen met de onbewerkte gegevens op schijf wordt opgeslagen. De recoInfo
bestand bevat informatie over de k-ruimtepositie van elk acquisitievenster
(ADC). Als uitvoer genereert odinreco een aantal bestanden met verschillende afbeeldingsformaten
(afhankelijk van de optie -f en bibliotheken van derden die beschikbaar zijn voor ODIN). De bestandsnaam
van elk bestand begint met het opgegeven uitvoervoorvoegsel.

OPTIES

-bcw: Correlatieweging van alle blades tegen het gemiddelde van alle blades (in beeldruimte)

-bf: Filterfunctie voor bladfasecorrectie (opties=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, standaard=GeenFilter)

-bfw: Breedte van de filterfunctie die wordt gebruikt voor correctie van de bladfase.[0.0 (0%) ... 1.0
(100%) van de bladbreedte; -1.0 (100%) ... 0.0 (0%) van middenbreedte] (standaard=1.0)

-bkf: Blade-keyhole-filterfunctie (en zijn argumenten) (options=Gauss NoFilter Triangle
Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, standaard = CosSq)

-bkt: Blade-keyhole-overgangsbreedte (fractie van het overbemonsterde k-ruimtecentrum)
(standaard=0.20)

-bwf: Venster/Filterfunctie voor kspace-weging van elk blad (opties=Gauss NoFilter
Driehoek Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, standaard = Driehoek)

-bww: Venster-/filterbreedte voor kspace-weging van elk blad (standaard = 1.0)

-kp: Gebruik directe Fourier-transformatie met conjugaatfasecorrectie in plaats van rastering

-dce: TE gebruikt voor velddriftberekeningen, indien niet nul [ms] (standaard=0.0 ms)

-gelijkstroom: Indexselectiereeks in recept gebruikt voor driftcorrectie (door spaties gescheiden lijst van
'dim=selectie', bijv. te=2)

-gelijkstroom: veldafwijking opslaan in bestand met dit voorvoegsel

-dd: Veldafwijkingscorrectie uitschakelen

-df: Uitvoerformaat (bestandsextensie) van dumpbestanden (standaard=nii)

-dg: GRAPPA-interpolatie uitschakelen

-dh: Homodyne-reconstructie uitschakelen

-dm: Schakel op veldkaarten gebaseerde reconstructie met meerdere frequenties uit

-dp: Voorvoegsel van dumpbestanden (standaard=./dump)

-ds: segmenttijdcorrectie uitschakelen

-hij: Niveau relatief ten opzichte van de gemiddelde waarde van de eerste echo voor het instellen van het masker van exponentiële vervalpassing
(standaard=0.50)

-f: Door spaties gescheiden lijst met uitvoerformaten (bestandsextensies), mogelijke formaten zijn '3db
analyseer asc coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph
png pos pro reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit ' (standaard = nii)

-ff: k-ruimte filterfunctie (en zijn argumenten) (options=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, standaard=GeenFilter)

-fm: Laad veldkaartgegevens uit dit bestand

-fp: Filterplateaubreedte (0=geen plateau, 1=volledig plateau) (standaard=0.0)

-gd: Fractie van k-psace-punten die moeten worden weggegooid in automatische kalibratielijnen vanwege hoge
residuen (standaard=0.0)

-gp: Aantal aangrenzende gemeten k-ruimtelijnen gebruikt voor GRAPPA-interpolatie
(standaard=2)

- gr: Aantal buren in leesrichting gebruikt voor GRAPPA-interpolatie (standaard = 5)

-gs: Schaalfactor voor het raster dat wordt gebruikt voor rasters (standaard=1.0)

- gt: GRAPPA-sjabloonafbeeldingen opslaan

-ik p: Opdrachtregelargumenten voor extra verwerking van uiteindelijke afbeeldingen (standaard=geen)

-j: Aantal gelijktijdige taken (threads) in reco (standaard = 24)

-kg1d: Kernelfunctie voor 1d k-ruimteraster (opties=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, standaard=Gauss(0.36169))

-kg2d: Kernelfunctie voor 2d k-ruimteraster (opties=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, standaard=Gauss(0.36169))

-kh: Sleutelgatreconstructie, bijvoorbeeld voor PROPELLER

-ks: K-ruimtegegevens opslaan

-kw1d: Kernelbreedte voor 1d k-ruimteraster [Pixel] (standaard = 4.24264Pixel)

-kw2d: Kernelbreedte voor 2d k-ruimteraster [Pixel] (standaard = 3.0Pixel)

-MF: Maximaal aantal frequenties voor reconstructie met meerdere frequenties (standaard=256)

- mn: Gebruik bij projectie met maximale intensiteit met een schuifvenster dit aantal buren in elk
richting (standaard=4)

-Dhr: Maximale recursie van reconstructie bij het wachten op schoolbordgegevens, nul betekent nee
recursie (standaard=100)

-o: Voorvoegsel van uitvoerbestanden (standaard=./image)

-PC: Combineer de fase van kanalen met behulp van een fasecorrectie

-pe: Exponent voor magnitudeweging bij het berekenen van de gecombineerde fase van alle kanalen
(standaard=0.0)

-pf: Bestandsnaam van FIFO (named pipe) waaruit de onbewerkte gegevens moeten worden opgehaald

-knal: Recept voor nabewerking van 3D-volume na kanaalcombinatie (standaard=null)

-prp: Recept voor nabewerking van 3D-volume voordat kanalen worden gecombineerd (standaard=null)

-pt: Combineer en bewaar het fasetijdverloop van alle kanalen

-pz: Vul ontbrekende ruwe gegevens (van onderbroken meting) op met nullen

-qs: Kwaliteitscontrole: Controleer op pieken in gegevens

-rd: Dump signaalgegevens en het bijbehorende protocol naar bestanden met dit voorvoegsel, reconstrueer niet
afbeeldingen

-rf: Lees het reco-recept (pijplijnindeling) uit dit bestand

-rp: Reco-recept (pijplijnindeling)

-s: Selecteer bepaalde dimensiebereiken (door spaties gescheiden lijst van 'dim=selectie', bijv
plak=3)

-sc: afbeeldingen van kanalen afzonderlijk opslaan in plaats van ze te combineren

-sp: Winkelfase naast omvang

-zw: Schuifraamreconstructie, bijv. voor Spiraal/PROPELLER

-t1f: Gebruik dit type T1-aanpassing, kan een van 'eenvoudig' of 'magnitude' zijn (standaard = eenvoudig)

-t1l: Niveau relatief ten opzichte van de gemiddelde waarde van de eerste echo voor het instellen van het masker van T1-passing (standaard = 0.50)

-t1m: Bovengrens voor T1-fit [ms] (standaard=3000.0 ms)

-naar: Time-out voor reco in seconden, 0=oneindig (standaard=0)

-Type: Type afbeeldingsweergave (opties=automatisch zwevend dubbel s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit , standaard = automatisch)

-wdialect: Schrijf gegevens met behulp van een bepaald dialect van het formaat. (standaard is geen dialect)

-wp: Sla het protocol apart op bij dit bestand.

-zp: Minimale grootte van het uiteindelijke beeld in faserichting verkregen nulvulling (standaard=0)

-zr: Minimale grootte van het uiteindelijke beeld in leesrichting verkregen nulvulling (standaard = 0)

-zs: Minimale grootte van het uiteindelijke beeld in de segmentrichting verkregen nulvulling (standaard = 0)

-v of voor het debuggen/traceren van alle componenten of een enkele
onderdeel, respectievelijk. Mogelijke waarden voor loglevel zijn: 0(noLog), 1(errorLog),
2(waarschuwingslog), 3(infolog).

-h, --help, -Help, --versie : Help-tekst of versie-informatie afdrukken

Gebruik odinreco online met behulp van onworks.net-services