Prettyplote - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

Prettyplot - Teken een reeksuitlijning met mooie opmaak

KORTE INHOUD

mooi plot -sequenties vervolgreeks [-matrixbestand Matrix] [-restenperlijn geheel getal]
[-herbreken geheel getal] [-ckleuren boolean] [-identiteit snaar]
[-cgelijkenis snaar] [-ander snaar] [-dokleur boolean] [-schaduw snaar]
[-paar reeks] [-identiteit geheel getal] [-doos boolean] [-dooskol boolean]
[-doosgebruik snaar] [-naam boolean] [-maxnamen geheel getal] [-aantal boolean]
[-lijstopties boolean] [-meervoud drijven] [-overeenstemming boolean]
[-botsing boolean] [-alternatief lijst] [-toonscore geheel getal]
[-portret boolean] -grafiek diagram

mooi plot -Help

PRODUCTBESCHRIJVING

mooi plot is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Softwaresuite”). Het maakt deel uit van de opdrachtgroep(en) "Uitlijning: Meerdere, Weergave".

OPTIES

Invoer sectie
-sequenties vervolgreeks

-matrixbestand Matrix
Dit is het scorematrixbestand dat wordt gebruikt bij het vergelijken van reeksen. Standaard is het de
bestand 'EBLOSUM62' (voor eiwitten) of het bestand 'EDNAFULL' (voor nucleïnezuursequenties). Deze
bestanden zijn te vinden in de 'data' directory van de EMBOSS installatie.

Extra sectie
-restenperlijn geheel getal
Het aantal residuen dat op elke regel moet worden weergegeven. Standaardwaarde: 50

-herbreken geheel getal
Standaardwaarde: $(residuenperlijn)

-ckleuren boolean
Standaardwaarde: Y

-identiteit snaar
Standaardwaarde: ROOD

-cgelijkenis snaar
Standaardwaarde: GROEN

-ander snaar
Standaardwaarde: ZWART

-dokleur boolean
Standaardwaarde: N

-schaduw snaar
Stel in op BPLW voor normale schaduw (zwart, bleek, licht, wit), dus voor paar = 1.5,1.0,0.5
en tint = BPLW Residuscore Kleur 1.5 of hoger... ZWART (B) 1.0 tot 1.5 ... BRUIN
(P) 0.5 tot 1.0 ... TARWE (L) minder dan 0.5 .... WIT (W) De enige vier toegestane letters
zijn BPLW, in willekeurige volgorde.

-paar reeks
Standaardwaarde: 1.5,1.0,0.5

-identiteit geheel getal

-doos boolean
Standaardwaarde: Y

-dooskol boolean
Standaardwaarde: N

-doosgebruik snaar
Standaardwaarde: GRIJS

-naam boolean
Standaardwaarde: Y

-maxnamen geheel getal
Standaardwaarde: 10

-aantal boolean
Standaardwaarde: Y

-lijstopties boolean
Standaardwaarde: Y

-meervoud drijven
Standaardwaarde: @( $(sequences.totweight) / 2)

Overeenstemming sectie
-overeenstemming boolean
Standaardwaarde: N

-botsing boolean
Standaardwaarde: Y

-alternatief lijst
Waarden zijn 0: Normale botsingscontrole. (standaard) 1: Vergelijkt identieke scores met de
maximale score gevonden. Dus als een ander residu overeenkomt met dezelfde score, is er sprake van een botsing
is gebeurd. 2: Als een ander residu een overeenkomende score groter dan of gelijk heeft aan en
komen deze niet overeen, dan heeft er een botsing plaatsgevonden. 3: Controleert al degenen die niet in de
huidige consensus. Als een van deze een topscore oplevert voor overeenkomende of identieke scores
dan heeft er een botsing plaatsgevonden.

-toonscore geheel getal
Standaardwaarde: -1

-portret boolean
Standaardwaarde: N

uitgang sectie
-grafiek diagram

Gebruik Prettyplote online met behulp van onworks.net-services