protesteren - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

protest - Selectie van best passende modellen van eiwitevolutie (sequentiële versie)

KORTE INHOUD

protesteren -i alignm_file [OPTIES]

PRODUCTBESCHRIJVING

PROTTEST (ModelTest's relative) is een programma voor het selecteren van het model van
eiwitevolutie die het beste past bij een bepaalde reeks sequenties (uitlijning).
Dit Java-programma is gebaseerd op het Phyml-programma (voor maximale waarschijnlijkheid
berekeningen en optimalisatie van parameters) en gebruikt de PAL-bibliotheek als
Goed. De opgenomen modellen zijn empirische substitutiematrices (zoals WAG,
LG, mtREV, Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam,
MtArt, HIVb en HIVw) die de relatieve hoeveelheden aminozuren aangeven
vervanging en specifieke verbeteringen (+I:onveranderlijke sites, +G: tarief
heterogeniteit tussen sites, +F: waargenomen aminozuurfrequenties).
rekening houden met de evolutionaire beperkingen die worden opgelegd door het behoud van
eiwitstructuur en -functie. ProtTest maakt gebruik van de Akaike-informatie
Criterium (AIC) en andere statistieken (AICc en BIC) om te vinden welke van de
kandidaat-modellen die het beste passen bij de beschikbare gegevens.

OPTIES

-i uitlijn_bestandsnaam

Uitlijningsinvoerbestand (vereist)

-t boom_bestandsnaam

Boombestand (optioneel) [standaard: NJ boom]

-o uitvoer_bestandsnaam

Uitvoerbestand (optioneel) [standaard: standaarduitvoer]

-logboek ingeschakeld uitgeschakeld

Schakelt PhyML-login in de logboekdirectory in / uit (zie prottest.properties)

-[Matrix]

Inclusief matrix (aminozuur) = JTT LG DCMut MtREV MtMam MtArt Dayhoff WAG RtREV
CpREV Blosum62 VT HIVb HIVw FLU

Als u geen matrix opgeeft, worden alle hierboven weergegeven matrices opgenomen.

-I

Neem modellen op met een deel van onveranderlijke sites

-G

Voeg modellen toe met snelheidsvariatie tussen sites en aantal categorieën

-IG

omvatten modellen met zowel +I- als +G-eigenschappen

-alle-verdelingen

Voeg modellen toe met snelheidsvariatie tussen sites, aantal categorieën en beide

-nkat aantal_van_categorieën

Definieer het aantal categorieën voor +G- en +I+G-modellen [standaard: 4]

-F

Neem modellen op met empirische frequentieschatting

-AIC

Toon modellen gesorteerd op Akaike Information Criterion (AIC)

-BIC

Modellen weergeven gesorteerd op Bayesiaans informatiecriterium (BIC)

-AICC

Toon modellen gesorteerd op Corrected Akaike Information Criterion (AICc)

-DT

Toon modellen gesorteerd op beslistheoriecriterium

-allemaal

Geeft een vergelijkingstabel met 7 frames weer

-S optimalisatie_strategie

Optimalisatiestrategiemodus: [standaard: 0]

0: Vaste BIONJ JTT

1: BIONJ-boom

2: Boom met maximale waarschijnlijkheid

3: Door de gebruiker gedefinieerde topologie

-s beweegt

Boomzoekbewerking voor ML-zoekopdrachten: NNI (snelste), SPR (langzaamste), BEST (beste van
NNI en SPR) [standaard: NNI]

-t1

Geef de newick-structuur van het beste model weer [standaard: false]

-t2

Geef de ASCII-structuur van het beste model weer [standaard: false]

-tc consensus_drempel

Geef de consensusboom weer met de opgegeven drempel, tussen 0.5 en 1.0 [0.5 =
meerderheid regel consensus; 1.0 = strikte consensus]

-draden aantal_of_threads

Aantal threads gevraagd om te berekenen (alleen als MPJ niet wordt gebruikt) [standaard: 1]

-uitgebreid

Uitgebreide modus [standaard: false]

VOORBEELD

protesteren -i alignm_bestand -t boom_bestand -S 0 -alle-verdelingen -F -AIC -BIC -tc 0.5 > uitvoer

Gebruik protest online met behulp van onworks.net-services