rawtominc - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

rawtominc - converteert een stroom binaire afbeeldingsgegevens naar een bestand in minc-formaat

KORTE INHOUD

rauwtominc [opties] uitvoer.mnc [[sz4] sz3] sz2 sz1

PRODUCTBESCHRIJVING

Rawtominc leest een stroom binaire gegevens (byte, kort, lang, float of dubbel) van standaard
invoer (tenzij de -invoer optie wordt gebruikt) en schrijft het naar het minc-formaatbestand
uitvoer.mnc. De gebruiker specificeert de afmetingsgroottes, van langzaamst tot snelst
variërend. Er moeten minimaal twee dimensies worden opgegeven (een afbeelding), maar dit kunnen er maximaal vier zijn.
Opties geven de gebruiker controle over dimensienamen, gegevenstypen en voxel naar de wereld
coördineert de conversie. Gegevens van het vectortype (zoals RGB-pixelgegevens) kunnen ook worden ingelezen.

PIXEL WAARDE SPECIFICATIE

Pixelwaarden worden gespecificeerd door een type en een teken (bijvoorbeeld een kort geheel getal met teken). Zij zijn ook
gekenmerkt door een scala aan juridische waarden. Veel scanners produceren bijvoorbeeld opgeslagen afbeeldingen
met korte gehele pixelwaarden. Sommige hebben waarden in het bereik van 0 tot 4095, andere van 0 tot
32000, andere -32768 tot 32767. Dit bereik is het geldige bereik, gespecificeerd door de -bereik
optie (voor drijvende-kommawaarden is het geldige bereik het maximum en minimum van het geheel
gegevensset). Rawtominc Hiermee kan de gebruiker zowel het invoertype, het teken als het bereik specificeren
als het uitvoertype, teken en bereik (lees bijvoorbeeld korte waarden, sla bytewaarden op).

Er is nog een wending. Over het algemeen worden gehele pixelwaarden eenvoudigweg geschaald beschouwd
pixelrepresentaties van echte (betekenisvolle) fysieke waarden. Drijvende-kommawaarden zijn dat wel
beschouwd als de werkelijke waarde zelf. Zo worden drijvende-kommawaarden gescand op het maximum
en minimaal, omdat ze van alles kunnen zijn (ze worden opgeslagen in de MINC-variabelen afbeelding-max
en afbeelding-min). Gehele getallen worden echter niet standaard gescand, omdat hun bereik dat wel kan
gegeven worden door een optie. Om het scannen van gehele waarden te forceren wanneer het maximum en het minimum zijn
niet bekend zijn (sommige scanners produceren bestanden met variabele bereiken), gebruik dan de optie
-scan_bereik.

WORLD COÖRDINATEN

Wereldcoördinaten verwijzen naar millimetrische coördinaten ten opzichte van een fysieke oorsprong
(ofwel de scanner of een anatomische structuur). Voxel-coördinaten zijn gewoon de
indices in het beeldvolume van een bepaalde voxel. Het is de moeite waard om kort te beschrijven hoe MINC
coördinaatconversies werken, omdat dit van invloed is op hoe succesvol het nieuwe MINC-bestand zal zijn
worden.

Elke dimensie van het MINC-beeld wordt gespecificeerd op naam - de ruimtelijke dimensies zijn dat xruimte,
yspatie en zspace. Zo positief is de conventie xruimte coördinaten lopen van de
linkerzijde van de patiënt naar rechts, positief yspatie coördinaten lopen vanaf de achterkant van de patiënt
naar anterieur en positief zspace coördinaten lopen van inferieur naar superieur. Voor elk van
deze ruimtelijke dimensies, wordt de wereldcoördinaatconversie gespecificeerd door een paar
attributen: stap en begin. De xruimte wereldcoördinaat wordt bijvoorbeeld berekend met behulp van
x = v*stap + start, waarbij x de x-wereldcoördinaat is en v het aantal voxels (beginnend
op nul). Dus de omvang van de stap attribuut specificeert de afstand tussen voxels
en het teken van de stap attribuut specificeert de oriëntatie van de as. Programma's zullen
gebruik deze informatie om afbeeldingen met de juiste beeldverhouding en oriëntatie weer te geven, dus
zorg ervoor dat je het goed doet. Veel scanners slaan dwarsbeelden op bij de eerste
pixel aan de voor-/rechterkant van de patiënt, dus het zou nodig zijn om negatieve x te geven
en y-stapwaarden. Andere conventies hebben het tegenovergestelde: eerste pixel bij patiënt
posterieur/links, dus stapwaarden zijn positief. Soms is het eerste plakje inferieur, dus de
z-stap moet positief zijn. Andere keren is het superieur, dus de z-stap is negatief.

De beeldassen hoeven niet uitgelijnd te zijn met de assen van de wereldcoördinaten. De as
richtingen worden in het bestand vastgelegd als richtingscosinussen - eenheidsvectoren - één voor elk
ruimtelijke as. In dit geval is de stap en begin attributen die hierboven zijn beschreven
paragraaf verwijst naar afstanden langs de as, niet naar coördinaten van de eerste voxel. Dit
maakt ze invariant onder een verandering van de asrichting (het hele coördinatensysteem kan binnenkomen).
feitelijk worden geroteerd door alleen de richtingscosinussen te veranderen). Als de coördinaat van de eerste
voxel bekend is, kan deze worden geconverteerd (geprojecteerd) naar een reeks startwaarden met behulp van de
-oorsprong optie.

OPTIES

Afmeting bestellen

-dwars
Dwarse afbeeldingen: [[tijd] z] y x (standaard)

-sagittaal
Sagittale beelden: [[tijd] x] z y

-coronaal
Coronale beelden: [[tijd] y] z x

-tijd Tijd bestelde afbeeldingen: [[z] tijd] y x

-xyz Dimensievolgorde: [[tijd] x] y z

-xzy Volgorde van dimensies: [[tijd] x] z y

-yxz Dimensievolgorde: [[tijd] y] x z

-yzx Dimensievolgorde: [[tijd] y] z x

-zxy Volgorde van dimensies: [[tijd] z] x y

-zyx Dimensievolgorde: [[tijd] z] y x

-dimorder dim1,dim2[,dim3[,dim4]]
Geef een willekeurige dimensievolgorde op, gegeven door een door komma's gescheiden lijst van tussen 2
en 4 dimensienamen.

-vector grootte
Geeft de grootte van een vectordimensie (altijd de snelst variërende dimensie).
Standaard is geen vectordimensie.

Invoer gegevens type dan: en reeks

-byte 8-bit gehele waarden (standaard).

-korte 16-bits gehele waarden.

-in 32-bits gehele waarden.

-lange vervangen door -in.

-vlotter Zwevende-kommawaarden met enkele precisie.

-dubbele
Zwevende-kommawaarden met dubbele precisie.

-ondertekend
Waarden zijn gehele getallen met teken (standaard voor kort en lang). Genegeerd vanwege drijvende komma
types.

-ongetekend
Waarden zijn gehele getallen zonder teken (standaard voor byte). Genegeerd voor typen met drijvende komma.

-bereik Min max
specificeert het geldige bereik van pixelwaarden. Standaard is het volledige bereik voor het type
en teken. Deze optie wordt genegeerd voor waarden met drijvende komma.

-reëel_bereik Min max
specificeert het werkelijke bereik van beeldwaarden dat overeenkomt met de pixelwaarden van
optie -bereik. De standaardinstelling is om het minimum en maximum van het echte beeld niet op te slaan. Als
-scan_bereik wordt gebruikt, dan worden het minimum en maximum van de afbeelding overeenkomend met de
Het minimum en maximum van de gescande pixels worden berekend en opgeslagen. Deze optie wordt genegeerd
voor drijvende-kommawaarden.

-wissel_bytes
Invoerwaarden (ofwel -korte or -in) moeten worden geconverteerd tussen Motorola (groot-
endian) en Intel (little-endian) gegevensformaat. Als "korte" invoer is opgegeven,
aangrenzende bytes worden verwisseld. Als "int"-invoer is opgegeven, binnenste en buitenste byte
paren worden verwisseld. Deze optie heeft geen effect bij andere invoertypen.

uitgang gegevens type dan: en reeks

-obyte Bewaar 8-bit gehele waarden (standaard is invoertype).

-kort
Bewaar 16-bit gehele waarden (standaard is invoertype).

-zalf Bewaar 32-bit gehele waarden (standaard is invoertype).

-lang vervangen door -zalf.

-zweven
Drijvende-kommawaarden met enkele precisie (standaard is invoertype).

-odubbel
Drijvende-kommawaarden met dubbele precisie (standaard is invoertype).

-ondertekend
Waarden zijn gehele getallen met teken (standaard voor kort en lang). Genegeerd vanwege drijvende komma
soorten. Als het uitvoertype niet is opgegeven, is het standaard het invoertekentype.

-niet ondertekend
Waarden zijn gehele getallen zonder teken (standaard voor byte). Genegeerd voor typen met drijvende komma.
Als het uitvoertype niet is opgegeven, is het standaard het invoertekentype.

-oranje Min max
specificeert het geldige bereik van pixelwaarden. Standaard is het volledige bereik voor het type
en teken. Deze optie wordt genegeerd voor waarden met drijvende komma. Als uitvoertype en teken
niet zijn opgegeven, dan is de standaardwaarde het invoerbereik.

Het scannen integers voor reeks

-noscan_bereik
Scan geen gehele waarden op hun minimum en maximum - neem aan dat de -range
optie geeft het juiste bereik van pixelwaarden (standaard). Geen herschaling van
pixelwaarden worden uitgevoerd (tenzij het uitvoertype verschilt van het invoertype) en de
Er wordt aangenomen dat gemaakte afbeeldingen een reëel (niet pixelwaarde) minimum en maximum hebben van
nul en één.

-scan_bereik
Gehele waarden worden gescand op hun minimum en maximum. Pixelwaarden worden opnieuw geschaald
om het volledige bereik van pixelwaarden weer te geven en het echte minimum en maximum zijn ingesteld
het pixelminimum en -maximum (tenzij -real_range wordt gebruikt). Dit zou moeten zijn
gelijk aan het converteren van de invoer naar een drijvende-kommatype en het inlezen ervan
-float -oshort (bijvoorbeeld), ervan uitgaande dat -real_range niet wordt gebruikt.

schrijf- uitvoer filet

-2 Maak uitvoerbestanden in MINC 2.0-formaat.

-klodder
Bestaand minc-bestand overschrijven (standaard).

-geen klomp
Overschrijf het bestaande minc-bestand niet.

lezing van invoer filet

-invoer Invoer bestand
Invoergegevens lezen van Invoer bestand in plaats van standaardinvoer.

-overslaan lengte
Sla de eerste over lengte bytes van de invoer.

Wereld coördineren Conversie

-xstap xstap
Stapgrootte voor x-afmeting (standaard = geen).

-ystap stap
Stapgrootte voor y-afmeting (standaard = geen).

-zstap zstap
Stapgrootte voor z-afmeting (standaard = geen).

-xstart xstart
Startcoördinaat voor x-afmeting (standaard = geen). Dit is een afstand evenwijdig
naar de as.

-ystart begin
Startcoördinaat voor y-afmeting (standaard = geen). Dit is een afstand evenwijdig
naar de as.

-zstart zstart
Startcoördinaat voor z-afmeting (standaard = geen). Dit is een afstand evenwijdig
naar de as.

-xdirco's x1 x2 x3
Richtingscosinus voor x-afmeting (standaard = geen).

-ydirko's y1 y2 y3
Richtingscosinus voor y-afmeting (standaard = geen).

-zdirco's z1 z2 z3
Richtingscosinus voor z-dimensie (standaard = geen).

-oorsprong o1 o2 o3
Specificeer de ruimtelijke coördinaten van de eerste voxel. Als de richtingscosinussen zijn
niet gegeven of zijn de standaardopties, deze optie geeft dezelfde resultaten als het gebruik ervan
de -start-opties. Anders wordt de coördinaat evenwijdig aan de assen geprojecteerd
Bepaal de juiste startwaarden.

Inlijsting tijd en lengte specificatie

-frame_tijden t1,t2,t3, ...
Geef het begin van elk tijdsbestek op. Het aantal opgegeven waarden moet gelijk zijn aan
de lengte van de tijdsdimensie die is opgegeven op de opdrachtregel. Alle waarden
gegeven moet in één argument staan ​​(geen spaties ertussen, anders moet de string
geciteerd). Scheiding door spaties in plaats van komma's is toegestaan.

-frame_breedtes w1,w2,w3, ...
Geef de lengte van elk tijdsbestek op. De opmerkingen voor -frame_tijden solliciteer hier als
goed.

Gebruik om de start- en stapwaarden in te stellen voor een functioneel bestand met constante frametijden
the -dattribuut vlag hieronder als volgt beschreven:

-dattribuuttijd:stap=1 -dattribuuttijd:start=0

Imaging modaliteit

-nomodaliteit
Sla het modaliteitstype niet op in het bestand (standaard).

-huisdier PET-gegevens.

-mri MRI-gegevens.

-spect SPECT-gegevens.

-gamma Gegevens van een gammacamera.

-Mevr MR-spectroscopiegegevens.

-men MR-angiografiegegevens.

-ct CT-gegevens.

-dsa DSA-gegevens

-dr Digitale radiografiegegevens.

Kenmerk specificatie

-satributie variabele:attribuut=waarde
Specificeer dat variabele moet worden gemaakt met een string attribuut ingesteld op waarde. De
volledige specificatie, inclusief variabele, attribuut en waarde, Moet
slechts in één argument voor het programma aanwezig is; voor tekenreeksen kunnen aanhalingstekens nodig zijn
spaties bevatten.

-dattribuut variabele:attribuut=waarde :
Like -satributie, maar voor het opgeven van attribuutwaarden met dubbele precisie.

-attribuut variabele:attribuut=waarde
Like -satributie or -dattribuut, behalve dat het type wordt gekozen door dit eerst te proberen
interpreteer de waarde als dubbele precisie - als dat niet lukt, wordt de waarde aangenomen
een touwtje zijn.

Algemeen opties

-Help Druk een samenvatting van de opdrachtregelopties af en sluit af.

-versie
Druk het versienummer van het programma af en sluit af.

Gebruik rawtominc online met behulp van onworks.net-services