scrm - Online in de Cloud

PROGRAMMA:

NAAM

scrm - Een nauwkeurige coalescentiesimulator voor sequenties op genomische schaal

KORTE INHOUD

srm Nsamp nloci [-hvL] [-r rec L [-l l] [-sr b rec]... ] [-I npop s1 ... sn [M] [-eI t s1
... sn [M]]... [-M M] [-eM t M]... [-m i j M] [-em t i j M]... [-mijn M11 M21 ... Mijnheer]
[-ema t M11 M21 ... Mijnheer]... [-es t i p]... [-ej t i j]...] [-n i n] [-in t i n] ...
[-eN t i n]... [-g i a] [- bijv t i a]... [-G t a] [-eG t a]... [-t theta [-oSFS] [-st b
theta]... ] [-zaad zaad [seed2 seed3,-p cijfers]

PRODUCTBESCHRIJVING

srm is a samenvloeiend simulator voor betere biologisch sequenties. Verschillende naar gelijk programma's, het
kan de Ancestral Recombinatie Grafiek met willekeurige precisie benaderen. Dit maakt het mogelijk
waarmee u snel lange sequenties kunt simuleren met een in wezen correcte genetische koppeling tussen
sites.

OPTIES

recombinatie:
-r R L Stel de recombinatiesnelheid in op R en de locuslengte op L.

-sr p R
Verander de recombinatiesnelheid R op sequentiepositie p.

-l l Stel de benaderingsvensterlengte in op l.

Bevolking Structuur:
-I npop s1 ... sn [M]
Gebruik een eilandmodel met npopulaties,

waarbij s1 tot sn-individuen in elke populatie worden bemonsterd. Optioneel kan worden aangenomen dat
symmetrische migratiesnelheid van M.

-eI t s1 ... sn [M]
Steekproef s1 om individuen uit hun

overeenkomstige populaties op tijdstip t.

-M M Ga uit van een symmetrische migratiesnelheid van M/(npop-1).

-eM t M
Verander de symmetrische migratiesnelheid naar M/(npop-1) op tijdstip t.

-m i j M
Stel de migratiesnelheid van populatie j naar populatie i in op M

-em t i j M
Stel de migratiesnelheid van populatie j in op

populatie i tot M op tijdstip t.

-mijn M11 M21 ...
Stelt de (achterwaartse) migratiematrix in.

-ema t M11 M21 ...
Wijzigt de migratiematrix op tijdstip t

-es t i p
Populatie-admixtuur. Vervangt een fractie van 1-p van populatie i door individuen a
uit populatie npop + 1 die daarna (vooruit in de tijd) wordt genegeerd.

-ej t i j
Speciatiegebeurtenis op tijdstip t. Creëert populatie j uit individuen van populatie i.

Bevolking Grootte Wijzigingen:
-n i n Stel de huidige omvang van populatie i in op n*N0.

-in t i n
Verander de omvang van populatie i naar n*N0 op tijdstip t.

-eN t n
Stel de huidige omvang van alle populaties in op n*N0.

-g i a Stel de exponentiële groeivoet van populatie i in op a.

- bijv t i a
Verander de exponentiële groeisnelheid van populatie i naar a op tijdstip t.

-G a Stel de exponentiële groeivoet van alle populaties in op a.

-eG t a
Verander de exponentiële groeisnelheid van alle populaties naar a op tijdstip t.

Samenvatting Statistieken:
-t THETA
Stel de mutatiesnelheid in op THETA = 4N_0u, waarbij u de neutrale mutatiesnelheid per
plaats.

-T Print de lokale genealogieën in Newick-formaat.

-O Print de lokale genealogieën in het Oriented Forest-formaat.

-L Druk de TMRCA en de lokale boomlengte voor elk segment af.

-oSFS Print het frequentiespectrum van de site. Vereist het instellen van de mutatiesnelheid.

-SC [ms|rel|buikspieren]
Schaalverdeling van sequentieposities. Relatief ten opzichte van de locuslengte tussen 0 en 1.
(rel), absoluut in basenparen (abs) of ms-achtig (ms).

Andere:
-zaad ZAAD [SEED2 SEED3]
De te gebruiken willekeurige seed. Bestaat uit drie gehele getallen.

-v, --versie
Geeft de versie van scrm weer.

-h, --help
Deze tekst afdrukken.

-p cijfers
Aantal significante cijfers dat in de uitvoer wordt gebruikt.

Voorbeelden

Vijf onafhankelijk locaties voor betere 10 individuen gebruik Kingman's Samensmeltend:
scrm 10 5 -t 10

A volgorde of 10kb van 4 individuen voor the exact ARGUMENT:
scrm 4 1 -t 10 -r 4 10000

A volgorde of 100Mb gebruik the SMC' benadering:
scrm 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 0

Dezelfde as bovenstaande, maar met in wezen te corrigeren koppeling:
scrm 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 300000

Gebruik scrm online met behulp van onworks.net-services