seqsearche - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

seqsearch - Genereer PSI-BLAST-hits (DHF-bestand) uit een DAF-bestand.

KORTE INHOUD

seqzoeken -modus lijst -inseqspad agenda -databank snaar -niter geheel getal -waarderen drijven
-maxhits geheel getal -dhfoutdir buiten de deur -logbestand uitbestand

seqzoeken -Help

PRODUCTBESCHRIJVING

seqzoeken is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
softwarepakket"). Het maakt deel uit van de "Protein:3D Structure" commandogroep(en).

OPTIES

Invoer sectie
-modus lijst
Deze optie specificeert de modus van SEQSEARCH-bewerking. SEQSEARCH neemt als invoer a
directory van ofwel i. enkele reeksen, ii. reeks reeksen (niet uitgelijnd of uitgelijnd,
maar doorgaans uitgelijnde sequenties binnen een domeinuitlijningsbestand)). De gebruiker moet
specificeer welke. Standaardwaarde: 1

-inseqspad agenda
Deze optie specificeert de locatie van reeksen, bijvoorbeeld DAF-bestanden (domeinuitlijning
bestanden) (invoer). SEQSEARCH neemt als invoer een database van i. enkele reeksen, ii.
sets van niet-uitgelijnde sequenties of iii. sets van uitgelijnde sequenties, bijvoorbeeld een domeinuitlijning
bestand. Een 'domeinuitlijningsbestand' bevat een reeksuitlijning van domeinen die erbij horen
dezelfde SCOP- of CATH-familie. Het bestand heeft de clusterindeling, geannoteerd met domein
informatie over familieclassificatie. De bestanden die zijn gegenereerd met behulp van SCOPALIGN bevatten
een op structuur gebaseerde sequentie-uitlijning van alleen domeinen met een bekende structuur. Zo een
uitlijningen kunnen worden uitgebreid met sequentieverwanten (van onbekende structuur) door gebruik te maken van
SEQALIGN. Standaardwaarde: ./

-databank snaar
Standaardwaarde: swissprot

Nodig sectie
-niter geheel getal
Deze optie specificeert het aantal PSIBLAST-iteraties. Deze optie specificeert de
aantal PSIBLAST-iteraties die bij een zoekopdracht worden uitgevoerd. Standaardwaarde: 1

-waarderen drijven
Deze optie specificeert de drempel E-waarde voor opname in het gezin. Deze optie
specificeert de drempel-E-waarde voor het behouden van een PSIBLAST-treffer. Standaardwaarde:
0.001

-maxhits geheel getal
Deze optie specificeert het maximale aantal treffers. Deze optie specificeert het maximum
aantal PSIBLAST-hits dat behouden blijft. Normaal gesproken moet deze hoog worden ingesteld
niets wordt weggegooid. Standaardwaarde: 1000

uitgang sectie
-dhfoutdir buiten de deur
Deze optie specificeert de locatie van DHF-bestanden (bestanden met domeinhits) (uitvoer). A
'domain hits file' bevat databasehits (sequenties) met domeinclassificatie
informatie, in FASTA-formaat. De treffers zijn verwant aan een SCOP- of CATH-familie en zijn dat ook
gevonden bij een zoekopdracht in een sequentiedatabase. Bestanden met hits opgehaald door
PSIBLAST wordt gegenereerd met behulp van SEQSEARCH. Standaardwaarde: ./

-logbestand uitbestand
Deze optie specificeert de naam van het logbestand voor de build. Het logbestand bevat:
berichten over eventuele fouten die optreden terwijl SEQSEARCH werd uitgevoerd. Standaardwaarde: seqsearch.log

Gebruik seqsearche online met behulp van onworks.net-services