seqstat - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

seqstat - toon statistieken en formaat voor een sequentiebestand

KORTE INHOUD

seqstat [Opties] volgbestand

PRODUCTBESCHRIJVING

seqstat leest een sequentiebestand volgbestand en toont er een aantal eenvoudige statistieken over.

De afgedrukte statistieken bevatten de naam van het formaat en het residutype van de eerste
sequentie (eiwit, RNA of DNA), het aantal sequenties, het totale aantal residuen,
en het gemiddelde en bereik van de reekslengtes.

OPTIES

-a Aanvullende uitgebreide informatie weergeven: een tabel met één regel per reeks weergeven
naam-, lengte- en beschrijvingsregel. Deze regels worden voorafgegaan door een *-teken
gemakkelijk inschakelen grep'ze eruit halen en sorteren.

-h Korte hulp afdrukken; inclusief versienummer en overzicht van alle opties, inclusief
deskundige opties.

-B (Babelvis). Automatisch detecteren en lezen van een ander bestandsformaat dan de standaardindeling
(FASTA). Vrijwel elk gangbaar sequentiebestandsformaat wordt herkend (inclusief Genbank,
EMBL, SWISS-PROT, PIR en GCG niet-uitgelijnde reeksindelingen, en Stockholm, GCG MSF,
en indelingen voor clusteruitlijning). Zie de gedrukte documentatie voor een volledige lijst
van ondersteunde formaten.

EXPERT OPTIES

--informeren
Specificeer dat het sequentiebestand de indeling heeft , in plaats van de standaard FASTA
formaat. Veelvoorkomende voorbeelden zijn Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
of PHYLIP; zie de gedrukte documentatie voor een volledige lijst van geaccepteerde formaten
namen. Deze optie overschrijft het standaard verwachte formaat (FASTA) en het -B
Babelfish automatische detectie-optie.

--stil
Onderdruk de uitgebreide header (programmanaam, releasenummer en -datum, de parameters
en actieve opties).

Gebruik seqstat online met behulp van onworks.net-services