Dit is de opdracht TransDecoder.LongOrfs die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
Transdecoder.LongOrfs - Transcriptome eiwitvoorspelling
GEBRUIK
Vereist:
-T transcripties.fasta
Optioneel:
-M minimale eiwitlengte (standaard: 100)
-G genetische code (standaard: universeel; zie PerlDoc; opties: Euplotes, Tetrahymena, Candida, Acetabularia)
-S strengspecifiek (analyseert alleen bovenste streng)
Genetisch Codes
Zienhttp://golgi.harvard.edu/biolinks/gencode.html>. Deze worden momenteel ondersteund:
universeel (standaard)
Euploten
Tetrahymena
Candida
Acetabularia
Mitochondriaal-canoniek
Mitochondriaal-gewervelde dieren
Mitochondriaal-geleedpotigen
Mitochondriaal-stekelhuidigen
Mitochondriale weekdieren
Mitochondriaal-Ascidianen
Mitochondriale nematoden
Mitochondriale-Platyhelminten
Mitochondriale gisten
Mitochondriaal-Euascomyceten
Mitochondriaal-protozoën
2015-12-28 TRANSDECODER.LONGORFS(1)
Gebruik TransDecoder.LongOrfs online met behulp van onworks.net-services
