Dit is de Linux-app genaamd CPAT waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als prebuilt_models.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam CPAT gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
CPAT
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
Met behulp van RNA-seq zijn tienduizenden nieuwe transcripten en isovormen geïdentificeerd (Djebali, et al. Nature, 2012; Carbili et al., Gene & Development, 2011). De ontdekking van deze verborgen transcriptoom verjongt de noodzaak om coderend en niet-coderend RNA te onderscheiden . De meeste eerdere voorspellingsmethoden voor coderingspotentieel zijn echter sterk afhankelijk van uitlijning, ofwel paarsgewijze uitlijning om te zoeken naar eiwitbewijs of meerdere uitlijningen om de fylogenetische behoudsscore te berekenen (zoals CPC , PhyloCSF en RNACode ). Dit komt omdat de meeste eerder geïdentificeerde transcripten, waaronder eiwitcoderend RNA en korte, huishoudelijke / regulerende RNA's zoals snRNA's, snoRNA en tRNA, sterk geconserveerd zijn. Hoewel ze nog steeds erg nuttig zijn, hebben deze benaderingen verschillende beperkingen:
De meeste lncRNA's zijn minder geconserveerd en hebben de neiging afstammingsspecifiek te zijn, wat het onderscheidend vermogen van op afstemming gebaseerde methoden aanzienlijk beperkt. Van de 550 lncRNA's die bij zebravissen werden gedetecteerd, hadden er bijvoorbeeld slechts 29 een detecteerbare sequentie
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Webgebaseerd, opdrachtregel
Programmeertaal
Python
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/rna-cpat/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
