Dit is de Linux-app met de naam IPGWAS waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als ipgwas3.0.5.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik deze app genaamd IPGWAS met OnWorks gratis online.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
IPGWAS
PRODUCTBESCHRIJVING
Geïntegreerde pijpleiding voor genoombrede associatiestudiesKenmerken
- genoombrede associatiestudie (GWAS)
- kwaliteitscontrole (qc)
- Manhattan-plot en QQ-plot
- Cochran-Armitage trendtest, Associatietest
- combineer GWAS-gegevensset, splits GWAS-gegevens op chromosoom
- Converteer EIGENSTRAT-uitvoer chi-kwadraat naar p-waarde
- Converteer MACH-imputatie-uitvoer naar PED/MAP-formaat en SNPTEST-formaat
- Converteer PED/MAP-bestanden naar het standaard invoerformaat PHASE en BEAGLE
- Converteer PLINK- en SNPTEST-bestanden naar GWAMA-indeling
- P-waardecalculator (Chi-kwadraattest, Cochran-Armitage-trendtest en Fisher's exact-test)
- De affectiestatus van GWAS-gegevens wijzigen
- filt Onderwerpen van GWAS-gegevens op affectiestatus (geval/controle) en/of geslacht (man/vrouw)
- GUI voor PLINK, SNP-ratio Test
- filter singleton significante SNP's
- eigPlot (plot het eigenstrat-resultaat)
- Converteer PED/MAP-bestanden naar het standaard invoerformaat van MACH en IMPUTE2
- Converteer IMPUTE2-imputatie-uitvoer naar TPED/TFAM (PLINK)-formaat
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/ipgwas/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
