Dit is de Linux-app met de naam miRDP2 om online in Linux te draaien, waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als miRDP2-v1.1.4.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik deze app met de naam miRDP2 om gratis online in Linux te draaien met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
miRDP2 om online in Linux te draaien
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
miRDeep-P2 (miRDP2) is ontwikkeld om microRNA's (miRNA's) transcriptoom in planten nauwkeurig en snel te analyseren. Het is overgenomen van miRDeep-P (miRDP) met nieuwe strategieën en gereviseerd algoritme. We hebben miRDP2 getest om miRNA-transcriptomen te analyseren in planten met een geleidelijk toegenomen genoomgrootte zoals Arabidopsis, rijst, tomaat, maïs en tarwe. Vergeleken met miRDeep-P en verschillende andere rekentools, verwerkte miRDP2 NGS-gegevens met superieure snelheid. Door nieuw bijgewerkte miRNA-annotatiecriteria voor planten op te nemen, is de nauwkeurigheid van miRDP2 ook aanzienlijk verbeterd. Onze resultaten tonen miRDP2 aan als een snel en nauwkeurig hulpmiddel voor het analyseren van het miRNA-transcriptoom in planten.Referentie: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty972
Kenmerken
- klein RNA
- microRNA (miRNA)
- Volgende generatie sequencing (NGS)
- Perl
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Perl
Database-omgeving
Perl-DBI/DBD
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/mirdp2/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
