Dit is de Linux-app genaamd PASHA: Parallelized Short Read Assembly waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als Pasha-1.0.10.tar.bz2. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd PASHA: Parallelized Short Read Assembly met OnWorks gratis online uit.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
PASHA: Geparalleliseerde Short Read Assembly
BESCHRIJVING:
PASHA is een parallelle short read-assembler voor grote genomen met behulp van de Bruijn-grafieken. Door gebruik te maken van zowel multi-core CPU's met gedeeld geheugen als rekenclusters met gedistribueerd geheugen, heeft PASHA zijn potentieel aangetoond om in redelijke tijd en met bescheiden computerbronnen hoogwaardige de-novo-assemblage van grote genomen uit te voeren. Onze evaluatie met behulp van drie kleine echte gepaarde datasets laat zien dat PASHA in staat is om betere assemblages te produceren met vergelijkbare genoomdekking en mis-assemblagepercentages in vergelijking met drie toonaangevende assemblers: Velvet, ABySS en SOAPdenovo. Bovendien behaalt PASHA de hoogste snelheid voor alle drie datasets op een enkele CPU. Voor het menselijk genoom bereikt PASHA een concurrerende assemblagekwaliteit met ABySS en kan de assemblage in ongeveer 21 uur voltooien, wat ongeveer 2.38 × sneller is dan ABySS op dezelfde hardwareconfiguraties.
Gebruikersinterface
Console/terminal
Programmeertaal
C + +
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/pasha/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.