Dit is de Linux-app met de naam QUASR die online in Linux moet worden uitgevoerd en waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als QUASR_v7.01.tar. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam QUASR online uit om gratis online in Linux te draaien met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
QUASR om online onder Linux te draaien
PRODUCTBESCHRIJVING
QUASR is een lichtgewicht pijplijn die is geschreven voor het verwerken en analyseren van next-generation sequencing (NGS)-gegevens van Illumina-, 454- en Ion Torrent-platforms. Hoewel oorspronkelijk geschreven voor virale data, is het generiek genoeg om op elke NGS-dataset te werken. Functies omvatten:dubbele verwijdering
demultiplexen
primer-verwijdering
grafieken voor kwaliteitsborging (QA).
kwaliteitscontrole (QC)
consensus-generatie
bepaling van minderheidsvarianten
grafieken met minderheidsvarianten
De belangrijkste huidige versie is 6.X, geschreven in Python3. 7.X is mijn herschrijving in Java, maar er wordt nog aan gewerkt. Beide zijn geschreven om zo licht mogelijk te zijn, zodat ze met minimale geheugenvereisten kunnen worden uitgevoerd op een desktop of laptop, maar ook op een computercluster.
Als u problemen heeft met QUASR, neem dan contact met mij op via het e-mailadres dat vermeld staat in de README.
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Programmeertaal
Python
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/quasr/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
