Dit is de Linux-app genaamd qure waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als QuRe_v0.99971.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik deze app met de naam qure gratis online met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
vraag
PRODUCTBESCHRIJVING
QuRe is een programma voor reconstructie van virale quasispecies, speciaal ontwikkeld om langgelezen (>100 bp) NGS-gegevens te analyseren. De software voert uitlijningen uit van sequentiefragmenten tegen een referentiegenoom, vindt een optimale verdeling van het genoom in glijdende vensters op basis van dekking en diversiteit en probeert alle individuele sequenties van de virale quasispecies te reconstrueren - samen met hun prevalentie - met behulp van een heuristiek algoritme, dat overeenkomt met multinomiale distributies van verschillende virale varianten die over de genoomdivisie overlappen. QuRe wordt geleverd met een ingebouwde Poisson-foutcorrectiemethode en een probabilistische clustering na reconstructie, beide geparametriseerd op gegeven foutenpercentages in homopolymere en niet-homopolymere regio's.Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/qure/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
