Dit is de Windows-app genaamd misc genomics tools waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als misc_genomics_tools_v0.2.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam misc genomics tools gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start een OS OnWorks online emulator vanaf deze website, maar een betere Windows online emulator.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Windows-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie en installeer deze.
- 7. Download Wine van de softwarebronnen voor Linux-distributies. Eenmaal geïnstalleerd, kunt u vervolgens dubbelklikken op de app om ze met Wine uit te voeren. Je kunt ook PlayOnLinux proberen, een mooie interface via Wine waarmee je populaire Windows-programma's en -games kunt installeren.
Wine is een manier om Windows-software op Linux uit te voeren, maar zonder dat Windows vereist is. Wine is een open-source Windows-compatibiliteitslaag die Windows-programma's rechtstreeks op elke Linux-desktop kan uitvoeren. In wezen probeert Wine genoeg van Windows opnieuw te implementeren, zodat het al die Windows-applicaties kan draaien zonder Windows echt nodig te hebben.
SCREENSHOTS
Ad
diverse genomics-tools
PRODUCTBESCHRIJVING
Dit is een verzameling van verschillende programma's die zijn ontwikkeld in de loop van een genomics-project, waarbij de Pseudomonas-stam NCIMB10586 betrokken is
Deze omvatten
* het identificeren en corrigeren van fouten in een (bijv.) pacbio-genoomsequentie met behulp van illumina-reads
* prokaryotische sequentie/genoomannotatie
* RNAseq-analyse - normalisatie en verzameling van meerdere monsters als een groep
* RNAseq-visualisatie
Alle scripts worden geleverd op basis van 'beste inspanningen', maar vanwege verschillende systeemwijzigingen kan ik niet garanderen dat alle bestanden de versie zijn die in de analyse is gebruikt.
Houd er ook rekening mee dat deze in hoge mate zijn ontwikkeld met het oog op doelmatigheid - dat wil zeggen dat het proces naar verwachting eenmaal in zijn definitieve vorm zou worden uitgevoerd; er is weinig aandacht besteed aan het optimaliseren van de runtime of het aan elkaar koppelen van scripts, en soms worden externe bronnen handmatig benaderd.
Kenmerken
- Foutcorrectie van de genoomsequentie
- Annotatie van prokaryote reeksen
- RNAseq-normalisatie van meerdere monsters als een groep
- RNAseq-voorbeeldreeksen/tijdsverloopvisualisatie
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Perl
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/misc-genomics-tools/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
