bp_hivqp - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

bp_hivq.PL - interaktywny interfejs wiersza poleceń do Bio::DB::HIV i
Bio::DB::Zapytanie::HIVQuery

STRESZCZENIE

$ perl bp_hivq.PL
hivq> zapytanie C[podtyp] SI[fenotyp]
hivq> przed uruchomieniem
Zwrócono 80 sekwencji
Zapytanie: C[podtyp] SI[fenotyp]
hivq> plik wyjściowy csi.fas
hivq> biegnij
Pobieranie zakończone.
hivq> plik wyjściowy dsi.fas
hivq> run D[podtyp] SI[fenotyp]
Pobieranie zakończone.
hivq> liczyć
Zwrócono 25 sekwencji
Zapytanie: D[podtyp] SI[fenotyp]
hivq> wyjdź
$

OPIS

Moduły BioPerl Bio::DB::HIV i Bio::DB::Query::HIVQuery razem umożliwiają zapytania wsadowe
z bazą danych sekwencji HIV Los Alamos National Laboratories za pomocą prostego zapytania
język. „bp_hivq.PL” zawiera zarówno przykład wykorzystania tych modułów, jak i a
samodzielny, interaktywny interfejs wiersza poleceń do LANL HIV DB. Proste polecenia pozwalają
użytkownikowi możliwość pobrania sekwencji wirusa HIV i adnotacji przy użyciu języka zapytań zaimplementowanego w
Bio::DB::Query::HIVQuery. Odwiedź strony podręcznika dla tych modułów, aby uzyskać więcej szczegółów.

ZASTOSOWANIE

Uruchom skrypt, używając „perl bp_hivq.PL” lub, w systemie Unix, „./bp_hivq.PL”. Zobaczysz

hivq>

podpowiedź. Wpisz polecenia z zapytaniami, aby pobrać dane sekwencji i adnotacji. Zobacz
STRESZCZENIE przykładowej sesji. Dostępne polecenia opisano poniżej.

PORADY
Baza danych LANL jest dość złożona i obszerna. Użyj funkcji „znajdź”, aby eksplorować
dostępne tabele i pola bazy danych. Aby zidentyfikować aliasy dla określonego pola, użyj
„znajdź alias [nazwa pola]”. Na przykład, aby znaleźć krótki alias do dziwnie nazwanego pola
„seq_sample.ssam_sekundowy_receptor”, wykonaj

hivq> znajdź alias seq_sample.ssam_drugi_receptor

który powraca

koreceptor drugi_receptor

Teraz zamiast następującego zapytania

hivq> uruchom C[podtyp] CCR5[seq_sample.ssam_sekundowy_receptor]

wiesz, że możesz zrobić

hivq> uruchom C[podtyp] CCR5[koreceptor]

Użyj polecenia „outfile”, aby ustawić plik, który otrzyma pobrane sekwencje. Możesz
zmienić bieżący plik wyjściowy, po prostu wydając nowe polecenie „outfile” podczas
sesja. Domyślnym plikiem wyjściowym jest standardowe wyjście.

Użyj polecenia „query”, aby sprawdzić poprawność zapytania bez uderzania w bazę danych. Użyj „wstępnego uruchomienia”
lub polecenia „count”, aby uzyskać liczbę trafień w sekwencji dla zapytania bez pobierania pliku
dane. Użyj „uruchom” lub „do”, aby wykonać pełne zapytanie, pobierając dane sekwencji do
aktualnie ustawione pliki wyjściowe.

Aby przetwarzać polecenia „bp_hivq.PL” wsadowo, utwórz plik tekstowy (na przykład „bp_hivq.cmd”)
zawierający żądane polecenia, po jednym w wierszu. Następnie wykonaj następujące czynności z powłoki:

$ kot bp_hivq.cmd | perl bp_hivq.PL

POLECENIA

Oto pełna lista poleceń. Opcje w nawiasach pojedynczych („[req_option]”) to:
wymagany; opcje w podwójnych nawiasach („[[opt_option]]”) są opcjonalne.

potwierdź: Przełącz interaktywne potwierdzenie wcześniej
wykonywanie zapytań
wyjście: Zakończ skrypt
find : Przeglądaj schemat bazy danych
znajdź tabele Wyświetl wszystkie tabele bazy danych
znajdź pola Wyświetl wszystkie pola (kolumny) bazy danych
znajdź pola [tabela] Wyświetl wszystkie pola w [tabela]
znajdź alias [pole] Wyświetl prawidłowe aliasy dla [pole]
pomoc [[polecenie]]: Wyświetla pomoc dotyczącą polecenia
jeśli nie określono [[polecenie]], wypisz wszystkie
dostępne polecenia
id: Wyświetla identyfikator bieżącej sesji
outfile [nazwa pliku]: Ustaw plik do gromadzenia pobranych danych
ping: Sprawdź, czy baza danych LANL jest dostępna
prerun [[query]]: Wykonaj zapytanie, ale pobierz tylko liczbę trafień
jeśli nie określono [[zapytanie]], użyj bieżącego zapytania
zapytanie [zapytanie] : Sprawdź i ustaw bieżące zapytanie
run [[query]]: Wykonaj zapytanie i pobierz dane
jeśli nie określono [[zapytanie]], użyj bieżącego zapytania
stan: Wyświetla bieżący stan skryptu

pa: Alias ​​dla „wyjścia”
config: Alias ​​dla „stanu”
count: Alias ​​dla „prerun”
do: Alias ​​dla „uruchom”
out: Alias ​​dla „pliku wyjściowego”
Quit: Alias ​​dla „wyjścia”

OPCJE

-v: pełne; włącza wewnętrzną funkcję debug().

INFORMACJE ZWROTNE

Mailing wykazy
Informacje zwrotne od użytkowników są integralną częścią ewolucji tego i innych modułów Bioperl. Wysłać
swoje uwagi i sugestie najlepiej na listę mailingową Bioperl. Twój udział
jest bardzo doceniane.

[email chroniony] - Ogólna dyskusja
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - O listach mailingowych

Raportowanie Błędy
Zgłaszaj błędy do systemu śledzenia błędów Bioperl, aby pomóc nam śledzić błędy i ich
Rezolucja. Zgłoszenia błędów można przesyłać przez Internet:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

AUTOR - Mark A. Jensen

Marka A. Jensena[email chroniony]>

Korzystaj z bp_hivqp online, korzystając z usług onworks.net