Jest to polecenie bp_pairwise_kaksp, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bp_pairwise_kaks - skrypt obliczający parami Ka,Ks dla zbioru ciągów
STRESZCZENIE
bp_pairwise_kaks.PLS -it/data/worm_fam_2785.cdna [-f fasta/genbank/embl...] [-msa
tcoffee/clustal] [-kaks yn00/codeml]
OPIS
Ten skrypt pobierze jako dane wejściowe zweryfikowany zestaw danych sekwencji cDNA
aby nie zawierały kodonów stop, należy je ustawić w przestrzeni białek,
rzutuj dopasowanie z powrotem na cDNA i oszacuj Ka
podstawienia (niesynonimiczne) i Ks (synonimiczne) w oparciu o ML
metoda Yang z pakietem PAML.
wymaga:
* pakiet bioperl-run
* Kod programu PAML lub yn00
* Wiele programów dopasowujących sekwencje Clustalw OR T-Coffee
Często istnieją określone parametry, które chcesz uruchomić, kiedy
a obliczanie współczynników Ka/Ks, więc potraktuj ten skrypt jako punkt wyjścia i
nie polegaj na nim w każdej sytuacji.
INFORMACJE ZWROTNE
Mailing wykazy
Informacje zwrotne od użytkowników są integralną częścią ewolucji tego i innych modułów Bioperl. Wysłać
swoje uwagi i sugestie najlepiej na listę mailingową Bioperl. Twój udział
jest bardzo doceniane.
bioperl-l@bioperl.org - Ogólna dyskusja
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - O listach mailingowych
Raportowanie Błędy
Zgłaszaj błędy do systemu śledzenia błędów Bioperl, aby pomóc nam śledzić błędy i ich
Rezolucja. Zgłoszenia błędów można przesyłać przez Internet:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
Korzystaj z bp_pairwise_kaksp online, korzystając z usług onworks.net