Jest to polecenie rdp_classifier, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
rdp_classifier - przypisanie taksonomiczne z sekwencjonowania nowej generacji
STOSOWANIE:
klasyfikator rdp [-F ] [-G ] [-o ] [-Q ] [-T ] [-w ]
OPIS
Klasyfikator RDP jest nawym klasyfikatorem bayesowskim, który może szybko i dokładnie zapewnić
przypisania taksonomiczne z domeny do rodzaju, z szacunkami ufności dla każdego przypisania.
-f,--format
format wyjściowy rozdzielany wszystkimi tabulatorami: [allrank|fixrank|db]. Wartość domyślna to allrank.
allrank: wyświetla wyniki dla wszystkich rang zastosowanych dla każdej sekwencji: seqname,
orientacja, nazwa taksonu, ranga, konf, ... fixrank: wyświetla tylko wyniki dla
ustalone rangi w kolejności: dziedzina, typ, klasa, rząd, rodzina, rodzaj db: wyprowadza
nazwa_sekcji, nr_zestawu, identyfikator_podatkowy, konf. Jest to dobre do przechowywania w bazie danych
-g,--gen
16srrna|fungallsu, domyślny model szkoleniowy dla genów 16S rRNA lub Fungal LSU.
Ta opcja zostanie nadpisana przez --pociąg_propplik opcja
-o,--plik wyjściowy
nazwa pliku wyjściowego do przypisania klasyfikacji
-q,--plik zapytania
plik zapytania zawiera sekwencje w jednym z następujących formatów: Fasta, Genbank i
EMBL
-t,--train_propfile
określ plik właściwości zawierający mapowanie plików szkoleniowych, jeśli są one zlokalizowane
poza danymi/klasyfikatorem/. Uwaga: pliki szkoleniowe i plik właściwości powinny
znajdować się w tym samym katalogu. Domyślny plik właściwości jest ustawiony na
data/klasyfikator/16srrna/rRNAClassifier.properties.
-w,--minSłowa
minimalna liczba słów dla każdej próby ładowania początkowego, wartość domyślna to 1/8 słów.
Minimalna liczba to 5
Użyj rdp_classifier online, korzystając z usług onworks.net
