restrykcyjne - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

restrykcyjne - Podaj miejsca rozszczepienia enzymu restrykcyjnego w sekwencji nukleotydowej

STRESZCZENIE

ograniczać -sekwencja następna -plik danych plik danych -mplik plik danych -sitelen liczba całkowita
-enzymy ciąg - min liczba całkowita -maks. liczba całkowita -fragment solowy boolean -pojedynczy boolean
-tępy boolean -lepki boolean -niejasność boolean -plazmid boolean
-metylacja boolean -Reklama w telewizji boolean -limit boolean -alfabetyczny boolean
-paprochy boolean -Nazwa boolean -plik wyjściowy raport

ograniczać -Pomoc

OPIS

ograniczać to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest częścią grupy poleceń „Nucleic:Restriction”.

OPCJE

Wkład Sekcja
-sekwencja następna

-plik danych plik danych

-mplik plik danych
Wartość domyślna: Emethylsites.dat

Wymagane Sekcja
-sitelen liczba całkowita
To ustawia minimalną długość miejsca rozpoznawanego przez enzym restrykcyjny. Wszelkie enzymy
z witrynami krótszymi niż ten zostanie zignorowany. Wartość domyślna: 4

-enzymy ciąg
Nazwa „all” wczytuje wszystkie nazwy enzymów z bazy danych REBASE. Możesz określić
enzymy, podając ich nazwy oddzielone przecinkami, na przykład:
'HincII,hinfI,ppiI,hindiii'. Wielkość liter nie ma znaczenia. Możesz określić
plik z nazwami enzymów do wczytania podając nazwę pliku zawierającego enzym
nazwy poprzedzone znakiem „@”, na przykład „@enz.list”. Puste linie i
wiersze zaczynające się od znaku krzyżyka lub znaku „!” są ignorowane, a wszystkie pozostałe linie są ignorowane
połączone ze znakiem przecinka „,” a następnie traktowane jako lista
enzymy do wyszukania. Przykładem zbioru nazw enzymów jest: ! moje enzymy HincII,
ppII! inne enzymy hindiii HinfI PpiI Wartość domyślna: all

Zaawansowany Sekcja
- min liczba całkowita
To ustawia minimalną liczbę cięć dla każdego enzymu restrykcyjnego, który będzie
uważany za. Wszelkie enzymy, które tną mniej razy, zostaną zignorowane. Domyślna wartość:
1

-maks. liczba całkowita
To ustawia maksymalną liczbę cięć dla dowolnego enzymu restrykcyjnego, który będzie
uważany za. Wszelkie enzymy, które tną więcej razy, zostaną zignorowane. Domyślna wartość:
2000000000

-fragment solowy boolean
Daje to długości fragmentów nici sensownej do przodu wytwarzanej przez kompletną
ograniczenie przez każdy enzym restrykcyjny z osobna. Wyniki są dodawane do ogona
część raportu. Wartość domyślna: N

-pojedynczy boolean
Jeśli jest to ustawione, wymusza to wartości kwalifikatorów mincuts i maxcuts
oba będą równe 1. Każda inna wartość, którą mogłeś je ustawić, zostanie zignorowana. Wartość domyślna: N

-tępy boolean
Pozwala to tym enzymom, które tną w tej samej pozycji w przód iw tył
wątki do rozważenia. Wartość domyślna: T

-lepki boolean
Pozwala to tym enzymom, które tną w różnych pozycjach do przodu i do tyłu
pasma, pozostawiając nawis, który należy wziąć pod uwagę. Wartość domyślna: T

-niejasność boolean
Pozwala to tym enzymom, które mają jeden lub więcej kodów niejednoznaczności „N” w swoim wzorze
do rozważenia Wartość domyślna: Y

-plazmid boolean
Jeśli ta opcja jest ustawiona, umożliwia to wyszukiwanie miejsca rozpoznawanego przez enzym restrykcyjny i
pozycje cięcia, które obejmują koniec sekwencji, które mają być brane pod uwagę. Wartość domyślna: N

-metylacja boolean
Jeśli to jest ustawione, miejsca rozpoznawania RE nie będą pasować do zasad metylowanych. Domyślny
wartość: N

-Reklama w telewizji boolean
Jeśli ta opcja jest ustawiona, wyszukiwane będą tylko te enzymy, które mają dostawcę komercyjnego
Do. Ten kwalifikator jest ignorowany, jeśli określono jawną listę enzymów
szukaj zamiast przeszukiwać „wszystkie” enzymy w bazie danych REBASE. To
zakłada się, że jeśli prosisz o wyraźny enzym, to prawdopodobnie wiesz
skąd to wziąć, a więc wszystkie nazwy enzymów, o które prosiłeś, aby je wyszukać,
i które cięcie, zostaną zgłoszone bez względu na to, czy mają dostawcę komercyjnego.
Wartość domyślna: Y

Wydajność Sekcja
-limit boolean
Ogranicza to zgłaszanie enzymów do tylko jednego enzymu z każdej grupy
izoschizomery. Prototypem jest enzym wybrany do reprezentowania grupy izoschizomerów
wskazane w pliku danych „embossre.equ”, który jest tworzony przez program
„rebaseextract”. Jeśli wolisz używać różnych prototypów, wykonaj kopię
embossre.equ w swoim katalogu domowym i edytuj go. Jeśli ta wartość jest ustawiona na false, to
wszystkie wprowadzone enzymy zostaną zgłoszone. Możesz chcieć ustawić to na false, jeśli ty
dostarczają wyraźny zestaw enzymów zamiast przeszukiwać „wszystkie”. Domyślny
wartość: T

-alfabetyczny boolean
Wartość domyślna: N

-paprochy boolean
Daje to długości fragmentów nici sensownej do przodu wytwarzanej przez kompletną
ograniczenie przy użyciu wszystkich wejściowych enzymów razem. Wyniki są dodawane do ogona
część raportu. Wartość domyślna: N

-Nazwa boolean
Wartość domyślna: N

-plik wyjściowy raport

Korzystaj z ograniczeń online, korzystając z usług onworks.net