To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie TomoJ, której najnowszą wersję można pobrać jako TomoJ_Applications-2.8.1-jar-with-dependents.jar. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie TomoJ z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
TomoJ
Ad
OPIS
TomoJ to wtyczka ImageJ do rekonstrukcji tomograficznej.
Został zaprojektowany do tomografii elektronowej, jednak każda akwizycja z wiązką równoległą powinna działać.
TomoJ proponuje wstępne przetwarzanie i rejestrację serii pochyleń przed rekonstrukcjami 3D (WBP, ART, SIRT, OS-SART, kompresja wykrywania).
TomoJ jest napisany w Javie, obliczenia są wielowątkowe, a rekonstrukcję można wykonać na CPU lub GPU (OpenCL).
rejestracja jest opisana w:
Journal of Structural Biology: X. 2020, tom 4. „Ulepszenia wyrównania obrazów bez znaczników dla tomografii elektronowej” COS Sorzano i in. https://doi.org/10.1016/j.yjsbx.2020.100037.
BMC Bioinformatyka. 2009 kwi 27;10:124. „Rejestracja obrazu bez znaczników serii pochylenia tomografii elektronowej”. COS Sorzano i in.
część rekonstrukcyjna została opisana w:
BMC Bioinformatyka. 2007 sierpnia 6; 8:288. „TomoJ: oprogramowanie tomograficzne do trójwymiarowej rekonstrukcji w transmisyjnej mikroskopii elektronowej”. Messaoudi C i in.
Zakładka Charakterystyka
- tomografia
- ObrazJ
- Wyrównanie serii pochylenia
- rekonstrukcja 3D
- WBP
- ART
- SIRT
- skompresowane wykrywanie
Interfejs użytkownika
Huśtawka Java
Język programowania
Java, OpenCL
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/tomoj/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
