Este é o comando gt-speck que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gt-speck - Verifica a conformidade da definição de especificações na entrada GFF3.
SINOPSE
gt cisco [opções] [GFF3_file ...]
DESCRIÇÃO
-specfile [nome do arquivo]
arquivo com definição de especificação (padrão: indefinido)
-colori [sim | não]
mostrar saída colorida (padrão: sim)
-fornecer índice [sim | não]
fornece índice de recursos no namespace specfile (requer memória O (n) para n entrada
recursos) (padrão: não)
-ordenar [sim | não]
classificar a entrada antes de verificar (requer memória O (n) para n recursos de entrada) (padrão: não)
-falha [sim | não]
interromper o processamento e relatar erros de tempo de execução em vez de registrá-los nos resultados
(padrão: não)
-saída [corda]
formato de saída escolher entre: json, texto, html, statsonly (padrão: texto)
-typecheck [corda]
use uma ontologia fornecida em um arquivo OBO para validar relacionamentos pai-filho. Se não
o argumento é fornecido, o arquivo sofa.obo do diretório gtdata / obo_files é usado. Se
um argumento é fornecido, ele é usado como um nome de arquivo OBO. No caso de tal arquivo
não existe .obo é adicionado ao argumento e carregando o nome do arquivo resultante do
O diretório gtdata / obo_files foi tentado. (padrão: então)
-seqfile [nome do arquivo]
definir o arquivo de sequência de onde tirar as sequências (padrão: indefinido)
-encseq [nome do arquivo]
definir o nome do índice da sequência codificada a partir do qual tirar as sequências (padrão:
Indefinido)
-seqfiles
definir os arquivos de sequência dos quais extrair os recursos de uso -- para encerrar a lista
de arquivos de sequência
-matchdesc [sim | não]
pesquisar as descrições de sequência dos arquivos de entrada para os IDs de sequência desejados (em
GFF3), relatando a primeira correspondência (padrão: não)
-matchdescstart [sim | não]
correspondem exatamente às descrições da sequência dos arquivos de entrada para a sequência desejada
IDs (em GFF3) do início ao primeiro espaço em branco (padrão: não)
-usedesc [sim | não]
usar descrições de sequência para mapear os IDs de sequência (em GFF3) para a sequência real
entradas. Se uma descrição contiver um intervalo de sequência (por exemplo, III: 1000001..2000000), o
a primeira parte é usada como ID de sequência (III) e a posição da primeira faixa como deslocamento
(1000001) (padrão: não)
-mapeamento da região [corda]
definir arquivo contendo região de sequência para mapeamento de arquivo de sequência (padrão: indefinido)
-o [nome do arquivo]
redirecionar a saída para o arquivo especificado (padrão: indefinido)
-gzip [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado gzip (padrão: não)
-bzip2 [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado bzip2 (padrão: não)
-força [sim | não]
forçar a gravação no arquivo de saída (padrão: não)
-v [sim | não]
ser prolixo (padrão: não)
-Socorro
exibir ajuda e sair
-versão
exibir informações de versão e sair
RELATÓRIOS INSETOS
Reportar bugs para[email protegido]>.
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