pymvpa2-preproc – On-line na nuvem

PROGRAMA:

NOME

pymvpa2-preproc – aplica etapas de pré-processamento a um conjunto de dados PyMVPA

SINOPSE

pymvpa2 pré-procedimento [--versão] [-h] -i CONJUNTO DE DADOS [CONJUNTO DE DADOS ...] [- pedaços CHUNKS_ATTR] [--faixa-
características invariantes] [--poli-detrend DEG] [--detrend-chunks CHUNKS_ATTR] [--detrend-coords
COORDS_ATTR] [--detrend-regrs ATTR [ATTR ...]] [--filter-passband frequencia [frequencia ...]]
[--filter-stopband frequencia [frequencia ...]] [--taxa de amostragem frequencia] [--filter-passloss dB]
[--filter-stopatenuação dB] [--zscore] [--zscore-pedaços CHUNKS_ATTR] [--zscore-params
PARAM PARAM] -o SAÍDA [- compressão hdf5 TIPO]

DESCRIÇÃO

Pré-processe um conjunto de dados PyMVPA.

Este comando pode aplicar diversas etapas de pré-processamento a um conjunto de dados. Atualmente suportado
e guarante que os mesmos estão

1. Destendência polinomial

2. Filtragem espectral

3. Pontuação Z em termos de recursos

Todas as etapas de pré-processamento são aplicadas na ordem acima. Se for necessária uma ordem diferente,
o pré-processamento deve ser dividido em duas chamadas de comando separadas.

DES-TENDÊNCIA POLINÔMICA

Este tipo de redução de tendência pode ser usado para regredir sinais arbitrários. Além de
polinômios de qualquer grau, cursos de tempo arbitrários armazenados como atributos de amostra em um conjunto de dados
podem ser usados ​​​​como regressores de confusão. Esta funcionalidade de detenção é, em contraste com a
implementação de filtragem espectral, também aplicável a dados de amostragem esparsa com
intervalos entre amostras potencialmente irregulares.

FILTRAGEM ESPECTRAL

São fornecidas várias opções usadas para construir um Butterworth de baixo, alto ou
filtro passa-faixa. É aconselhável inspecionar cuidadosamente os dados filtrados, pois são inadequados.
configurações de filtro podem levar a efeitos colaterais não intencionais. Apenas conjunto de dados com amostragem fixa
taxa são suportadas. A taxa de amostragem deve ser fornecida.

OPÇÕES

--versão
mostrar a versão do programa e as informações da licença e sair

-h, --Socorro, --help-np
mostre esta mensagem de ajuda e saia. --help-np desativa à força o uso de um pager
para exibir a ajuda.

-i CONJUNTO DE DADOS [CONJUNTO DE DADOS ...], --entrada CONJUNTO DE DADOS [CONJUNTO DE DADOS ...]
caminho (s) para um ou mais arquivos de conjunto de dados PyMVPA. Todos os conjuntos de dados serão mesclados em um
conjunto de dados único (vstack'ed) na ordem de especificação. Em alguns casos, esta opção pode
precisa ser especificado mais de uma vez se vários, mas separados, conjuntos de dados de entrada são
necessário.

comum opções for todos os pré-processando:
- pedaços CHUNKS_ATTR
opção de atalho para ativar o processamento uniforme e uniforme para todos os relevantes
etapas de pré-processamento (veja --zscore-pedaços, --detrend-chunks). Este cenário global
pode ser substituído especificando adicionalmente o "bloco" individual correspondente
opções.

--strip-invariant-features
Depois que todas as etapas de pré-processamento forem concluídas, retire todos os recursos invariantes do
conjunto de dados.

Opções for dados, diminuindo a tendência:
--poli-detrend DEG
Ordem do polinômio de Legendre a ser removido dos dados. Isso removerá todos
polinômio até e incluindo o valor fornecido. Por exemplo, 3 removerá 0,
Polinômios de 1ª, 2ª e 3ª ordem dos dados. np.B.: O 0º polinômio é o
mudança da linha de base, o primeiro é a tendência linear. Se você especificar um único int e o
O parâmetro `chunks_attr` não é Nenhum, então este valor é usado para cada pedaço. Você
também pode especificar um valor polyord diferente para cada pedaço, fornecendo uma lista ou
ndarray de valores polyord com comprimento igual ao número de pedaços.
Restrições: o valor deve ser conversível para o tipo 'int'. [Padrão: 1]

--detrend-chunks CHUNKS_ATTR
Se Nenhum, todo o conjunto de dados será eliminado de uma só vez. Caso contrário, as amostras fornecidas
atributo (dado por seu nome) é usado para definir partes do conjunto de dados que são
processados ​​individualmente. Nesse caso, todas as amostras dentro de um pedaço devem estar em
ordem contígua e os pedaços devem ser classificados em ordem de menor para maior --
a menos que o conjunto de dados forneça informações sobre a coordenada de cada amostra no
o espaço que deve ser gerado são os polinômios (veja o argumento `space`).
Restrições: o valor deve ser `None` ou o valor deve ser uma string. [Padrão: Nenhum]

--detrend-coords COORDS_ATTR
nome de um atributo de amostras que é adicionado ao conjunto de dados pré-processado que armazena o
coordenadas de cada amostra no espaço medido pelos polinômios. Se um atributo
desse nome já está presente no conjunto de dados, seus valores são interpretados como amostra
coordenadas no espaço medido pelos polinômios. Isso pode ser usado para diminuir a tendência
conjuntos de dados com espaçamento irregular entre amostras.

--detrend-regrs ATTR [ATTR...]
Lista de nomes de atributos de amostra que devem ser usados ​​como regressores adicionais. Um
Um exemplo de uso seria regredir os parâmetros de movimento. Restrições: o valor deve ser
`None` ou o valor deve ser conversível em list(str). [Padrão: Nenhum]

Opções for espectral filtragem:
--filter-passband FREQ [FREQ...]
frequências críticas da banda passante de um filtro Butterworth. Frequências críticas precisam
para corresponder à unidade da taxa de amostragem especificada (consulte: --taxa de amostragem) No caso de
um filtro passa-banda, cortes de baixa e alta frequência precisam ser especificados (neste
ordem). Para filtros passa-baixa e passa-alta, deve ser fornecida uma frequência de corte única.
O tipo de filtro (passa-baixa/alta) é determinado a partir da relação com a banda de parada
frequência (--filter-stopband).

--filter-stopband FREQ [FREQ...]
Configuração analógica para --filter-passband para especificar a banda de parada do filtro.

--taxa de amostragem frequencia
taxa de amostragem do conjunto de dados. Todas as especificações de frequência precisam corresponder à unidade
da taxa de amostragem.

--filter-passloss dB
perda máxima na banda passante (dB). Padrão: 1dB

--filter-stopatenuação dB
atenuação mínima na banda de parada (dB). Padrão: 30 dB

Opções for dados, normalização:
--zscore
realizar a normalização de recursos por pontuação Z.

--zscore-pedaços CHUNKS_ATTR
nome de um atributo de amostra do conjunto de dados que define pedaços de amostras que devem ser
Pontuação Z de forma independente. Por padrão, nenhuma normalização em partes é feita.

--zscore-params PARAM PARAM
definir um conjunto de parâmetros fixo (média, padrão) para pontuação Z, em vez de calcular a partir
dados reais.

saída opções:
-o SAÍDA, --resultado SAÍDA
nome do arquivo de saída (a extensão '.hdf5' é adicionada automaticamente, se necessário). Note o
formato de saída é adequado para troca de dados entre comandos PyMVPA, mas não é
recomendado para armazenamento ou troca de longo prazo, pois seu conteúdo específico pode variar
dependendo do ambiente real do software. Para armazenamento de longo prazo, considere
conversão em outros formatos de dados (consulte o comando 'dump').

- compressão hdf5 TIPO
tipo de compressão para armazenamento HDF5. Os valores disponíveis dependem do HDF5 específico
instalação. Os valores típicos são: 'gzip', 'lzf', 'szip' ou números inteiros de 1 a 9
indicando os níveis de compactação gzip.

EXEMPLOS

Normalize todos os recursos em um conjunto de dados por pontuação Z

$ pymvpa2 pré-proc --zscore -o ds_preprocessed -i conjunto de dados.hdf5

Execute pontuação Z e redução de tendência quadrática de todos os recursos, mas processe todas as amostras
compartilhando um valor exclusivo do atributo de amostra "pedaços" individualmente

$ pymvpa2 preproc --chunks "pedaços" --poly-detrend 2 --zscore -o ds_pp2 -i ds.hdf5

Use pymvpa2-preproc online usando serviços onworks.net