re-PCR - Online na Nuvem

PROGRAMA:

NOME

re-PCR – Encontre locais marcados com sequência (STS) em sequências de DNA

SINOPSE

re-PCR [-hV] -p arquivo hash [-g lacunas] [-n mism] [-lq] [cartilha ...]

re-PCR [-hV] -P arquivo hash [-g lacunas] [-n mism] [-eu] [-m margem] [-O+|-] [-C lotecnt] [-ou
arquivo de saída] [-r+|-] [arquivo primers ...]

re-PCR [-hV] -s arquivo hash [-g lacunas] [-n mism] [-lq] [-m margem] [-ou arquivo de saída] [-r+|-] [deixou
certo ei[-oi] [...]]

re-PCR [-hV] -S arquivo hash [-g lacunas] [-n mism] [-lq] [-m margem] [-O+|-] [-C lotecnt] [-ou
arquivo de saída] [-r+|-] [stsfile ...]

DESCRIÇÃO

Implementa busca reversa (chamada Reverse e-PCR) para viabilizar a busca no
sequência do genoma humano e outros genomas grandes, realizando pesquisas STS e primers.

OPÇÕES

-p =arquivo hash
Execute a pesquisa de primer usando arquivo hash

-P=arquivo hash
Execute a pesquisa de primer usando arquivo hash

-s =arquivo hash
Execute a pesquisa STS usando arquivo hash

-S =arquivo hash
Execute a pesquisa STS usando arquivo hash

-n =mesmo Definir o máximo de incompatibilidades permitidas por primer para pesquisa

-g =lacunas Defina o máximo de indels permitidos por primer para pesquisa

-m =margem Definir variabilidade para tamanho STS para pesquisa

-l Use alinhamentos pré-dimensionados (somente se lacunas>0)

-G Imprimir alinhamentos nos comentários

-d =mínimo máximo
Definir tamanho STS padrão

-r =+ | - Ativar/desativar pesquisa STS reversa

-O=+ | - Ativar/desativar otimização de syscall

-C=lotecnt
Definir número de STSes por lote

-o =arquivo de saída
Definir o nome do arquivo de saída

-q Silencioso (sem indicador de progresso)

EXEMPLO

famap -tN -b genome.famap org / chr _ *. fa

fahash -b genome.hash -w 12 -f3 $ {PWD} /genome.famap

re-PCR -s genoma.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200

See famap(1) e fahash(1)

Use re-PCR online usando serviços onworks.net