Este é o aplicativo Linux chamado MethyMer cuja última versão pode ser baixada como MethyMer.plus.DB.v.1.1.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado MethyMer com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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MethyMer
DESCRIÇÃO
MethyMer é uma ferramenta baseada em Python destinada a selecionar primers específicos para amplificação de ilhas CpG completas. Essas regiões são difíceis em termos de seleção de primers apropriados devido à sua baixa complexidade, riqueza em poliN, CG, etc.
MethyMer tem um sistema de pontuação flexível capaz de selecionar primers em regiões problemáticas (por exemplo, ilhas SpG) e inclui teste de especificidade (com base no alinhamento bowtie contra genoma tratado com bissulfito).
Ele também incorpora dados de metilação de TCGA CpG (microarrays) e expressão gênica (RNA-Seq), bem como resultados de análise de correlação de metilação-expressão para 20 tipos de câncer humano.
Os dados de anotação das regiões do genoma ENCODE também são integrados no MethyMer
Recursos
- selecionar combinações de pares de primers capazes de amplificar a ilha CpG completa ou outras regiões genômicas alvo;
- sistema de pontuação flexível e ajustável
- teste de especificidade
- dados de metilação CpG integrados (microarrays Illumina Infinium Human Methylation 450K) para 20 tipos de tumor, derivados de TCGA
- dados do estudo de associações de metilação de TCGA TCGA RNA-Seq integrados
- visualização: gráfico de conteúdo CG, gráfico de pontuação, gráfico de especificidade do primer, anotação do genoma ENCODE, dados TCGA
Interface com o usuário
Console / Terminal
Linguagem de Programação
Python
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/methymer/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado on-line da maneira mais fácil a partir de um de nossos sistemas operacionais gratuitos.
