Это команда asn2ff, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
asn2ff - конвертировать биологические данные ASN.1 в плоский формат (старая версия)
СИНТАКСИС
asn2ff [-] [-A X] [-B X] [-C] [-G] [-L F] [-M] [-R] [-V F] [-a имя файла] [-b] [-d] [-e]
[-f б / п / э / с / х / з] [-g] [-h F] [-k F] [-l имя файла] [-m р / д / с / ц / к / л / э / п] [-n F]
[-o имя файла] [-p F] [-q] [-r имя файла] [-s] [-t] [-v F] [-w] [-y] [-z]
ОПИСАНИЕ
asn2ff преобразует описания биологических последовательностей из формата NCBI ASN.1 в один из
несколько форматов плоских файлов. Эта программа построена на устаревшем интерфейсе; пожалуйста
использование asn2gb(1) .
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Сводка опций приведена ниже.
- Распечатать сообщение об использовании
-A X Показать регион, начиная с X (по умолчанию 0)
-B X Показать регион, заканчивающийся на X (по умолчанию последняя позиция)
-C Показать комментарии Bankit
-G Вывод - один из лучших биосекций только с точки зрения генома.
-L F Используйте старый (до Genbank 127.0) формат строки LOCUS
-M Вывод - это только карта bioseqs
-R Для выпуска GenBank
-V F Не использовать ВЕРСИЮ
-a имя файла
Имя файла для ввода ASN.1 (по умолчанию stdin)
-b Ввод asnfile в двоичном режиме
-d Использовать индексацию SeqMgr
-e Вход - это Seq-запись
-f б / п / э / с / х / з
Выходной формат:
b GenBank (по умолчанию)
р GenPept
e ЭМБЛ
s ПсевдоEMBL
x ГенБанкВыбрать
ЭМБЛПЕПТ
-g Показать числа ги
-h F Скрыть последовательность
-k F Не используйте сложные наборы (phy-set, mut-set, pop-set)
-l имя файла
Записывать ошибки в имя файла
-m р / д / с / ц / к / л / э / п
Режим вывода:
выпуск r (по умолчанию)
свалка
с блестками
c Хромоскоп
k dir-sub-debug
л реж-саб
е пересмотреть
p частичный отчет
-n F Строгое связывание генов
-o имя файла
Имя выходного файла (по умолчанию - stdout)
-p F Опускаем новые особенности гена
-q Вывод - только один топ-биосек.
-r имя файла
Выходной файл журнала ошибок (по умолчанию - stderr)
-s Ввод - это Seq-submit
-t Показать подробный текст сообщения
-v F Подавить сообщения об ошибках
-w Использовать выходной формат HTML
-y Только формат справки для печати
-z Новый алгоритм для orgnames
Используйте asn2ff онлайн с помощью сервисов onworks.net
